要讓朝廷下棄保漕運的決心和讓朝廷放棄運河，完全是兩回事。京杭運河的功能，不僅是保漕糧運輸，它還有一個作用不容忽視——將南北兩京的空間距離拉的很短。

運河全部無法通航的時候，商賈行人在兩地陸路通行時間從原先的十天一下子能拉長到一個月——這般低效絕對影響朝廷對整個江南這一賦稅重地的治理，也影響南北的商品流通。

因此，潘季馴所謂棄保漕運，僅僅是說棄保漕糧運輸。也就是說如果不用運河來運漕糧，那麼就不必讓三千里運河隨時保持貫通狀態——會極大的減少黃河的治理難度。

最初，為了滿足朱翊鈞保漕運、保祖陵、保民生的“三保”要求，潘季馴的第一版治河報告中，向朝廷提出的治河之法受限很大，他既不敢加高家堰大壩蓄水攻沙，又不敢擴大微山湖影響民生保運，因此所做的工作全數是小打小鬧，修修補補，和朱衡的手段差不多。

即使朱翊鈞這個半外行看來，這一版方案也無法解決黃、淮密集氾濫的問題。

萬曆時期的黃河，已經固定在新鄭——徐州——淮安一線數百年，直到清末才在河南銅瓦廂再次決口北歸，結束了黃淮合流的歷史。

永樂十八年，成祖遷都北京，京杭大運河成為了命脈。而大運河中徐州到清口的長達五百里的運道，必須得到黃河水的接濟才能保持暢通。

而黃河在兩淮和魯西南地區的橫衝直撞，分流眾多，嚴重影響漕運。

於是，這段時間明代朝廷的治水思路是“南堵北疏，抑河南行，以保漕運”，利用長堤約束，把淮河及其支流作為黃河洪水的下游通道。弘治帝和嘉靖帝分別修建金堤和南堤，就是這種思想指導下的產物。

這樣思路和做法，帶來的直接後果是將黃河的泥沙淤積到淮河下游，導致原來深廣的淮河被淤積成地上河，淮河水系遭受了巨大破壞。而爭不過黃河的淮河，又另闢蹊徑，衝入長江，導致長江下游水流增大，給蘇松地區也帶來了巨大的防洪壓力。

可笑又可悲的是，朝廷只要保住漕運，兩淮地區生民之苦，根本不在明代朝廷的考慮範圍內。永樂十四年，黃河在開封決口，氾濫十四州縣，由渦河入淮。因未危及運道，當時朝廷居然絲毫不理，讓黃河漫流四十餘年，聽之任之。

其後的正統、景泰、弘治、嘉靖年間，黃、淮河數次超級大水災，朝廷的思路一直不變，仍以保運道為主，將黃淮大地的生民置之不理。

當時的豫東南、皖西北一帶，簡直成了水鄉澤國，鳳陽、泗州、淮安等地，長受災患，朝廷漠視災民流轉哀號而不救。

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