李建成和李元吉騎馬到了臨湖殿，察覺到情況不對，立馬掉轉馬頭，打算往東跑回自己的宮府。李世民在後面追著喊他們，李元吉趕緊拉開弓，對著李世民就射，可連拉了幾次都拉不滿弓。這時候李世民一箭射出去，直接把李建成給射死了。

緊接著，尉遲敬德帶著七十多個騎兵趕到，手下人放箭，把李元吉射下了馬。李世民的馬受到驚嚇，跑到樹林裡，被樹枝絆住，李世民也跟著摔倒，一時爬不起來。李元吉趁機跑過去，搶過李世民的弓，想要掐死他。就在這千鈞一髮之際，尉遲敬德騎著馬大喝一聲衝了過來，李元吉嚇得趕緊往武德殿方向跑，尉遲敬德在後面追著射箭，把李元吉也給殺了。

翊衛車騎將軍馮翊人馮立聽說李建成死了，感嘆道：“哪能活著的時候受他的恩，死了就逃避為他解難呢！”於是就和副護軍薛萬徹、屈咥直府左車騎萬年人謝叔方，帶著東宮和齊王府的兩千精兵，火速趕往玄武門。張公謹力氣大，一個人關上大門，擋住了他們，他們沒法衝進去。雲麾將軍敬君弘負責掌管玄武門的宿衛，此時正駐紮在玄武門，他挺身而出，準備迎戰。身邊親近的人勸他說：“這事兒還不知道咋發展呢，先別急，看看情況再說，等咱們的援兵到了，排好陣勢再打，也不晚啊。”敬君弘不聽，和中郎將呂世衡大喊著衝了上去，結果都戰死了。敬君弘是敬顯俊的曾孫。

守門計程車兵和薛萬徹等人拼了好一會兒，薛萬徹大聲鼓譟，揚言要攻打秦王府，秦王府的將士們都嚇壞了。這時候尉遲敬德拿著李建成和李元吉的腦袋給他們看，東宮和齊王府計程車兵一看，頓時就潰散了。薛萬徹帶著幾十個人逃進了終南山。馮立殺了敬君弘之後，對他的手下說：“這下也算是稍微報答太子了！”說完就解散了士兵，自己逃到了野外。

這時候皇上正在海池划船呢，李世民派尉遲敬德進宮擔任宿衛。尉遲敬德穿著鎧甲，拿著長矛，直接來到皇上跟前。皇上嚇了一大跳，問道：“今天是誰在作亂？你到這兒來幹什麼？”尉遲敬德回答說：“秦王因為太子和齊王發動叛亂，起兵把他們殺了，擔心驚動陛下，所以派我來擔任宿衛。”皇上轉頭對裴寂等人說：“真沒想到今天會發生這種事，這可怎麼辦啊？”蕭瑀和陳叔達說：“李建成和李元吉本來就沒參與起義的謀劃，對天下也沒什麼功勞，他們嫉妒秦王功勞大、威望高，就一起搞陰謀。現在秦王已經把他們討伐誅殺了，秦王的功勞那是蓋過天地，天下人都心服口服。陛下要是立秦王為太子，把國家大事交給他，那就沒什麼可擔心的了。”皇上說：“好！這本來就是我一直以來的想法。”

當時，宮裡的宿衛、秦王府計程車兵和東宮、齊王府的人還在打個不停。尉遲敬德請求皇上親自下道命令，讓各路軍隊都聽秦王指揮，皇上答應了。天策府司馬宇文士及從東上閣門出去宣讀聖旨，大家這才安定下來。皇上又派黃門侍郎裴矩到東宮去給那些將士們說明情況，他們就都解散了。皇上把李世民叫來，安撫他說：“最近這段時間，我差點就像曾參母親聽到三次有人說曾參殺人就相信了那樣，對你產生了誤會。”李世民聽了，跪在地上，趴在皇上胸前，大哭了好久。

李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、鉅鹿王李承義，李元吉的兒子梁郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度，都因為這事兒被處死，還被從宗室名冊上除名了。

一開始，李建成答應李元吉，等自己當了皇帝，就立他為皇太弟，所以李元吉才拼死幫他。這事兒完了之後，將領們想把李建成和李元吉的一百多個親信都殺了，還要沒收他們的家產。尉遲敬德堅決反對，說：“有罪的就他們倆，現在已經伏法了。要是再牽連他們的黨羽，這可不是求安穩的辦法。”大家這才作罷。當天，皇上下詔大赦天下。叛逆的罪名，就只算在李建成和李元吉頭上，其他人一概不追究。那些和尚、尼姑、道士、女道士，都讓他們照舊。國家各種事務，都由秦王來處理。

辛酉日，馮立和謝叔方主動出來自首。薛萬徹躲起來了，李世民多次派人去勸他，他才出來。李世民說：“這些人都是忠於自己的主子，是義士啊。”就把他們都釋放了。

癸亥日，皇上立李世民為皇太子，還下詔說：“從現在起，國家的大小事務，都先交給太子處理，處理完再上奏給我。”

司馬光評論說：立嫡長子為太子，這是符合禮法的。但是唐高祖能得到天下，那可全是唐太宗的功勞。隱太子李建成平庸無能，卻位居太宗之上，地位和勢力互相猜忌逼迫，肯定是容不下彼此的。要是唐高祖能像周文王那樣英明，隱太子能像泰伯那樣賢良，唐太宗能像子臧那樣有節操，那禍亂從哪兒來呢！既然做不到這樣，唐太宗一開始還想等他們先動手，然後再回應，這樣的話，事情也是不得已才做的，還算好。結果後來被手下人逼迫，以至於在宮門口流血衝突，對親兄弟下了殺手，被千古之人嘲笑，真是可惜啊！那些開創基業、傳承帝統的君主，他們的行為可是子孫後代效仿的榜樣，後來中宗、明帝、肅宗、代宗的皇位傳承，難道不是有人拿這件事當作藉口嗎！

戊辰日，任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程知節為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。還把齊王府的金銀財寶、器物用具都賞賜給了尉遲敬德。

當初，太子洗馬魏徵經常勸李建成早點除掉秦王。李建成失敗後，李世民把魏徵叫來，問他：“你為什麼要離間我們兄弟？”大家都替魏徵捏了把汗，可魏徵神色自若，回答說：“要是太子早聽我的話，肯定不會有今天的災禍。”李世民一直很看重魏徵的才能，聽他這麼說，馬上改變態度，以禮相待，還讓他擔任詹事主簿。李世民又把王珪和韋挺從巂州召回來，都任命為諫議大夫。

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