不過，李太后也不是完美的。她雖然提倡節儉，但在對待自己家人的問題上，卻有些“護短”。她的父親李偉，原本只是個普通平民，因為女兒成了太后，就被封為武清伯，後來還升為武清侯。李偉仗著女兒的勢力，開始變得貪婪起來，經常利用職權謀取私利。

有一次，李偉負責給宮廷供應布料，他為了賺錢，竟然在布料裡摻假，用劣質布料冒充優質布料。這件事被張居正知道了，他立刻上奏萬曆皇帝，要求嚴懲李偉。李太后知道後，心裡很為難——一邊是自己的父親，一邊是國家的法度。最後，她還是選擇了維護法度，不過也只是讓李偉把貪汙的錢退回來，沒有對他進行重罰。

張居正知道李太后護短，也沒有再追究。可這件事還是給萬曆皇帝留下了不好的印象，他覺得母親在對待家人的問題上，太不講原則了。這也為後來萬曆皇帝跟李太后產生矛盾埋下了伏筆。

萬曆十年（1582年），張居正因為長期勞累，病逝了。張居正的去世，對明朝來說是個巨大的損失，對李太后來說，更是失去了一個重要的盟友。

張居正死後，萬曆皇帝已經二十歲了，開始親政。他早就對張居正的嚴格管教感到不滿，也對張居正掌握大權感到嫉妒。親政後，他做的第一件事，就是清算張居正——不僅下令抄了張居正的家，還把張居正的家人流放，甚至差點把張居正從墳墓裡挖出來鞭屍。

李太后知道後，心裡很不舒服。她知道張居正為明朝付出了很多，沒有張居正，就沒有“萬曆新政”的成效。可她也知道，萬曆皇帝已經長大了，有了自己的想法，自己再像以前那樣管教他，已經不合適了。於是，她沒有出面阻止萬曆皇帝，只是在私下裡勸萬曆皇帝，不要做得太過分。

萬曆皇帝雖然沒有完全聽李太后的話，但也收斂了一些，沒有把張居正的家人趕盡殺絕。不過，從那以後，萬曆皇帝跟李太后的關係就漸漸疏遠了。他不再像以前那樣凡事都跟李太后商量，甚至有時候還會故意跟李太后作對。

李太后看在眼裡，卻沒有多說什麼。她知道，自己輔政的使命已經完成了，現在該退居幕後，讓萬曆皇帝自己處理朝政了。於是，她開始減少參與朝政的次數，把更多的精力放在了後宮和宗教活動上。

李太后信佛，張居正死後，她就經常在宮裡唸經拜佛，還拿出自己的私房錢，在全國各地修建寺廟。比如北京的慈壽寺，就是李太后下令修建的。這座寺廟規模宏大，耗費了大量的錢財。有些大臣覺得李太后這樣做太浪費了，上奏勸她停止修建寺廟。可李太后卻不聽，說：“我修建寺廟，是為了祈求天下太平，為了萬曆皇帝祈福，哪是浪費？這是為大明積功德。”

其實李太后心裡門兒清——自己手裡的權力隨著張居正去世、萬曆親政已經越來越弱，與其在朝堂上跟已經翅膀硬了的兒子掰手腕，不如藉著信佛的由頭，給自己找個“安全區”。一來能避免跟萬曆產生直接衝突，二來修建寺廟也能留下個“仁慈太后”的名聲，畢竟在老百姓眼裡，信佛的皇室成員總不會是壞人。

不過，李太后也沒完全不管事。她知道萬曆皇帝親政後，身邊多了些阿諛奉承的小人，擔心兒子走歪路，所以時不時還會過問一下朝政。有一次，萬曆皇帝想把自己寵愛的鄭貴妃封為皇后，可當時王皇后還在世，而且鄭貴妃出身不高，大臣們都強烈反對。萬曆皇帝跟大臣們僵持不下，就想找李太后幫忙，讓她出面壓服大臣。

李太后沒有立刻答應，而是問萬曆皇帝：“你覺得鄭貴妃哪點比王皇后強？王皇后端莊賢淑，打理後宮井井有條，從沒出過差錯；鄭貴妃呢？除了會哄你開心，還做過什麼對國家、對百姓有利的事？”萬曆皇帝被問得啞口無言，只好暫時放棄了封鄭貴妃為皇后的想法。

還有一次，萬曆皇帝因為國庫充盈，就想效仿嘉靖皇帝，給自己修建一座豪華的宮殿。他知道李太后肯定會反對，就故意繞開李太后，直接讓工部開始籌備。李太后聽說後，沒有直接去找萬曆皇帝，而是讓人把工部尚書叫到宮裡，給她算了一筆賬：修建一座宮殿需要多少銀子，這些銀子能給邊境士兵發多少軍餉，能救濟多少受災的百姓。工部尚書被說得面紅耳赤，回去後就找萬曆皇帝辭職，說自己實在沒辦法承擔這個差事。萬曆皇帝沒辦法，只好放棄了修建宮殿的計劃。

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