九月初，吳文鎔從貴州趕赴湖北，途經長沙時，寫信召曾國藩到省城相見。曾國藩因軍務繁忙，無暇離開駐地。吳文鎔火速赴任，此時太平軍已攻陷黃州、漢陽，北面侵擾德安，南面進犯興國，湖南嶽州也宣佈戒嚴。駱秉章緊急致信曾國藩商議防禦事宜，曾國藩鑑於茶陵、安仁匪患已平，便下令調塔齊布等部火速趕赴長沙，同時調回援救江西的湘勇部隊回防湖南。

二十七日，接到皇帝諭旨：“長江上游武昌最為關鍵要地，若稍有疏忽，將導致整個湖北震動。著令駱秉章、曾國藩立即選派精兵勇卒，並酌情調撥炮船，委派得力將領火速趕赴下游，與吳文鎔等部會合剿匪，全力遏制賊寇攻勢，不得稍有延誤。欽此。”

十月初三日，接到皇帝諭旨：“曾國藩訓練鄉勇成效顯著，剿滅土匪已見成效。著令其酌情率領練勇火速趕赴湖北，所需軍餉等項由駱秉章籌措撥付。兩湖地區唇齒相依，自當不分彼此統一排程。欽此。”

王錱招募湘勇，最初計劃為江西各軍復仇，後來得知太平軍進犯湖北的訊息，駱秉章便下令讓他招募三千兵勇駐防省城。曾國藩見王錱銳氣過盛難以駕馭，便寫信告誡他。同時又致函駱秉章，指出兵貴精不貴多，新招募的兵勇未經訓練，遇敵容易潰散，且糧餉供應困難，建議加以裁減。駱秉章未能採納這一建議。此時羅澤南正從吉安率軍返回湖南，李續賓分領一營，屢立戰功。

楊虎臣、康景徽率領的兩營湘勇先後從江西返回長沙，加上王錱新招募的兵勇及調集的部隊，駐守省城的兵力已達萬人。湖廣總督吳文鎔抵達湖北後，多次請求增援。此時又接到聖旨：“武昌形勢萬分危急，著令曾國藩遵照前旨，立即率領兵勇船炮趕赴下游會剿，以策應武昌。欽此。”曾國藩與駱秉章商議後，決定派王錱率所部湘勇馳援湖北。後因太平軍戰船東撤，湖北解除戒嚴，湘勇最終未能北上。

曾國藩認為當前剿匪的困難不在於增兵，而在於籌措軍餉；不在於招募兵勇，而在於缺乏善於統兵的將領；不在於陸戰，而在於水戰。江忠源守衛南昌時，曾派夏廷樾、郭嵩燾在樟樹鎮打造數十具木排，上置火炮，計劃衝擊敵船。木排剛完工準備出擊，敵軍已撤出鄱陽湖。此時曾國藩也在衡州仿製衝排，經水面試驗後發現笨重遲緩難以實用，於是改購民船加以改造為炮船。

二十四日，曾國藩上奏摺稱：“武昌現已解除戒嚴，臣暫緩前往湖北，並請求籌備戰船，合力圍剿。賊寇以舟船為巢穴，在長江千里水域肆意橫行。若要進剿，必須以戰船為第一要務。臣現於衡州試行趕造戰船，若見成效，即親自率船隊駛赴下游。”此奏獲得硃批：“所慮極是，卿能權衡緩急，實屬可嘉。欽此。”當時廣東解送江南大營的餉銀途經長沙，曾國藩另附奏片，請求截留四萬兩白銀作為籌辦炮船、招募水勇的經費。

湘軍營制規定，每營編制三百六十名戰鬥兵員，另配一百四十名後勤長夫，合計五百人。曾國藩選拔將領設立四項標準：第一要具備治理才能，第二要不怕犧牲，第三要不貪圖名利，第四要能吃苦耐勞。他計劃招募六千新兵，加上江忠源原有部隊，整編成萬人大軍。

這個方案剛提出，江忠源就上奏請求調派曾國藩訓練的六千人出省剿匪。朝廷隨即下旨：“湖北局勢危急，已降旨令江忠源暫留剿賊。著曾國藩立即將選募的六千楚勇，配備火炮器械，籌措船隻，由該侍郎親自率領駛出洞庭湖，沿長江迎頭截擊，肅清江面賊船。料想曾國藩與江忠源必能統籌全域性。欽此。”

此前在湖北田家鎮駐防的兵勇潰敗後，部分逃竄至湖南境內，沿途劫掠商旅。曾國藩下令抓捕，一經查獲立即處決示眾，百姓因此得以安寧。

當月，曾國藩致信湘鄉鄉紳，提議在縣城修建忠義祠，祭祀在江西陣亡的四位營官，並將湘勇將士一併配享祭祀。

江忠源率軍回駐漢陽，奉旨升任安徽巡撫，並受命統籌湖北、安徽兩省軍務，根據形勢緩急相機進剿。當時太平軍已佔據安慶，計劃以廬州為省會。工部侍郎呂賢基在安徽原籍辦理團練，遭遇太平軍從舒城、桐城北竄，呂賢基率軍迎戰陣亡。周天爵也在家中去世。江忠源見湖北戰事剛平息，安徽局勢更為危急，便抱病率軍北上馳援廬州。行軍至六安時，病情加重。

十一月，朝廷頒佈諭旨：“宋晉上奏稱曾國藩在鄉里素有聲望，百姓樂於為其效力，請命其挑選精練勇丁，僱備船隻，順長江東下，與江忠源部水陸並進，迅速剿滅賊寇等語。現今安徽逆匪氣焰囂張，接連攻陷桐城、舒城，進逼廬州府城，呂賢基已經殉國，江忠源又身染疾病，安徽省形勢危急。究其根源，實因長江水域缺乏水師戰船攔截追擊，致使賊寇往來自如，匪勢日益猖獗。該侍郎此前奏摺中亦曾籌劃慮及此事。”

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。親探鄉家回返州衡從藩國曾，日七十二月二十。半過建已船戰，休無終年，工趕夜日廠船軍湘時此

。利勝定決得取能未卻年整攻圍，線外城兩守駐別分善琦帥統營大北江和榮向帥統營大南江。城兩流獨、海靜據佔，府津天犯進，月九。州深佔攻，關洺臨至戰轉又，府平陷攻，西山進竄流，月八。府慶懷攻圍，月六。河黃過渡，城省封開進，德歸破攻，南河進北續繼，府陷攻後隨，關淮臨據佔，州滁佔攻，上北州揚從部率祥林領將軍平太，月四季夏年這

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