除此之外，太宗曾命他繪製歷代帝王肖像，以供宮廷鑑戒，這項創作耗費數年心血，便是後世震驚美術界的《歷代帝王圖》。畫卷從漢昭帝起始，歷經漢光武帝、魏文帝、晉武帝、陳宣帝、隋文帝、隋煬帝，共計十三位帝王，搭配四十六名侍從，每位帝王旁標註生平功過，相當於一套圖文版帝王興衰錄。

閻立本作畫時，以筆墨評判君王功過，藏著獨到的歷史觀。開創盛世的開國君主，線條舒展，身形挺拔，目光沉穩有神，自帶雄主氣魄；偏安一隅、庸碌無為的帝王，身形佝僂，眉眼萎靡；亡國之君隋煬帝，容貌俊美卻神態浮華，眉宇間藏著浮躁奢靡，寥寥幾筆，便把王朝興衰的密碼藏進人物眉眼之間。鐵線描挺拔有力，暈染吸收西域繪畫技法，層次飽滿，這套畫作如今收藏於美國波士頓美術館，是初唐人物畫最高水準代表之作。

貞觀二十三年，唐太宗李世民駕崩，貞觀時代落幕。對於閻立本而言，這位既重用他、也時常輕賤他畫師身份的帝王離去，他的人生也將邁入全新階段，兄長離世、執掌工部、登頂宰相，榮耀與非議接踵而至。

西元649年，唐高宗李治即位，閻立本作為兩朝老臣、秦府舊部，繼續得到朝廷重用。永徽年間，他輾轉多地任職，還曾擔任河南道黜陟使，作為中央特派巡查官員，前往地方考核官吏、整頓吏治，這段巡查經歷，讓他發掘出後世家喻戶曉的一代名臣——狄仁傑。

彼時狄仁傑只是幷州基層小吏，埋沒於州縣繁雜公務之中，無人賞識。閻立本巡查地方時，與狄仁傑交談片刻，便看出此人剛正聰慧、有濟世之才，當即感慨：“仲尼稱觀過知仁，君可謂滄海遺珠矣。”直白稱讚狄仁傑是被埋沒的珍寶，隨後直接向上舉薦，破格提拔，一路鋪平狄仁傑的晉升道路。若無閻立本這位伯樂，狄仁傑很難快速踏入中央朝堂，大唐少了一位斷案輔政的名相，單憑識人舉賢這件事，便能證明閻立本絕非只會作畫的庸碌官員，政務識才眼光獨到精準。

永徽六年之後，朝堂格局悄然變化，顯慶元年（656年），對閻立本而言痛徹心扉的變故到來——兄長閻立德病逝。

自少年喪父，閻立德便是他人生依靠，學業、仕途、營造技藝皆由兄長引路，兄弟二人共事宮廷數十載，一同設計宮殿、帝陵、輿服，如今兄長驟然離世，閻立本悲痛萬分。而閻立德生前深耕皇家工程體系，臨終前多次向朝廷舉薦弟弟接替自己的職位，唐高宗感念閻氏兩代功勳，下詔令閻立本繼任將作大匠，掌管全國宮廷、宗廟、陵寢、水利工程營造，同年再度升遷，官拜工部尚書，手握全國土木建造最高權柄，等同於如今國家工程體系最高長官。

接過兄長遺留的攤子，閻立本不再只是隨詔作畫的御用畫師，真正手握實權，開啟屬於自己的工程時代。閻家兩代營造經驗盡數彙集於他一身，翠微宮、玉華宮後續修繕、皇家宗廟改造、京畿水利疏通、帝陵配套工程，皆由他統籌規劃。他延續閻氏營造理念，兼顧建築實用與禮制美感，將繪畫中的構圖、對稱美學融入宮殿佈局，長安多處標誌性皇家建築，都留有他的設計手筆。

身兼工部尚書重任，每日堆積如山的工程文書、各地州縣施工奏摺需要批閱，可高宗每逢大型朝會、藩屬進貢、重要祭祀，依舊習慣性傳召閻立本現場作畫記錄。朝堂之上，他一身二品官袍，一半時間處理國計民生工程政務，一半時間提筆繪丹青，兩種身份不斷切換，同僚看待他的目光，也愈發複雜。

有人敬佩他文武技藝雙全，政務、營造、繪畫無一不精；也有恪守傳統士大夫觀念的官員暗自輕視，認為高官沉迷匠藝，有失宰輔體面。可閻立本早已看淡旁人細碎議論，兄長離世後，他肩上扛起閻氏一族的榮光，不再像青年時期那般因“畫師”稱呼羞憤難堪，只是心底那份“恥以畫名”的執念，從未真正消散。

工部尚書任上數年，他依舊沒有停下畫筆，完善《歷代帝王圖》收尾工作，繪製大量藩屬、外族人物畫像，同時整理閻立德遺留的營造圖紙，編撰宮廷建築、儀仗器物規制典籍，兼顧實務與文獻整理，文武雙線並行，在初唐一眾官員中獨樹一幟。

總章元年（668年），唐高宗一紙詔書，擢升閻立本為右相，封博陵縣男，正式位列宰輔，踏入大唐權力核心圈層。這份提拔，是對他數十年政務、工程功績的認可，卻也將他推到流言非議的風口浪尖。

當時朝堂左右二相分置，左相姜恪常年駐守邊關，憑藉對抗突厥、鎮守沙漠的累累戰功身居相位，是舉國公認的沙場名將；右相閻立本，軍功全無，世人第一印象仍是冠絕天下的丹青妙手。兩相同朝，對比鮮明，民間很快流傳開一句傳遍長安的順口溜：“左相宣威沙漠，右相馳譽丹青。”

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