話說大明宣德年間，應天府上元縣有個秀才姓沈名謙，表字文和，祖上三代懸壺濟世，傳至文和這輩卻棄醫從文。其人眉目疏朗，性喜山水，常負笈遊學。這年清明方過，文和攜書童墨鳴往姑蘇訪友，舟行至太湖煙波深處，忽見西北方黑雲壓頂，舟子驚呼：“龍吸水矣！”但見渦旋接天，白浪如山，一葉扁舟如敗絮般捲入旋渦。

文和正惶懼間，忽聞悽楚嗚咽之聲，定睛望去，竟見漩渦中有青衫老者抱木浮沉。當下顧不得兇險，急令舟子拋纜相救。那老丈得救時已氣息奄奄，懷中緊抱個紫檀醫箱，鎏金鎖頭刻著“青囊”二字。文和試其脈象，竟是油盡燈枯之兆，連忙施以祖傳金針之術。

老者甦醒後長嘆：“老朽秦九襄，本欲攜祖傳秘術赴金陵救人，豈料天降橫禍。今蒙君子搭救，願以《青囊經》三卷相贈。”遂開醫箱取出一函古冊，羊皮封面泛著幽藍光澤。文和推辭道：“小生略通岐黃，豈敢受此重寶？”老者正色道：“醫道貴在傳承，觀君施針手法，乃沈濟舟先生後人。昔年先師與沈公在華山論醫，曾訂下青囊之約...”語未竟忽噴血不止，竟溘然長逝。

文和悲慟不已，依禮將老者葬於太湖西山梅林，守墓三七之期。每夜展卷研讀，方知此經載有“移星換斗針”、“觀氣辨疽術”等失傳絕學，更有百餘奇方，竟有起死回生之論。期滿那夜忽夢老者執手囑託：“金陵有痘疫將發，可用經中‘百花闢癘湯’解救，然切記醫者七戒，尤不可施術求祿...”

翌日啟程赴金陵，方入城郭便聞滿城悲聲。原來痘疫橫行，十戶九哀。文和憶起夢中囑咐，當即賃下永寧寺旁廢宅，依經方採買藥材。說也奇哉，那藥方需以寅時荷花露配伍，文和夜宿玄武湖採露時，竟見荷叢中浮著個昏迷女童，額間硃砂痣殷紅如血。救醒後問之，乃織造局匠戶蘇氏之女，名喚蘅娘，年方十二，父母皆亡於痘疫。

文和心生惻隱，遂收為藥童。這蘅娘雖年幼，卻穎悟非常，煎藥分劑毫釐不差。更奇者，每與文和同制闢癘湯，藥效便增三分。不過旬日，求醫者塞巷填街。這日忽有豪奴開道，八抬大轎停駐醫廬前，竟是魏國公府長史前來，言府中郡主染疫危殆。文和立即攜蘅娘往診，見那郡主面紫息微，痘瘡盡黑，顯是毒入膏肓。

依經載秘法，需以金針度穴輔以紫雪丹。施針時蘅娘忽指郡主右臂疑雲：“先生瞧這痘叢中是否隱著青紋？”文和細觀果見蛛網狀青痕，正是經中所言“蛛絲痧”凶兆，急改換“北斗叩闕”針法。三更時分郡主忽嘔黑血升許，繼而熱退神清。國公大喜，賜金百兩，文和卻謹記夢中戒訓，只取診資三錢。

誰知這番動靜驚動了太醫院判王濟仁。此人素以“金針王”自詡，聞得文和醫術神妙，假意來訪。恰逢文和出診，王院判在藥房見那《青囊經》抄本，翻至“逆生死脈”篇時瞳孔驟縮——原來宮中貴妃罹患怪疾，症狀與此篇所載一般無二。當夜便有心腹小吏攜厚禮來聘，言明請文和入太醫院供職。文和婉拒道：“山野之人，豈敢聖前獻拙？”

轉眼重陽又至，痘疫漸息。這日文和帶蘅娘登棲霞山採藥，忽於紅葉深處遇一道姑，碧玉拂塵掃過蘅娘額間硃砂痣，愕然道：“此女乃‘藥檀骨’，百年難遇的醫道奇才，然命中帶煞，雙親必遭橫死...”文和慍怒打斷：“仙姑慎言！”道姑卻凝望文和麵容良久，忽擲籤語：“青囊重開日，紫微照影時。欲解生死劫，須尋明月枝。”言罷飄然而去。

臘月裡忽有急症患者叩門，稱是揚州鹽商家眷。文和連夜赴診，歸時卻見醫廬焚為白地，鄰人哭告有官差以“施邪術”為由搜走全部醫書。蘅娘因往雞鳴寺送藥僥倖得免。文和憤然往應天府衙理論，反被以“妄議朝政”收監。原來那王院判治不好貴妃怪疾，恐皇帝降罪，便誣陷文和用巫蠱之術。

陰暗牢中，文和正自悲憤，忽聞鐵鏈響動，獄卒引來個蓬頭垢面的老囚。那人見文和囚衣下露出金針囊，猛地撲上前抓住針囊暗繡的“沈”字，顫聲問：“公子莫非姑蘇沈濟舟後人？”原來此人竟是三十年前失蹤的御醫崔文素，與文和祖父乃同門師兄弟。他泣告當年王濟仁為奪師傳《靈樞秘要》，竟在御藥中做手腳誣陷於他。

崔御醫夜半咳血將亡，臨終前取出貼身珍藏的半片玉玦：“此乃師門信物，另半片在秦師兄處...《青囊經》實有上下兩卷，下卷載有‘換髓續命法’，然需藥檀骨者為引...”言未盡而氣絕。文和悲慟間忽悟道姑籤語，那“明月枝”莫非指秦淮明月坊？趁獄卒換班時，將玉玦藏於粥碗遞與蘅娘。

且說蘅娘得玉玦後，依文和暗中指點往明月坊尋訪。坊間最有名的卻是位盲眼琴伎，人稱“明月先生”。這女先生撫著玉玦忽然淚下：“秦師兄終究先我而去...”原來她竟是《青囊經》下卷傳人，本與秦九襄有白首之約，因試藥盲雙目，不願連累師兄而隱市井。當下取出一卷銀絲縫合的帛書：“下卷在此，然欲成換髓術，需藥檀骨者以心血為引，施術者亦將折壽...”