初平二年春天，袁紹和韓馥不顧眾人的反對，執意擁立劉虞為帝。然而，劉虞為人忠厚老實，他深知稱帝一事的嚴重性，堅決不敢接受這個皇位，這場鬧劇也暫時落下帷幕。

同年夏四月，董卓見洛陽局勢已難以控制，便退回長安，繼續在那裡作威作福，把控朝政。

到了秋七月，袁紹的野心愈發膨脹，他開始對韓馥下手。袁紹憑藉自己的勢力，脅迫韓馥讓出冀州。韓馥生性懦弱，在袁紹的威逼之下，無奈地交出了冀州的控制權，袁紹就這樣輕而易舉地佔據了冀州，其勢力得到了進一步的擴張。

在這風雲變幻的局勢下，黑山賊於毒、白繞、眭固（“眭”，讀音為申隨反）等人率領著十餘萬部眾，氣勢洶洶地攻打魏郡和東郡。東郡太守王肱面對如此強大的敵人，根本無力抵抗，東郡陷入了危機之中。曹操得知這個訊息後，立刻率領軍隊進入東郡。在濮陽，曹操與白繞的軍隊展開了一場激烈的戰鬥。曹操指揮有方，士兵們奮勇殺敵，最終成功擊敗了白繞，解除了東郡的危機。袁紹見曹操立下戰功，為了拉攏曹操，同時也為了鞏固自己在這一地區的勢力，便上表朝廷，舉薦曹操為東郡太守，將東郡的治所設在東武陽。

初平三年春天，曹操將軍隊駐紮在頓丘。此時，於毒等人聽聞曹操離開東武陽，便趁機攻打東武陽。面對敵人的進攻，曹操並沒有選擇回軍救援，而是做出了一個出人意料的決策。他率領軍隊向西進入山區，攻打於毒等人的老巢。《魏書》記載，當時諸位將領都認為應該回軍自救，曹操卻說道：“當年孫臏救趙時，選擇攻打魏國，耿弇想要攻打西安時，卻先進攻臨菑。如果我們現在向西進軍，敵人得知訊息後必定會回軍救援，這樣東武陽之圍自然就解除了；如果他們不回軍，我們就可以一舉攻破他們的老巢，如此一來，他們根本無法攻下東武陽。”於是，曹操果斷率軍西進。於毒得知老巢被攻，果然放棄攻打東武陽，回軍救援。曹操早有準備，在途中設下埋伏，截擊眭固的軍隊。同時，曹操又在內黃向匈奴於夫羅發起進攻。在曹操的勇猛進攻下，眭固的軍隊和於夫羅的匈奴軍都被打得大敗。這裡的於夫羅，是南單于的兒子。中平年間，朝廷徵調匈奴兵，於夫羅率領匈奴軍隊前來協助漢朝。但恰逢匈奴國內發生叛亂，南單于被殺，於夫羅便率領他的部眾留在了中原地區。由於當時天下大亂，於夫羅便與西河白波賊聯合起來，攻破了太原、河內等地，在各個郡縣燒殺搶掠，成為了一股強大的寇賊勢力。

初平三年夏四月，長安城中風雲突變，司徒王允與呂布合謀，成功誅殺了禍亂朝堂已久的董卓。董卓一死，百姓歡呼雀躍，以為天下即將重歸太平。然而，董卓的舊部李傕、郭汜等人得知董卓被殺的訊息後，不甘心就此失去權勢，他們迅速集結兵力，反攻長安。李傕、郭汜率軍殺死了王允，又對呂布展開猛烈攻擊。呂布雖勇，卻寡不敵眾，最終戰敗，無奈之下，他只得向東殺出武關，逃離了長安。自此，李傕、郭汜等人掌控了朝政大權，他們在長安城中肆意妄為，朝堂之上一片混亂，百姓再次陷入水深火熱之中。

此時，青州的黃巾軍發展壯大，百萬之眾如洶湧的浪潮般湧入兗州。他們一路勢如破竹，先是殺死了任城相鄭遂，而後又轉戰東平。兗州刺史劉岱見黃巾軍來勢洶洶，決定主動出擊。鮑信深知黃巾軍實力強大，急忙勸諫劉岱：“如今黃巾軍有百萬之眾，所到之處百姓驚恐萬分，我軍士卒也士氣低落，毫無鬥志，此時與他們正面交鋒，我們絕無勝算。您看黃巾軍雖人數眾多，但他們行軍時沒有輜重，只能靠四處搶掠來維持生計。我們現在不如先養精蓄銳，堅守城池。這樣一來，黃巾軍想戰不能，想攻又攻不下，時間一長，他們內部必然會出現分歧，勢力也會逐漸分散。到那時，我們再挑選精銳之師，佔據要害之地，對他們發起攻擊，定能將其擊破。”但劉岱剛愎自用，根本聽不進鮑信的建議，執意要與黃巾軍開戰。結果不出所料，劉岱在戰鬥中不幸被殺，兗州頓時陷入了群龍無首的混亂局面。

