訊息傳回長安，漢武帝大怒，滿朝文武紛紛指責李陵不忠。司馬遷與李陵雖無深交，卻深知其為人，在漢武帝詢問看法時，他坦誠地為李陵辯解。《漢書·司馬遷傳》記載了他的話：“陵事親孝，與士信，常奮不顧身以殉國家之急。其素所畜積也，僕以為有國士之風。今舉事一不幸，全軀保妻子之臣隨而媒孽其短，僕誠私心痛之。且陵提步卒不滿五千，深輮戎馬之地，抑數萬之師，虜救死扶傷不暇，悉舉引弓之民共攻圍之。轉鬥千里，矢盡道窮，士張空拳，冒白刃，北首爭死敵，得人之死力，雖古名將不過也。身雖陷敗，然其所摧敗亦足暴於天下。彼之不死，宜欲得當以報漢也。”
這段話的意思是：“李陵侍奉父母孝順，對待士兵誠信，常奮不顧身奔赴國家危難。從他平時的品行看，有國士之風。如今他遭遇不幸，那些只顧保全自己和家人的大臣就趁機誇大他的過失，我實在為他痛心。況且他率五千步兵深入匈奴，牽制數萬大軍，殺死很多匈奴兵，他轉戰千里，箭射完了，沒有進退之路，士兵們空著手冒死殺敵，即便古代名將也不過如此。他雖投降，但戰功足以昭示天下，他之所以不死，想必是想找機會報答漢朝。”
這番話觸怒了漢武帝，他認為司馬遷是在為李陵開脫，甚至諷刺李廣利（李廣利是漢武帝寵妃李夫人的哥哥，此次出征戰績平平），於是下令將司馬遷打入大牢，交由廷尉審理。廷尉杜周秉承上意，將他定為“誣罔”之罪，按律當斬。
漢朝律法規定，死罪可透過三種方式免死：繳納五十萬錢贖罪、接受宮刑，或伏法受誅。司馬遷家境貧寒，無力籌錢；若伏法，父親的遺願、自己的修史理想便會化為泡影。痛苦中，他想到了許多先賢：“蓋文王拘而演《周易》；仲尼厄而作《春秋》；屈原放逐，乃賦《離騷》；左丘失明，厥有《國語》；孫子臏腳，《兵法》修列；不韋遷蜀，世傳《呂覽》；韓非囚秦，《說難》《孤憤》；《詩》三百篇，大底聖賢發憤之所為作也。” 這些人忍辱負重成就大業的故事，給了他活下去的勇氣。他在《報任安書》中寫道：“人固有一死，或重於泰山，或輕於鴻毛，用之所趨異也。” 他選擇了宮刑，選擇用“苟活”的方式，完成未竟的事業。
天漢三年（西元前98年），司馬遷出獄，被任命為中書令。這個職位掌管宮廷文書，通常由宦官擔任，對他而言，又是一次公開的羞辱。但他已將個人榮辱拋諸腦後，全身心投入到《史記》的撰寫中，他在《報任安書》中說：“僕誠以著此書，藏之名山，傳之其人，通邑大都，則僕償前辱之責，雖萬被戮，豈有悔哉！”
出獄後的十年間，司馬遷埋首書案，日夜筆耕。他整理皇家藏書閣的典籍，結合早年漫遊蒐集的民間傳說、實地見聞，以及對歷史事件的細緻考證，日以繼夜地撰寫《史記》。
《史記》最初名為《太史公書》，全書一百三十篇，五十二萬六千五百字，分為本紀、世家、列傳、表、書五部分：本紀記帝王事蹟，世家述諸侯與重要家族，列傳記各類代表人物，表梳理歷史年表，書記述天文、曆法、禮樂、經濟等制度。這種紀傳體體例，是司馬遷的首創，能更全面地展現歷史全貌。
撰寫過程中，他堅持記錄歷史真相。寫劉邦，既記他推翻秦朝、建立漢朝的功績，也記他市井氣的一面；寫項羽，既贊他“力拔山兮氣蓋世”的英雄氣概，也如實記錄他剛愎自用、兵敗自刎的結局。他筆下的“鴻門宴”，項羽的優柔寡斷、劉邦的機警隱忍、張良的運籌帷幄、樊噲的勇猛豪爽，一個個鮮活的人物躍然紙上；“荊軻刺秦王”中，“風蕭蕭兮易水寒，壯士一去兮不復還”的悲壯，至今讀來仍令人動容。
民間流傳著這樣一個傳說：司馬遷撰寫《史記》時，擔心書稿被漢武帝銷燬，特意抄寫了兩份。一份藏在京城家中的牆壁裡，另一份交給女兒司馬英保管。司馬英後來嫁給了楊敞，楊敞在漢昭帝時官至丞相。司馬遷去世後，漢昭帝派人尋找書稿，司馬英將珍藏的副本獻出，《史記》才得以逐漸流傳。
徵和二年（西元前91年），《史記》基本完成。《史記》完成後，司馬遷的行蹤便再無明確記載。
兩千多年過去，司馬遷的生平細節或許已在時光中模糊，但他用血淚寫成的《史記》，卻流傳至今。那些藏在筆墨間的故事，那些歷史人物的悲歡離合，那些王朝的興衰更替，仍在無聲地訴說著過往。而司馬遷的一生，就像他筆下的歷史一樣，留給後人無盡的回味與思考。
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