乾隆二十二年（1757年），天山南路的喀什噶爾城（今新疆喀什）城裡，斯蘭教白山派首領瑪罕木特的兩個兒子——波羅尼都與霍集佔，這對被準噶爾部關押伊犁多年的兄弟，因清軍平定達瓦齊叛亂重獲自由，卻很快將槍口對準了他們的“解放者”。

回疆（清代對天山南路的稱呼）自明末以來便處於葉爾羌汗國統治下，伊斯蘭教蘇菲派的和卓家族（意為“聖裔”）逐漸掌握宗教話語權，形成白山派與黑山派的長期對立。準噶爾部征服回疆後，將兩派和卓均遷至伊犁軟禁，以“人質”控制地方。康熙年間，瑪罕木特曾試圖反抗準噶爾統治，失敗後與其子波羅尼都、霍集佔一同被囚於伊犁阿巴噶斯地區，“歲納貢賦，不得自由”（《平定準噶爾方略》續編卷七）。

乾隆二十年（1755年）清軍初定伊犁時，定北將軍班第為穩定回疆局勢，釋放波羅尼都，派其返回葉爾羌招撫部眾，留霍集佔繼續居於伊犁“以彰誠信”。班第在給乾隆帝的奏摺中分析：“回部久受準噶爾苛虐，今遣和卓歸，可收其心，不煩兵戈而南疆自定。”（《清高宗實錄》卷四百九十一）這一“以回治回”的策略初期頗為順利，波羅尼都回到葉爾後，迅速平定黑山派勢力，宣佈歸附清廷，“獻戶籍，納貢賦，如舊例”（《西域圖志》卷十六）。

然而留居伊犁的霍集佔卻另有圖謀。當阿睦爾撒納發動叛亂時，霍集佔竟暗中與之勾結，認為“清人千里遠征，勢難久駐，不如乘勢自立”（《回疆通志》卷二）。乾隆二十一年（1756年），霍集佔率部逃離伊犁，直奔葉爾羌與兄長會合，以“若聽清廷號令，必重蹈準噶爾覆轍”為由，勸說波羅尼都反叛。波羅尼初雖猶豫，但在弟弟“聖裔當主其地”的蠱惑下，最終同意舉事，二人自稱“大小和卓”（“和卓”即“聖裔”之意），公開豎起反清旗幟。

乾隆二十二年（1757年）夏，大小和卓的叛亂正式爆發。他們首先誅殺了清廷派往葉爾羌的招撫官員阿敏道及其隨從百餘人，“裂其屍，傳示諸城，以威嚇降者”（《聖武記》卷四）。喀什噶爾、葉爾羌、和田等城相繼響應，僅有庫車、烏什等少數城池堅守不從。霍集佔在葉爾羌自稱“巴圖爾汗”，鑄造錢幣，頒佈政令，宣稱“要建立獨立的伊斯蘭汗國”（《西域聞見錄》卷二）。

訊息傳至北京，乾隆震怒。他在給定邊將軍兆惠的諭旨中怒斥：“朕為天下主，豈容爾等跳梁！前釋爾兄弟於囚牢，授以疆土，乃敢反噬，此而不誅，何以懲惡！”（《清高宗實錄》卷五百三十五）此時清軍剛平定阿睦爾撒納叛亂，主力正屯駐伊犁，乾隆帝遂命兆惠先派副將軍富德率少量兵力試探進軍，同時調遣陝甘總督黃廷桂籌備糧草，為大規模征伐做準備。

大小和卓的叛軍並非鐵板一塊。回疆各城對其統治多有不滿，尤其是黑山派民眾，因長期受白山派壓迫，“雖被脅迫，心實歸清”（《平定準噶爾方略》續編卷十）。庫車城主鄂對（後為清廷所封貝子）因拒絕附逆，家族被霍集佔誅殺，僅率數人突圍投奔清軍，成為平定叛亂的重要嚮導。鄂對向兆惠獻策：“回部諸城雖附逆，然多迫於威勢，若大軍至，必紛紛倒戈。”（《清史稿·鄂對傳》）

乾隆二十三年（1758年）五月，清軍正式兵分兩路南下：定邊將軍兆惠率主力自伊犁出發，取道天山南麓；副將軍富德領兵自巴里坤西進，互為犄角。乾隆帝特意囑咐：“行軍當審時度勢，勿輕進，先固糧道，再圖進取。”（《清高宗實錄》卷五百六十三）

第一戰發生在庫車城。庫車城“依山而建，牆高丈餘，城外有護城河”（《西域圖志》卷十七），守將阿卜都克勒木是霍集佔的親信。兆惠率軍抵達後，先派鄂對喊話勸降，遭嚴拒後下令攻城。清軍“穴地攻城，炮轟其垣”，但庫車守軍頑強抵抗，“從城上擲石下，傷我士卒甚眾”（《嘯亭雜錄》卷三）。激戰月餘，清軍仍未能破城，反而因暑熱和補給困難減員不少。

霍集佔得知庫車被圍，親率三千騎兵來援。兆惠分兵迎擊，在庫車城外的鄂根河展開激戰。清軍“乘夜襲其營，斬馘千餘”，霍集佔大敗而逃，僅帶數十人竄回葉爾羌。此戰後，庫車守將見援軍無望，乘夜棄城而逃，清軍終於攻克這座堅城。但兆惠清點兵力時發現，南下以來清軍已傷亡近三千，且糧草即將告罄，不得不暫緩進軍。

乾隆帝接到戰報後，調整策略，命兆惠“先清阿克蘇、烏什諸城，穩固後方，再圖葉爾羌”。阿克蘇城主霍集斯（曾擒獲達瓦齊獻予清軍）見清軍勢大，主動開城投降，“獻馬千匹，糧萬石”（《清高宗實錄》卷五百六十八），使清軍獲得重要補給。至同年秋，除葉爾羌、喀什噶爾外，回疆各城多已歸附清廷。

乾隆二十三年（1758年）十月，兆惠決定乘勝進軍葉爾羌。他親率三千清軍（其中多數為滿、蒙八旗兵）抵達葉爾羌城外，紮營於城南的黑水河畔，故稱“黑水營”。此時霍集佔已在此集結數萬叛軍，雙方兵力懸殊。

兆惠本想趁敵軍立足未穩渡河作戰，不料剛渡一半，叛軍突然從兩翼殺出，“矢石如雨，騎兵往來衝殺”（《清史稿·兆惠傳》）。清軍被迫退回河岸，陷入重圍。霍集佔下令“絕其水道，困死清軍”，黑水營頓時陷入絕境。兆惠在給清廷的奏報中寫道：“我軍被圍，糧且盡，馬駝多斃，士卒煮鞍革充飢，然皆願死戰。”（《平定準噶爾方略》續編卷二十一）

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