顯慶四年（西元659年，己未年）

春天二月乙丑日，唐臨被免去官職。

三月壬午日，西突厥的興昔亡可汗和真珠葉護在雙河交戰，興昔亡可汗斬殺了真珠葉護。

夏天四月丙辰日，任命于志寧為太子太師，依舊擔任同中書門下三品；乙丑日，讓黃門侍郎許圉師參與朝政大事。

武皇后覺得太尉趙公長孫無忌接受了朝廷的重賞，卻不幫自己的忙，心裡特別怨恨他。等到商議廢掉王皇后的時候，燕公于志寧保持中立不表態，武皇后也不高興。許敬宗多次跟長孫無忌講其中的利害關係，想勸他支援武皇后，可長孫無忌每次都當面反駁他，許敬宗因此也記恨上了長孫無忌。武皇后當上皇后之後，長孫無忌心裡很不安。武皇后就讓許敬宗找機會陷害長孫無忌。

正好洛陽人李奉節告發太子洗馬韋季方和監察御史李巢結黨營私，皇上下令讓許敬宗和辛茂將去調查這件事。許敬宗逼問得很緊，韋季方受不了就自殺了，不過沒死成。許敬宗趁機誣陷說韋季方想和長孫無忌一起陷害忠臣和皇親國戚，好把權力都集中到長孫無忌手裡，然後找機會謀反，現在事情敗露，所以才自殺。皇上聽了很震驚，說：“怎麼會有這種事！舅舅可能是被小人挑撥，心裡產生了一些疑慮隔閡，這倒是有可能，但怎麼會到謀反的地步呢！”許敬宗說：“我從頭到尾仔細追查，謀反的跡象已經很明顯了，陛下還心存疑慮，這恐怕對國家不利啊。”皇上哭著說：“我家真是不幸，親戚之間老是有二心。前些年高陽公主和房遺愛謀反，現在舅舅又這樣，真讓我沒臉見天下人。要是這事兒是真的，該怎麼辦呢？”許敬宗回答說：“房遺愛就是個毛頭小子，和一個女人謀反，能成什麼氣候！長孫無忌當年和先帝一起打天下，天下人都佩服他的智謀；他當宰相三十年了，天下人都害怕他的威嚴。要是他一旦發動叛亂，陛下您能派誰去抵擋呢？現在幸虧祖宗保佑，上天厭惡壞人，藉著調查一件小事，揪出了這麼大的奸賊，這實在是天下的大幸啊。我就怕長孫無忌知道韋季方自殺，狗急跳牆發動叛亂，他一揮手，那些臭味相投的人就會像烏雲一樣聚集過來，那可就真成了國家的大憂患了。我以前看到宇文化及的父親宇文述深受隋煬帝的信任，還結成了親家，把朝政都交給他。宇文述死後，宇文化及又掌管了禁軍，結果在江都一個晚上就發動了叛亂，先殺了那些不順從自己的人，我家也遭了禍。於是大臣蘇威、裴矩這些人，都在宇文化及的馬前跳舞，就怕巴結得不夠快，到了天亮隋朝就滅亡了。這事兒過去沒多久，希望陛下趕緊做決定啊！”皇上讓許敬宗再仔細審查。第二天，許敬宗又上奏說：“昨天晚上韋季方已經承認和長孫無忌一起謀反了。我又問韋季方：‘長孫無忌和國家關係這麼親，好幾朝都受到寵信，他有什麼不滿要謀反呢？’韋季方回答說：‘韓瑗曾經對長孫無忌說：“柳奭、褚遂良勸您立梁王為太子，現在梁王被廢了，皇上也懷疑您，所以把高履行調到外地。”從這以後，長孫無忌就又擔憂又害怕，慢慢開始為自己考慮後路。後來看到長孫祥又被調出京城，韓瑗也獲罪，就日夜和韋季方等人謀劃著謀反。’我核查了供詞，都能對上，請求把長孫無忌抓起來依法處置。”皇上又哭著說：“舅舅要是真這樣，我實在不忍心殺他；要是真殺了他，天下人會怎麼說我！後世又會怎麼看我！”許敬宗回答說：“薄昭是漢文帝的舅舅，漢文帝從代國來的時候，薄昭也有功勞，他最後也就是因為殺人獲罪，漢文帝就派百官穿著素服去哭著逼他自殺，到現在天下人都覺得漢文帝是英明的君主。現在長孫無忌忘了兩朝的大恩，陰謀篡奪國家政權，他的罪和薄昭可不能相提並論。幸虧他的姦情自己暴露了，謀反的人也認罪了，陛下您還有什麼可懷疑的，還不趕緊做決定！古人說：‘當斷不斷，反受其亂。’現在可是關乎國家安危的關鍵時刻，形勢緊迫。長孫無忌就是現在的奸雄，和王莽、司馬懿是一類人。陛下要是再猶豫拖延，我擔心禍事就發生在身邊，到時候後悔都來不及了！”皇上覺得他說得對，竟然都沒召長孫無忌來當面詢問。戊辰日，皇上下詔，免去長孫無忌太尉的官職和封邑，讓他去當揚州都督，把他安置在黔州，按照一品官員的待遇供應物資。長孫祥是長孫無忌堂兄的兒子，之前從工部尚書被貶為荊州長史，所以許敬宗拿這事兒來誣陷他。

