首先開通新河道，將奪淮的黃河引開北上。同時將高家堰加高、加寬，蓄積淮水，再從洪澤湖西南部出湖，利用黃河的舊河道入海，將舊河道刷出來。

當舊河道刷出來一部分後，截斷淮河進入長江的通道，將淮河水全部引入洪澤湖，擴寬洪澤湖西南清水口，加大刷河力度。

當黃河新河道二三十年後逐漸淤積時，將關閉黃河河閘，新修堤壩，將黃河匯入洪澤湖，引入已經沖刷完成的淮河（老黃河）之中；同時再開啟洪澤湖東北部大水閘或直接破開堤壩，用新修的堤壩將進入洪澤湖的淮水匯入“新黃河”中，沖刷已經淤積的新黃河。

如此交替利用兩條河道，一清一濁反覆，一方面解決了黃淮河合流後，汛期洪水倒灌，洪澤湖清口的淤積問題；另一方面，交替使用兩條河道，使黃河淤積這一千古難題得到根本性的解決。最後，因為洪澤湖有了兩條出水口，將大大緩解祖陵的壓力。

這一方案唯一短板在於黃河入洪澤湖期間，將導致洪澤湖出現淤塞，樞紐失靈。但是潘季馴判斷，因為淮河位置較低，當再次重新改換河道後，洪澤湖內淤積的泥沙將被衝下去大部分，不會成為大患——為了百年之計，可在洪澤湖外留下一部分土地不予開發，充當洩洪區備用；也可在旱季進行洪澤湖的疏浚清淤工程，擴大庫容。

這個方案若能成功，將一箭多雕，同時滿足皇帝既保祖陵、又保運河，還保民生的要求。而且，利用這全國性的大工程及周邊的配套水利工程，將使常年受災的兩淮和黃河流域成為糧米之鄉——真正的功在千秋。

張居正當時看了潘季馴上交的第三份報告所耗費的錢糧、工役，猛吸涼氣，二話沒說，直接判第三份報告死刑。但朱翊鈞見之，心裡大為驚喜。

新中國建國後，治理黃、淮河採用的方式和潘季馴第三方案只有一小部分類似，最大的區別是沒有徹底改變淮河仍為長江支流的狀態，而且也當時黃河也改道了，因此治理兩河均屬於單流域治理。至於黃河的淤積問題，到了新世紀其實已經不用解決，因為黃河下游基本上快斷流了。

這一方案，後續效果將非常的鼓舞人心：一方面將三河聯動，一澇皆澇的水域狀態打破，利用黃、淮河單獨入海的方式，一次性解決黃淮河爭流問題和長江下游水量過大問題。此後，黃河、長江、淮河三條主要河流的防洪和治理以後就成為單流域問題。

第二方面，兩河利用洪澤湖及周邊連串湖泊作為樞紐，輪流使用“束水攻沙”治理黃河的方略，將使黃河淤積危害的問題得到有效控制。

第三方面，兩河齊出，洪澤湖蓄水壓力減小，也保了明祖陵——當然，要想一勞永逸，朱翊鈞打算，將來在時機成熟後還是要將祖陵遷走。

最後，這一核心工程加上配套的相關水利設施，將改變常年受災的黃淮地區濁浪滔天，泥沙俱下的景象，把整個淮河流域、黃河流域都變成魚米之鄉！雖不能一勞永逸，但至少將黃、淮河連年決口並影響長江下游的問題解決一大半——除了工程量大，沒別的毛病。

朱翊鈞判斷，這份方案雖然所動用的人力物力極其驚人，但是在此時確實有實現的可能：

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