在朱載坖的上諭之下，不管是海瑞、楊繼盛等督撫大員，還是地方州縣官吏，還是督冊道葉春及等人，都迅速進入狀態，開始對於蘇松兩府的黃冊進行修訂，同時按照計裡畫方的測繪方式，對蘇松兩府的輿圖重新進行測繪。
朱載坖對於這次的輿圖測繪，要求就是務必要真實、準備，不僅要對山川地理加以精確的測繪，還要對兵要地誌、道路交通、水陸驛站加以精確的測繪，作為日後繪製軍用交通圖等地圖的來源。
除此之外就是對於此事的經費保障了，朱載坖很清楚，沒有銀子是萬萬不能的，除了抽調國子監算學的生員和考選小吏之外，朱載坖和海瑞商量之後，從南直隸的留存錢糧中撥出三萬兩，朱載坖從內承運庫撥出五萬兩，用作這次修訂黃冊的經費，除了紙張等物資的採買之外，就是給參加黃冊修訂的所有官員加工資。
黃冊修訂、輿圖的測繪都屬於野外作業，所以朱載坖特旨凡是野外作業的官吏，每月加一兩銀兩的補助，同時本色米也增加五斗，作為朝廷對他們工作的嘉獎，地方州縣要保障他們衣食，朱載坖有嚴旨，不準朝廷官吏向百姓索要財物，違者立馬送哈密或者緬甸悟道去。
朱載坖雖然想在南京看著此事的推行，但是時間已經來不及了，不管是張居正還是在京師的高拱，都在催促朱載坖趕緊回京，因為一旦到了冬天，運河封凍，太后舟車勞頓，有所不便，所以高拱接連給朱載坖上疏，請求朱載坖迴鑾。朱載坖考慮到時間問題，還是決定迴鑾，在東南也待了快半年了，朱載坖也該回京了。
在召見海瑞等人，要求蘇松等地有結果了之後立即透過驛站向朱載坖彙報之後，隆慶九年九月二十三日，朱載坖和杜太后的車駕啟程，返回京師，對於南京的官員們來說，朱載坖的離開使得他們終於可以繼續之前的摸魚生活了。
回程就比來的時候要慢多了，在歷經一個半月的行程之後，朱載坖的鑾駕終於回到京師，入宮之後，皇太子朱翊釴趕緊向杜太后和朱載坖問安，朱載坖笑著問道：“監國感覺如何？”
朱翊釴說道：“父皇，這奏疏批答，多是無用之言。”
朱載坖笑笑說道：“這就對了，我們大明朝的官員，就喜歡無事生非，他們要是哪一天不無事生非的話，朕還有些不習慣了。”
朱翊釴監國最大的感受就是大明官員的無聊，每日的奏疏有不少都是破事，互相之間的攻訐，真正談正事的奏疏不到十分之三，朱載坖早就習以為常了，這些奏疏朱載坖一向的態度就是置之不理，朱載坖還繼續向朱翊釴詢問監國期間有什麼大事沒有。
現在九邊大體安定，不管是俺答還是打來孫都比較消停，九邊並沒有什麼戰事，唯一戰事比較多的地方就是西域，李成梁在西域重拳出擊，頻頻對哈密以西的西番部落用兵，幾乎每月都有斬獲上報，但是朱翊釴覺得李成梁過於殘暴了，他認為朝廷已經佔領了哈密，就應該和西番和睦相處，像李成梁這樣頻繁的對西番用兵，恐怕會激起西番的反抗，到時候西番和瓦剌聯手與大明作對就麻煩了。
對於朱翊釴的擔心，朱載坖認為是有些道理的，李成梁這個人，好大喜功是一貫的，他也不甘居於人下，功名心極重，現在馬芳、俞大猷等人都已經封了侯，只有他李成梁封伯，朱載坖很清楚，這位肯定是心有不甘的，也想封侯，但是封侯是需要軍功的，要首級的，那就只有向西番百姓借一借了。
不僅李成梁如此，現在很多大明官軍的軍官們都有些蠢蠢欲動了，朱載坖即位之後，對於軍功封爵放鬆了，凡是能夠為大明開疆拓土的將領，都能夠封爵，軍功升賞也比以前更加豐厚了，所以很多軍官們 都有些躍躍欲試，想要撈取軍功，但是現在大明九邊就相對安寧，只有小規模的衝突，所以有些官員擔心這些軍官們認為製造事端。
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