皇帝徵召戴淵、劉隗回建康保衛京城。劉隗到的時候，百官都在路上迎接，劉隗戴著頭巾，高談闊論，一副滿不在乎的樣子。等進宮見到皇帝，他和刁協勸皇帝把王氏家族的人都殺了，皇帝沒答應，劉隗這才有點害怕。

司空王導帶著堂弟中領軍王邃、左衛將軍王廙、侍中王侃、王彬以及其他宗族二十多人，每天一大早就到朝廷等著治罪。周顗要進宮，王導喊他：“伯仁（周顗字），我一家老小上百口人的性命就託付給你了！”周顗頭也不回，徑直就進去了。見到皇帝后，周顗說王導很忠誠，極力為他辯護求情，皇帝聽進去了他的話。周顗喜歡喝酒，喝醉了才出來，王導還在宮門，又喊他。周顗也不跟他說話，回頭對身邊的人說：“今年要是殺了那些亂臣賊子，就能拿到像鬥那麼大的金印，掛在胳膊肘後面啦。”出來之後，周顗又上表給皇帝，說明王導無罪，言辭十分懇切。但王導並不知道這些，心裡特別恨他。

皇帝讓王導重新穿上朝服，召見了他。王導磕頭說：“逆臣賊子，哪個朝代沒有啊，沒想到現在竟然出在我王氏家族裡！”皇帝光著腳跑過來，拉著他的手說：“茂弘（王導字），我還得把重要的大事託付給你呢，你這說的是什麼話呀！”

三月，皇帝任命王導為前鋒大都督，給戴淵加授驃騎將軍。還下詔說：“王導能為了大義滅親，就按我當安東將軍時的規格，給他符節。”任命周顗為尚書左僕射，王邃為右僕射。皇帝派王廙去傳達旨意，讓王敦停止行動，王敦不聽，還把王廙留下，王廙反而被王敦所用。徵虜將軍周札，向來陰險好利，皇帝任命他為右將軍，都督石頭城的各項軍事。王敦快到的時候，皇帝讓劉隗駐軍金城，周札鎮守石頭城，自己親自穿上鎧甲，到郊外巡視軍隊。又任命甘卓為鎮南大將軍、侍中，都督荊、梁二州的軍事，讓陶侃兼任江州刺史，讓他們各自率領所部軍隊，從後面追擊王敦。

王敦到了石頭城，本來想攻打劉隗。杜弘對王敦說：“劉隗手下不怕死的人很多，不太容易攻克，不如攻打石頭城。周札這人刻薄少恩，他計程車兵都不願為他賣命，攻打肯定能取勝，周札一敗，劉隗自然就跑了。”王敦聽從了他的建議，讓杜弘做前鋒，攻打石頭城，周札果然開門放杜弘進去了。王敦佔領石頭城後，感嘆道：“我再也做不成品德高尚的事了！”謝鯤說：“怎麼會這樣呢！只要從今往後，把這些不愉快的事一天天忘掉就好了。”

皇帝命令刁協、劉隗、戴淵率領軍隊攻打石頭城，王導、周顗、郭逸、虞潭等人分三路出戰，結果刁協等人的軍隊都大敗。太子司馬紹聽說後，想親自率領將士去決戰，剛上車準備出發，中庶子溫嶠拉住馬韁繩勸道：“殿下您是國家的儲君，怎麼能拿自己的生命開玩笑，把天下置於不顧呢！”說著抽出劍砍斷馬鞅，司馬紹這才作罷。王敦擁兵自重，不朝見皇帝，還放任士兵四處搶掠，皇宮和朝廷裡的人都四處逃散，只有安東將軍劉超按兵不動，一直護衛著，還有兩位侍中陪在皇帝身邊。皇帝脫下軍裝，穿上朝服，環顧四周說：“要是想坐我的位子，早點說呀！何至於把老百姓害成這樣！”又派使者對王敦說：“您要是還念著朝廷，就趕緊停止用兵，這樣天下還能相安無事。要是不這樣，那我就回琅邪，給您讓賢。”

刁協、劉隗戰敗後，一起進宮，在太極殿東邊的臺階上見到皇帝。皇帝拉著刁協、劉隗的手，流著淚抽泣，勸他們趕緊躲避災禍。刁協說：“臣願意拼死堅守，不敢有二心。”皇帝說：“現在情況危急了，怎麼能不走呢！”於是讓人給刁協、劉隗準備好人和馬，讓他們自己想辦法。刁協年紀大了，騎不了馬，平時又沒什麼恩情，招募跟隨他的人，結果都跑了，走到江乘的時候，被人殺了，把頭送給了王敦。劉隗逃到後趙，後來官至太子太傅才去世。

