成為皇后之後，馬秀英並沒有忘記自己的出身，依然保持著節儉的作風。她下令後宮之人，不準穿華麗的衣服，不準佩戴貴重的首飾，飲食也要清淡，不準鋪張浪費。她自己更是以身作則，平時穿的衣服都是舊的，破了就縫補一下繼續穿；宮裡的絲綢織物下腳料，她也不讓浪費，讓人收集起來，做成衣服和被褥，送給孤苦無依的百姓。

有一次，一個宮女見馬秀英穿的衣服補丁摞補丁，忍不住說：“皇后娘娘，您是天下之母，怎麼能穿這麼破舊的衣服呢？不如讓工匠給您做幾件新的吧。”馬秀英笑著說：“宮女此言差矣。如今國家剛剛建立，百姓還生活在水深火熱之中，國庫也不充盈，我作為皇后，更應該以身作則，厲行節儉。要是我都鋪張浪費，下面的人肯定會跟著效仿，到時候受苦的還是百姓啊。”宮女聽了，十分慚愧，再也不敢提做新衣服的事了。

馬秀英不僅自己節儉，還經常勸朱元璋不要鋪張浪費。有一次，朱元璋想修建一座新的宮殿，馬秀英得知後，對他說：“夫君，如今百姓剛剛擺脫戰亂之苦，需要休養生息。修建宮殿需要耗費大量的人力物力財力，不如把這些錢用在救濟百姓、發展生產上，這樣才能讓百姓安居樂業，國家才能長治久安。”朱元璋聽了她的話，覺得很有道理，就放棄了修建宮殿的想法。

作為皇后，馬秀英還十分重視後宮的治理。她借鑑宋代賢后的做法，在後宮中提倡“仁厚”之風，善待每一位嬪妃和宮女。有一次，一個宮女不小心打碎了朱元璋心愛的花瓶，朱元璋大怒，就要下令處死宮女。馬秀英連忙上前勸阻，說：“夫君息怒，宮女也是一時失手，並非有意為之。再說，殺人容易，可一旦開了殺戒，後宮之中就會人人自危，不利於後宮的穩定。不如饒了她這一次，讓她以後多加小心就是了。”朱元璋聽了她的話，慢慢冷靜下來，饒了宮女的性命。

馬秀英對嬪妃們也十分寬容。她知道朱元璋後宮嬪妃眾多，難免會有爭風吃醋之事，因此經常教導嬪妃們要和睦相處，互敬互愛。她還經常把自己的食物和衣服分給嬪妃們，讓她們感受到皇后的關愛。在她的治理下，洪武朝的後宮一片祥和，沒有出現過勾心鬥角、爭風吃醋的事情，這在歷代王朝中都是十分罕見的。

除了治理後宮，馬秀英還時常關心朝政，巧妙地勸諫朱元璋，避免了不少冤案錯案。朱元璋性格急躁，猜忌心重，當了皇帝之後，更是動不動就大開殺戒，許多功臣勳將都因此受到牽連。馬秀英看在眼裡，急在心裡，她知道這樣下去會動搖國家的根基，因此經常在朱元璋面前委婉地勸諫。

參軍郭景祥駐守和州時，有人誣告他的兒子持槊要殺父親。朱元璋得知後，勃然大怒，當即下令要處死郭景祥的兒子。馬秀英得知後，連忙對朱元璋說：“夫君，郭景祥只有這一個兒子，要是殺了他，郭家就斷後了。而且，僅憑一人之言就斷定他有罪，未免太過草率。不如派人去調查一下，看看事情的真相到底是什麼。”朱元璋覺得馬秀英說得有道理，就派人去和州調查，結果發現果然是有人誣告，郭景祥的兒子是被冤枉的。就這樣，馬秀英救了郭景祥兒子的性命，也保住了郭家的香火。

李文忠鎮守嚴州時，楊憲因為嫉妒他的才能，誣告他有違法行為。朱元璋聽信了楊憲的讒言，就要下令把李文忠召回京城治罪。馬秀英得知後，連忙勸阻說：“夫君，嚴州是邊境重鎮，地理位置十分重要，不易輕易撤換守將。而且李文忠一向忠心耿耿，作戰勇猛，立下了不少戰功，怎麼可能會有違法行為呢？說不定是楊憲嫉妒他，故意誣告他。不如再派人去嚴州調查一下，看看事情的真相到底是什麼。”朱元璋聽從了馬秀英的建議，派人去嚴州調查，結果發現李文忠果然是被冤枉的。後來，李文忠在戰場上屢立戰功，成為了明朝的開國功臣之一。

最著名的莫過於馬秀英救宋濂的故事。宋濂是明朝的開國功臣，也是朱元璋的老師，為明朝的建立和發展立下了汗馬功勞。可後來，宋濂的長孫宋慎牽連進了胡惟庸案，朱元璋一怒之下，下令要處死宋濂。馬秀英得知後，十分著急，她對朱元璋說：“夫君，宋濂是你的老師，也是天下聞名的大儒。他一生教書育人，品德高尚，怎麼可能會參與謀反呢？再說，宋濂已經退休在家，遠離朝堂，就算他的長孫犯了罪，也不應該牽連到他啊。我們普通人尚且知道尊師重道，更何況是帝王呢？”

朱元璋聽了，不為所動，依舊堅持要處死宋濂。馬秀英見勸諫無效，就決定用自己的方式來救宋濂。當天晚上，馬秀英陪朱元璋吃飯時，既不吃肉，也不喝酒。朱元璋覺得很奇怪，就問她：“皇后，今天的飯菜不合你的胃口嗎？怎麼不吃不喝呢？”馬秀英回答說：“我不是不想吃，而是在為宋先生祈福。宋先生是天下的賢才，如今卻要被處死，我心裡十分難過，只能用這種方式來為他祈福，希望他能平安無事。”

朱元璋聽了馬秀英的話，心裡十分感動，也意識到自己太過沖動了。他想了想，宋濂確實是一位難得的賢才，而且對自己忠心耿耿，就這樣殺了他，確實有些可惜。於是，第二天，朱元璋就下令赦免了宋濂的死罪，把他安置在茂州。

馬秀英不僅關心功臣勳將，還十分關心百姓的疾苦。她身居深宮，卻心繫天下蒼生，每當遇到災荒年月，她總是帶領宮裡的人吃素，甚至吃粗麥飯和野菜羹，為百姓祈福。朱元璋見她如此，心裡十分不忍，說：“秀英，我已經採取了救荒賑災的措施，你就不用這麼辛苦了。”馬秀英嘆息著說：“夫君，與其等到災荒發生了再去救濟，不如平時就做好儲備，這樣才能從根本上解決問題。”朱元璋聽了她的話，覺得很有道理，就下令在全國各地設立糧倉，儲備糧食，以備不時之需。

馬秀英還十分重視教育。她見太學院的學生們生活清苦，就建議朱元璋設立“紅板倉”，專門負責給太學院學生的家屬提供糧食。朱元璋聽從了她的建議，設立了紅板倉，讓太學院的學生們能夠安心讀書，沒有後顧之憂。在馬秀英的推動下，明朝的教育事業得到了很大的發展，培養出了一大批優秀的人才。

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