許敬宗又上奏說：“長孫無忌謀反，是褚遂良、柳奭、韓瑗煽動勾結造成的；柳奭還偷偷和後宮勾結，謀劃著下毒害人，于志寧也依附長孫無忌。”於是皇上下詔，追奪褚遂良的官職爵位，開除柳奭、韓瑗的官籍，免去于志寧的官職。還派使者徵調沿途計程車兵，護送長孫無忌去黔州。長孫無忌的兒子秘書監駙馬都尉長孫衝等人都被開除官籍，流放到嶺南。褚遂良的兒子褚彥甫、褚彥衝被流放到愛州，在半路上就被殺了。益州長史高履行多次被貶，最後當了洪州都督。

五月丙申日，兵部尚書任雅相、度支尚書盧承慶都開始參與朝政大事。盧承慶是盧思道的孫子。

涼州刺史趙持滿，力氣大，擅長射箭，喜歡行俠仗義。他的姨母是韓瑗的妻子，他的舅舅駙馬都尉長孫銓，是長孫無忌的堂弟。長孫銓因為長孫無忌的事受牽連，被流放到巂州。許敬宗擔心趙持滿會鬧事，就誣陷他和長孫無忌一起謀反，透過驛站把他召到京城，關進監獄，嚴刑拷打，可趙持滿始終不承認，說：“要殺就殺，想讓我改口沒門！”官吏拿他沒辦法，就代替他寫了供詞結案上奏。戊戌日，趙持滿被殺，屍體扔在城西，親戚們都不敢去看。他的朋友王方翼感嘆說：“欒布哭彭越，這是義；文王埋葬枯骨，這是仁。我下不失義，上不違背仁，不也可以嗎！”於是就去把趙持滿的屍體收了埋葬。皇上聽說後，也沒怪罪他。王方翼是被廢皇后的堂兄。長孫銓到了流放的地方，當地縣令為了討好上面，用棍子把他打死了。

六月丁卯日，皇上下詔把《氏族志》改為《姓氏錄》。

當初，唐太宗讓高士廉等人編寫《氏族志》，對各個氏族的地位升降、取捨，當時大家都覺得很恰當。到了現在，許敬宗等人覺得這本書沒有把武氏家族的地位寫得足夠高，就上奏請求修改。於是皇上命令禮部郎中禮志約等人按照類別重新確定氏族地位的高低，把皇后的家族列為第一等，其他的都按照在唐朝做官的品級高低來劃分，一共分為九等。這樣一來，士兵只要因為軍功升到五品官，就能躋身士族行列，當時的人把這叫做“勳格”。

許敬宗討論封禪的禮儀，己巳日，上奏說：“請讓高祖、太宗都配享昊天上帝，太穆皇后、文德皇后都配享皇地只。”皇上同意了。

秋天七月，皇上命令御史到高州追捕長孫恩，到象州追捕柳奭，到振州追捕韓瑗，都戴上枷鎖押回京城，還命令州縣登記他們的家產。長孫恩是長孫無忌的堂弟。

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