皇帝讓公卿百官到石頭城去見王敦，王敦問戴淵：“前幾天打仗，你還有餘力嗎？”戴淵說：“哪敢有餘力，是實在力量不夠啊！”王敦又問：“我這次的舉動，天下人怎麼看？”戴淵說：“只看表面的人會說這是叛逆，能體會您真心的人會覺得這是忠誠。”王敦笑著說：“你還真會說話。”又對周顗說：“伯仁，你對不起我！”周顗說：“您興兵犯上，下官我親自率領六軍抵抗，卻沒能成功，讓朝廷的軍隊戰敗，就因為這事兒，我對不起您。”

辛未日，朝廷大赦天下。任命王敦為丞相，都督中外諸軍，錄尚書事，江州牧，封武昌郡公，王敦一概推辭不接受。

當初，西晉都城淪陷後，各地都勸皇帝登基。王敦想獨攬朝政，擔心皇帝年紀大了不好控制，就想另外商議立誰為帝，王導沒同意。等王敦攻克建康後，對王導說：“當初不聽我的話，差點讓家族覆滅。”

王敦覺得太子有勇有謀，在朝野上下威望很高，就想誣陷他不孝，把他廢掉。於是召集百官，聲色俱厲地問溫嶠：“皇太子憑什麼稱得上有德行？”溫嶠說：“太子思慮深遠，不是一般人能衡量的。從禮義的角度看，他可以說是很孝順了。”大家都覺得溫嶠說得對，王敦的陰謀這才沒能得逞。

皇帝在廣室召見周顗，對他說：“最近發生這麼大的事，皇上和太子都沒事，其他人也平安，大將軍的所作所為，是不是和你期望的一樣呢？”周顗說：“皇上和太子的情況就像您下詔說的那樣，可我們這些臣子的命運還不知道呢。”護軍長史郝嘏等人勸周顗躲避王敦，周顗說：“我身為大臣，朝廷都衰敗成這樣了，難道還要像草野之人一樣苟且偷生，逃到胡、越之地去嗎！”王敦的參軍呂猗，曾經在朝廷做郎官，為人奸邪諂媚，戴淵當尚書的時候就討厭他。呂猗勸王敦說：“周顗、戴淵都有很高的名聲，足以蠱惑眾人，最近他們說話，一點慚愧的神色都沒有，您要是不除掉他們，恐怕以後還會有麻煩。”王敦向來忌憚兩人的才能，覺得呂猗說得有道理，就若無其事地問王導：“周顗、戴淵在南北兩地都很有聲望，肯定能當上三公吧？”王導沒回答。王敦又問：“如果不當三公，起碼也得是尚書令或僕射吧？”王導還是沒回答。王敦說：“要是都不行，那就只能殺了他們！”王導依舊沒回應。丙子日，王敦派部將陳郡人鄧嶽去抓捕周顗和戴淵。之前，王敦還對謝鯤說：“我打算讓周伯仁當尚書令，戴若思（戴淵字）當僕射。”這天，又問謝鯤：“最近人心怎麼樣？”謝鯤說：“您這次舉動，雖然是為了保全國家，但一般人的看法，確實沒能理解您的高義。要是真能重用周顗、戴淵，大家就都心服口服了！”王敦生氣地說：“你太粗疏了吧！這兩人不配，我已經把他們抓起來了！”謝鯤驚訝得不知所措。參軍王嶠說：“‘人才濟濟，周文王因此安寧。’怎麼能殺這些名士呢！”王敦大怒，要殺王嶠，大家都不敢說話。謝鯤說：“您舉大事，一個人都沒殺過。王嶠因為提意見違背了您的心意，就要殺他祭鼓，這不是太過分了嗎！”王敦這才放了王嶠，把他降為領軍長史。王嶠是王渾的族孫。

周顗被抓，路過太廟的時候，大聲喊道：“賊臣王敦，顛覆國家，冤殺忠臣。神靈要是有靈，趕緊把他殺了！”抓捕他的人用戟刺傷他的嘴，血一直流到腳跟，周顗神色自若，圍觀的人都忍不住流淚。周顗和戴淵都在石頭城南門之外被殺害。

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