據《世語》記載，劉岱死後，陳宮找到曹操，誠懇地說道：“如今兗州沒有主官，朝廷的命令也無法傳達至此。我願意前往兗州勸說眾人，您隨後前去接管兗州，以此為根基，招攬天下英才，成就一番霸業。”隨後，陳宮又分別勸說兗州的別駕、治中：“當今天下大亂，各州紛紛割據，而我們兗州卻沒有主官。曹東郡（曹操時任東郡太守）是當世難得的人才，如果能迎接他來治理兗州，必定能讓百姓過上安寧的生活。”鮑信等人聽了陳宮的話，也都深以為然。

於是，鮑信與兗州的官吏萬潛等人一同前往東郡，迎接曹操擔任兗州牧。曹操到任後，立刻率軍在壽張東與黃巾軍展開激戰。戰鬥中，鮑信身先士卒，奮勇殺敵，不幸力戰而死，但曹操的軍隊最終還是勉強擊敗了黃巾軍。《魏書》詳細記載了這場戰鬥的經過：曹操率領著千餘名步騎兵前往戰場檢視地形，卻突然遭遇黃巾軍的營地。倉促之間，雙方展開戰鬥，曹操軍隊因準備不足，陷入苦戰，數百人戰死，只得暫時退兵。黃巾軍乘勝追擊，步步緊逼。這些黃巾軍長期為賊，歷經多次戰鬥，且多次獲勝，士兵個個精悍勇猛。而曹操的軍隊中，老兵數量較少，新兵又缺乏訓練，面對黃巾軍的進攻，全軍上下都心生畏懼。關鍵時刻，曹操身披鎧甲，頭戴頭盔，親自巡視鼓舞將士，明確獎懲制度，提振士氣。在曹操的激勵下，士兵們重拾信心，奮勇反擊。趁著黃巾軍攻勢稍緩的間隙，曹軍發起反擊，黃巾軍逐漸抵擋不住，開始向後敗退。此時，黃巾軍派人給曹操送來一封書信，信中寫道：“以前你在濟南時，毀壞神壇，所行之道與中黃太乙相同，似乎是個明白人，如今卻為何執迷不悟。大漢的氣數已盡，黃家應當興起。這是上天註定的命運，並非你憑藉個人才能就能改變的。”曹操看完書信後，憤怒地呵罵黃巾軍，同時多次向他們表明投降的出路。之後，曹操設下奇計，埋下伏兵，與黃巾軍日夜交戰。每次戰鬥，曹軍都能有所斬獲，黃巾軍最終抵擋不住，開始撤退。曹操一心想要找回鮑信的屍體，卻始終未能如願。無奈之下，眾人只好用木頭雕刻成鮑信的模樣，舉行祭祀儀式，眾人對著木像痛哭流涕，以寄託對鮑信的哀思。

曹操乘勝追擊，將黃巾軍一直追到濟北。走投無路的黃巾軍無奈之下，只得向曹操乞降。這年冬天，曹操接受了三十多萬黃巾軍投降，連同他們的家屬，男女老少共計一百多萬人。曹操從這些降卒中挑選出精銳之士，組建了一支軍隊，號稱“青州兵”。自此，曹操的勢力得到了極大的擴充，在亂世之中站穩了腳跟。

與此同時，袁術與袁紹之間產生了矛盾。袁術為了對付袁紹，向公孫瓚求援。公孫瓚派劉備屯駐在高唐，單經屯駐在平原，陶謙屯駐在發乾，形成對袁紹的包圍之勢，試圖以此來逼迫袁紹。曹操與袁紹聯合起來，共同出擊，成功擊敗了劉備、單經和陶謙的軍隊，化解了袁紹面臨的危機。

興平四年春，曹操將軍隊駐紮在鄄城。此時，各方勢力的紛爭仍在持續。荊州牧劉表出於戰略考量，截斷了袁術的糧道。袁術失去了糧草供應，為求生存，只得率領軍隊進入陳留，在封丘屯駐下來。黑山賊的殘餘勢力以及匈奴於夫羅等人，紛紛趕來協助袁術，一時間，袁術的勢力看似又有所壯大。袁術派遣部將劉詳駐守匡亭，企圖以此為據點，進一步拓展勢力範圍。

曹操洞察到袁術的意圖，果斷出擊，向劉詳發起進攻。袁術得知劉詳被困，趕忙出兵救援。雙方在戰場上展開了激烈交鋒，曹操指揮若定，他的軍隊士氣高昂，奮勇殺敵。在曹操的精妙戰術與士兵們的頑強奮戰下，袁術的軍隊被打得大敗。袁術見勢不妙，只能狼狽地退保封丘。曹操乘勝追擊，率領大軍將封丘團團圍住。還沒等包圍圈完全合攏，袁術便再次棄城而逃，逃往襄邑。曹操怎會輕易放過他，一路緊追不捨，一直追到太壽。為了攻克襄邑，曹操下令決開渠水，水淹襄邑城。袁術抵擋不住，繼續逃竄，先後逃到寧陵、九江。直到此時，曹操才停止追擊，於當年夏天率軍返回定陶。