朱載坖詢問閣部重臣們，應當怎麼處理青海問題，朱載坖的想法很簡單，一是要控制青海，打通去往西藏和西域的道路，安定陝西、甘肅、寧夏三地的後方，為日後大明經略西藏和西域提供條件。

第二就是要在青海牧養戰馬，解決大明的戰馬短缺問題。

對於這個問題，重臣們已經有了一些辦法，之前大明透過設定塞外四衛、西寧兵備道、朵思麻宣慰司等機構，並將當地有勢力的蒙藏世族冊封為官員，試圖以此穩固根基。現在官軍已經將海虜逐出青海，張居正等人認為應當將原有的世襲制徹底廢除，不再向青海地區的蒙藏貴族世家進行冊封。取而代之的，是派遣由中央直屬的大員將領前往駐防，並按照常規將地方行政和武裝納入總督、總兵的領導之下。與此同時，原先的封地和土司也被悉數裁撤，改由中央編制州府，直接統轄青海各地。

也就是說，要對青海實行改土歸流，同時要重新劃分青海的行政區劃，張居正認為：“沿邊番回必屬內地，方是平定西海永遠之良策。”

對於張居正的這個建議，朱載坖也深以為然，青海地域過於廣大，僅設立一省的話，顯然是不足以有效控制青海的，必須要將將青海分割控制，朱載坖認為必須在行政區劃上隔絕藏蒙，防止其串通，不徒開闢疆土，且消蒙古、藏番蠢動之心。為下一步經略西藏打好基礎。

青海的情況是西海地面寬廣，便於芻牧；喀木居民稠密，饒於糗糧，也就是從地理上來說，沿青海湖一帶是草場，便於游牧，可以為朝廷提供戰馬，而青海南部靠近四川的地方則可以種植糧食，對於這些不同的地方，要予以不同的措施予以管理，將青海的部分領土予以劃分，

還有一個重要的問題就是宗教問題，這裡是格魯派的傳播的中心，百姓多信奉格魯派，宗教勢力很強大，朝廷既要利用宗教穩定青海的局勢，也要對其加以防範，嚴防宗教勢力過分做大，影響到朝廷對於地方的控制。

在青海，格魯派喇嘛教為蒙藏民族所信奉，尊崇該教派不僅是底層百姓，還有大量的部落首領。青海為格魯派創始人宗喀巴的故鄉，西寧附近寺院林立，僧人眾多，據李成梁之前的奏報：“各寺喇嘛多者二三千名，少者五六百名”。塔爾寺、郭隆寺、祁家寺、郭莽寺等寺院中潛藏盔甲，製備軍械，私設武裝。“更有各處奸徒，幹犯法紀，遂逃入喇嘛寺中，地方不能追，官吏不能詰，而喇嘛寺院漸成藏奸匿宄之藪。

這是絕對不能夠容忍的，對於這些寺院要予以限制，不能讓他們成為朝廷控制的地方的障礙。

還有就是要修築邊牆，禁止蒙古進入河西通道。青海與河西雖以祁連山相隔，但其間隘口眾多 ，在在相通。朝廷要在這些地方分撥軍士，修築邊牆堡壘，以隔絕青海和蒙古。同時要用茶馬貿易以牽制這些頭目，不僅僅是蒙古人，這些藏民對於茶葉的需求也是很大的，朝廷要利用好茶葉這個工具。

同時還要增加青海的百姓人數，加強朝廷對於青海的直接管理，定沿邊藏族賦稅額。甘州、涼州、莊浪、河州、西寧、松潘、打箭爐、裡塘、巴塘 、中甸等地藏族原向寺院繳納賦稅，所受剝削十分沉重，將沿邊藏族改歸附近道廳管轄，其戶數造冊送部存案，由官府收取賦稅。其應納糧草，則照 從前納於西海，納於喇嘛者少減其數，以示聖朝寬大之恩。

青海兵多民少，難以就地取給，要增加青海的百姓數量，將直隸、山東、山西、河南、陝西五省軍流人犯發遣青海，由地方官撥給地畝 、籽種、耕牛，開墾屯種。三年後按例收取糧草，土地即為永業，用以加強朝廷對青海的控制。

同時對於青海的行政區劃問題，要由青海、四川、雲南等沿邊省份共同確定，朱載坖命令李成梁繼續南下，肅清青海南部的反抗勢力，同時朝廷要派遣欽差，實地考察之後確定省界，以近川歸川，近滇歸滇為原則，保障朝廷對於青海的控制，在召索南加措活佛到京師來，共商治理青海之策。

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