康熙六十一年（1722年）冬，病榻上的康熙帝，這位開創盛世的君主臨終前仍對西北軍務憂心忡忡。他望著輿圖上天山以北的廣袤土地，斷斷續續對侍立的胤禛說：“準噶爾…乃西北巨患，朕與彼周旋三十餘載，雖三敗其眾，終未除根。汝繼位後，當以固邊為要。”（《清聖祖實錄》卷三百）這段遺訓，揭開了雍正、乾隆兩朝平定準噶爾部的序幕。

準噶爾部源自蒙古瓦剌，明末清初逐漸強盛，其首領噶爾丹曾率軍威逼北京，與康熙帝展開三次大規模決戰。至雍正初年，噶爾丹之侄策妄阿拉布坦繼立，雖表面臣服，實則暗中積蓄力量，控制了天山南北及中亞部分地區，形成“北接俄羅斯，南連回部，東抵喀爾喀，西及哈薩克”（《聖武記》卷四）的強大勢力。雍正七年（1729年），策妄阿拉布坦之子噶爾丹策零嗣位，不僅拒絕清廷劃定牧界的要求，更藏匿因罪叛逃的青海和碩特部貴族羅卜藏丹津，雙方矛盾徹底激化。

是年三月，雍正帝下諭：“準噶爾噶爾丹策零，世濟其惡，擾害邊圉，不得不聲罪致討。”（《清世宗實錄》卷八十一）遂命傅爾丹為靖邊大將軍，出北路阿爾泰；嶽鍾琪為寧遠大將軍，出西路巴里坤，兩路大軍共十萬餘人，拉開了平定準噶爾的戰幕。這場戰爭打的很艱苦——從京師至前線萬里迢迢，糧草轉運需“駝馬三萬，伕役十餘萬”（《清史稿·食貨志》），而準噶爾部“其眾皆善騎射，逐水草而居，來去如風”（《西域圖志》卷首），使清軍的優勢兵力難以施展。

雍正九年（1731年）六月，北路軍統帥傅爾丹中了噶爾丹策零的誘敵之計。準噶爾部派來的間諜謊稱“其汗在察罕哈達，兵不滿三千，馬駝羸弱”，急於求成的傅爾丹親率一萬精銳輕裝疾進，深入阿爾泰山腹地。當清軍抵達和通泊（今蒙古國科布多西南）時，突然陷入三萬準噶爾騎兵的重圍。

戰鬥持續了七晝夜。準噶爾人“乘高突入，矢如雨下”（《嘯亭雜錄》卷三），清軍陣營大亂。副將軍巴賽、查弼納等十餘名高階將領戰死，士兵死傷近七千，僅剩兩千餘人突圍。傅爾丹本人“面中槍傷，墜馬數次，賴親兵護持得脫”（《清世宗實錄》卷一百七）。和通泊之敗是清軍與準噶爾作戰以來最慘重的損失，訊息傳回北京，雍正帝“震怒，免冠頓足於太廟”（《永憲錄》卷四），不得不調整對淮策略。

西路軍嶽鍾琪部雖取得區域性勝利，卻因與朝廷權臣鄂爾泰、張廣泗的矛盾受到彈劾。雍正十二年（1734年），清軍與準噶爾達成停戰協議，以阿爾泰山為界分治，這場歷時五年的戰爭暫告段落。但雍正帝深知“此非長久之計”，臨終前囑咐乾隆：“準噶爾一日不定，則西北一日不寧。”（《清世宗實錄》卷一百五十九）

乾隆十年（1745年），噶爾丹策零去世，準噶爾部陷入內訌。其長子喇嘛達爾扎與次子策妄多爾濟那木扎勒爭奪汗位，最終喇嘛達爾扎勝出，卻因其非嫡出遭貴族質疑。乾隆十五年（1750年），貴族達瓦齊聯合輝特部臺吉阿睦爾撒納發動政變，殺死喇嘛達爾扎，達瓦齊自立為汗。不久，達瓦齊與阿睦爾撒納因分贓不均反目，阿睦爾撒納戰敗後率部降清。

這為清廷提供了絕佳機會。乾隆帝在養心殿召叢集臣商議，多數大臣以“西北苦寒，勞師糜餉”為由反對出兵，唯有大學士傅恆力主征伐。乾隆帝最終決定：“準噶爾自康熙以來，世為邊患，今其內亂，天亡之時也。若失此良機，日後更難圖矣。”（《清高宗實錄》卷三百八十三）他採納阿睦爾撒納“宜先定準噶爾，再圖回部”的建議，制定了“分兵兩路，直搗伊犁”的戰略。

乾隆二十年（1755年）春，清軍兵分北、西兩路：北路以班第為定北將軍，阿睦爾撒納為副將，出烏里雅蘇臺；西路以永常為定西將軍，薩喇勒為副將，出巴里坤。兩路大軍各帶三個月糧草，約定於博羅塔拉河會師。清軍採取“以蒙制蒙”策略，沿途準噶爾部落“望風歸附，獻羊馬糗糧”（《平定準噶爾方略》前編卷七），進展極為順利。

同年五月，兩路清軍會師於伊犁城外。達瓦齊率萬餘部眾退守格登山（今新疆昭蘇縣境內），此地“峭壁懸崖，易守難攻”（《西域圖志》卷二十二）。清軍夜間派翼長阿玉錫率二十餘名騎兵偵察，見準噶爾軍毫無防備，竟趁夜突襲。阿玉錫“策馬橫矛，大呼入陣”（《清史稿·阿玉錫傳》），準噶爾軍以為清軍主力趕到，頓時潰散。達瓦齊僅帶數十人逃往南疆，被烏什城主霍集斯擒獲，獻給清軍。

平定達瓦齊後，乾隆帝命畫《格登鄂拉斫營圖》，並親自題詩表彰阿玉錫功績：“阿玉錫者伊何人？準噶爾屬司牧臣。其法獲罪應剉屍，憤悱降順向我軍。……二十餘人能破萬，奮戈策馬如飆馳。”（《御製詩集》卷三十九）達瓦齊被押至北京後，乾隆帝念其“雖為敵首，然本元惡，姑免死”（《清高宗實錄》卷四百九十三），封為親王，賜居北京。

平定達瓦齊只是第一步。降清的阿睦爾撒納本想借助清軍之力成為準噶爾部新汗，見清廷推行“分而治之”政策，遂於乾隆二十年八月發動叛亂。已班師的清軍倉促應戰，定北將軍班第、參贊大臣鄂容安在伊犁被圍，力戰自盡。乾隆帝震怒之餘，意識到“準噶爾部非盡滅不能安”，遂調兵遣將，展開第二次征伐。

乾隆二十一年（1756年），清軍再次兵分兩路西征。此時準噶爾部因連年戰亂和天花流行，“眾叛親離，死亡過半”（《聖武記》卷四）。阿睦爾撒納雖多次擊敗清軍偏師，但在清軍主力壓迫下節節敗退，最終逃往哈薩克，後又投奔沙俄。乾隆二十二年（1757年），阿睦爾撒納在沙俄境內病死，沙俄將其屍體交還清廷。

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