而在對於都司衛所予以改革之後，朱載坖的下一個改革重點就是優免制度了，這是一個很難的問題，動這些官員們的蛋糕，肯定是個極為難啃的骨頭，對於這些官吏們來說，優免的政策是關係到他們的切身利益的，即便朱載坖是皇帝，要想去動也要掂量一下輕重。
朱載坖為此事首先召見了內閣首輔張居正，朱載坖要求修改優免則例，理由也很充分，由於實行了一條鞭法和攤丁入畝，朝廷賦稅徵收已經從田畝、人丁轉移到純粹的田畝，原有的免田免丁的優免則例自然是不能適用了，所以為了適應朝廷的新政，自然是要重新制定優免則例了。
朱載坖向張居正表明了自己的想法，要求修改朝廷的優免則例，對於朱載坖的這個要求，張居正認為也是合適的，畢竟朝廷的賦稅制度已經發生了重大的變化，為此重修優免則例也是一個很正常的要求。
不過朱載坖的目的顯然不至於對於現行的優免制度進行改革，朱載坖問道：“朕自即位以來，三令五申，重申太祖懲貪之法，亦增官俸，而貪官汙吏，有增無減，適合道理？”
這也是朱載坖很頭疼的問題，從朱載坖即位以來，還是改善了大明的官俸發放，不僅增加了官俸，而且改變了官俸的發放方式，將官員的收入分為官俸和祿米兩部分，官府以銀錢形式發放，祿米以本色形式發放，官員們的收入還是增加了的，但是在這樣情況之下，大明的貪官汙吏仍舊層出不窮，都察院統計，這五年以來，被審計出來或者被巡按御史等監察官員予以彈劾的七品以上官員，多達六百餘人，至於七品以下和吏員更是不可勝數。
大明現在全國也不過內外文職三萬一千員，就有這麼多的貪官，這還是被查出來的，那些沒有被查出來的，還不知道有多少，朱載坖懲治這些官員的手段雖然不及太祖皇帝酷烈，但是也是非常酷烈的，殺人、流放極邊並且要嚴厲追贓，但是在這種情況之下，這些貪官汙吏仍然是殺之不絕，這是朱載坖最無法理解的。
張居正對於這個問題也有些無話可說，吏治問題確實是一個極為嚴峻的問題，雖然朝廷已經多次重申，要這些官員們潔身自好，切莫自誤，但是實際上貪墨的行為在大明的官場上仍舊是非常普遍的行為，應該如何整頓吏治，減少貪墨，這是一個很嚴峻的問題。
張居正認為現在的官俸仍舊偏低，尤其是對於低階官吏而言，尤其是如此，官員們總是和前宋相比，認為本朝的官俸過低，宋太祖認為：“俸祿薄而責人以廉，甚無謂也。”宋太宗也有言：“廩祿之制，宜從優異，庶幾豐泰，責之廉隅。”官吏俸祿微薄還要求他們清正廉潔，這實在是沒有道理的事情。要預防腐敗，前提是官吏的俸祿足以滿足家庭生活開支。
同時貪墨的重災區是吏員，雖然朝廷在實現吏員的考選之後，吏員的貪墨成風現象有了一定程度上的緩解，但是吏員和低階文官的官俸過低，也是導致貪墨風行的原因，因為這些吏無品級，又無政治地位，但其為朝廷、官員辦事，大量的司法、行政等事務的完成都離不開吏員，他們往往可以藉此機會大肆斂財。
張居正說道：“天下吏員素無常祿，唯以受賄為生，往往致富者。”
對於張居正所說的這些原因，朱載坖當然是有所瞭解的，兩宋重祿，確實是事實，兩宋的官吏們都俸祿豐厚，這點朱載坖也是承認的，王安石在變法的時候就公開宣稱：“饒之以財，約之以禮，裁之以法。”
兩宋官吏的俸祿水平確實是很高，除了本俸之外，官員們還享受了其他各種的待遇，根據職務的不同以及職位的高低，可領取名目不同、數額不等的各種添給。其名目繁多，涉及衣食住行的方方面面，有：公使錢、職田、職錢、驛券、元隨傔人衣糧、傔人餐錢、茶酒廚料、茶湯錢、食料錢、薪蒿鹽炭紙錢等等。在這些名目之中，數額較可觀的是公使錢、職田以及添支錢。
以四品文官來說，大明四品文官的月俸是二十四石，而宋代四品文官的月俸是五十貫，這已經比之大明的官俸高出不少了，但是兩宋官員收入中，官俸佔比並不高，同樣是四品文官，衣賜包含三匹春綾、三匹冬綾、十五匹絹、五十兩冬綿及一匹春羅。增給（添支錢）每月三十貫，餐錢和茶湯錢各五貫。
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