牢之帶著軍隊駐紮在溧洲，手下參軍劉裕提議去攻打桓玄，可牢之沒答應。桓玄呢，派了牢之的族舅何穆去勸他：“從古到今，那些手握超強權勢、立下超猛功勞的人，有幾個能保全自己的？像越國的文種，秦國的白起，漢朝的韓信，都是給英明的主子效力，可功勞到手，不還是被殺了，更何況你現在是給桓玄這主兒幹活呢！你要是打贏了，桓玄會覺得你威脅太大，可能滅你全族；打輸了，你自己這一族也得玩兒完，你這咋整嘛！不如趕緊換個思路，跟桓玄合作，還能一直享受榮華富貴。你看古人，像管仲射了齊桓公一箭，勃鞮砍了晉文公的袖子，後來不也能輔佐他們嘛，桓玄跟你又沒啥深仇大恨！”這時候，譙王尚之已經戰敗，大家心裡更慌了，牢之還真有點聽進去何穆的話，跟桓玄開始暗通款曲。

東海中尉何無忌，他是牢之的外甥，和劉裕一起拼命勸牢之別這麼幹，可牢之壓根不聽。他兒子劉敬宣也勸：“現在國家形勢那叫一個危險，天下的關鍵就掌握在您和桓玄手裡。桓玄靠著他爸他叔的家底，佔了大半個南方，勢力老強了。要是這次放他一馬，等他威望立起來，再想收拾他可就難了，搞不好就跟當年董卓亂政一樣啊！”牢之生氣地說：“我能不知道嘛！拿下桓玄對我來說就跟翻個手掌一樣容易。但問題是，收拾了桓玄，我咋跟驃騎將軍交代啊！”

三月初一，牢之派劉敬宣去找桓玄投降。桓玄心裡其實想弄死牢之，表面上還跟劉敬宣一起吃飯喝酒，擺出名書畫跟他一起欣賞，就為了穩住他。劉敬宣沒察覺到桓玄的心思，桓玄身邊的官員都你看我我看你，直冒冷汗。桓玄還任命劉敬宣當了諮議參軍。

這邊元顯本來準備出發，聽說桓玄已經到了新亭，嚇得趕緊棄船，退到國子學駐紮。三月二十七日，在宣陽門外列陣。結果軍隊裡突然開始互相傳，說桓玄已經到了南桁，元顯一聽，立馬帶兵想回宮。桓玄派人拿著刀在後面追著喊：“放下武器！”元顯計程車兵一下子全跑光了，元顯騎著馬逃回東府，就張法順一人騎馬跟著他。元顯找他爸道子問該咋辦，道子啥辦法沒有，就知道對著他哭。桓玄派太傅從事中郎毛泰把元顯抓了送到新亭，綁在船前數落他的罪狀。元顯還狡辯：“都怪王誕和張法順把我帶溝裡了！”

三月二十八日，恢復隆安年號，皇帝派侍中到安樂渚去慰勞桓玄。桓玄進了京城，假傳聖旨解除戒嚴，自己掌握了朝廷各種大權，又是都督中外諸軍事，又是丞相，還錄尚書事，兼任揚州牧，同時管著徐、荊、江三州刺史，還拿著象徵最高權力的黃鉞。桓玄安排桓偉當荊州刺史，桓謙當尚書左僕射，桓修當徐、兗二州刺史，桓石生當江州刺史，卞範之當丹陽尹。

桓玄剛起兵的時候，侍中王謐奉詔去見桓玄，桓玄對他那叫一個客氣。等桓玄掌權了，就任命王謐當中書令。這王謐是王導的孫子。新安太守殷仲文，是殷覬的弟弟，桓玄的姐姐是殷仲文的老婆。殷仲文聽說桓玄打進了京城，直接棄了郡守的職位來投奔桓玄，桓玄讓他當了諮議參軍。劉邁去見桓玄，桓玄問他：“你不怕死啊，還敢來？”劉邁說：“像管仲射鉤、勃鞮斬祛，加上我這事兒，不就三件了嘛！”桓玄一聽挺高興，也讓他當了參軍。

三月二十九日，有關部門上奏說會稽王道子整天喝酒放縱，還不孝順，應該砍頭，皇帝下詔把他流放到安成郡；元顯、東海王彥璋、譙王尚之、庾楷、張法順、毛泰這些人都在健康市場被砍頭。桓修替王誕求情，王誕才被流放到嶺南。

桓玄讓劉牢之當會稽內史。劉牢之心裡不爽：“剛開頭就把我的兵權拿走，這禍事要來了啊！”劉敬宣請求回去勸勸牢之，讓他接受任命，桓玄就放他走了。劉敬宣回去勸牢之偷襲桓玄，牢之猶豫來猶豫去，又把軍隊移到班瀆，還偷偷跟劉裕說：“我打算往北去廣陵找高雅之，起兵拯救國家，你能跟我一起不？”劉裕說：“將軍你帶著好幾萬精兵，說投降就投降了。桓玄剛得志，那威風傳遍天下，現在朝廷內外人心都向著他，你覺得廣陵能去得了嗎？我打算回京口，重新當我的老百姓。”何無忌問劉裕：“我該咋辦啊？”劉裕說：“我看鎮北將軍劉牢之肯定沒啥好下場，你不如跟我回京口。桓玄要是老老實實當臣子，咱就跟著他幹；要是他不安分，咱就一起收拾他。”

這時候劉牢之把手下官員都召集起來，商量著佔據江北去討伐桓玄。參軍劉襲說：“最不應該乾的事兒就是造反。將軍你以前反王兗州，最近又反司馬郎君，現在又要反桓公，一個人反三次，還咋在江湖上混啊！”說完扭頭就走，其他官員也都跟著散了。劉牢之害怕了，讓劉敬宣去京口接家人，結果劉敬宣沒按時回來，劉牢之以為事情敗露，桓玄要派人來殺他了，就帶著手下往北跑，到了新洲，上吊死了。劉敬宣回來，都沒時間哭，趕緊渡江跑去廣陵。手下的人把劉牢之收斂了，把他的屍體運回丹徒。桓玄知道後，讓人把棺材劈開，砍下劉牢之的頭，把屍體扔在集市上示眾。

然後桓玄搞了個大赦天下，改年號為大亨。

桓玄假意推辭丞相和荊、江、徐三州的職位，朝廷又改授他太尉、都督中外諸軍事、揚州牧、領豫州刺史，還是掌握各種大權；封琅邪王德文為太宰。

司馬休之、劉敬宣、高雅之這些人都跑到洛陽，把自家子弟送到後秦當人質，請求後秦幫忙。後秦王姚興給了他們符信，讓他們到關東去招兵，還真招到幾千人，又回到彭城一帶駐紮。

孫恩帶著人攻打臨海，臨海太守辛景把他打敗了，孫恩之前搶來的三吳地區的男女，死得差不多了。孫恩怕被官軍抓住，直接跳海自殺了，他的黨羽和那些歌女、小妾跟著一起跳海的有好幾百人，這叫啥“水仙”。剩下的幾千人又推舉孫恩的妹夫盧循當頭兒。這盧循是盧諶的曾孫，長得精神，還多才多藝。年輕的時候，有個和尚惠遠就跟他說：“你這人看著挺有風度，可志向不太正啊，咋回事呢？”太尉桓玄想安撫東邊的地方，就任命盧循當永嘉太守。盧循雖然接受了任命，但還是繼續到處搞破壞。三月三十日，後燕大赦天下。

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