再次是教育。杜文秀特別重視教育，他下令在大理城裡建立學校，不僅招收回族子弟，也招收漢族、彝族、白族子弟，學費全免。他還請了很多有學問的人來當老師，教學生們讀儒家經典、學算術。當時有人勸他：“我們是反清的，教儒家經典不合適吧？”杜文秀卻笑著說：“儒家講‘仁政’‘愛民’，這跟我們的理念是一樣的，為什麼不能教？”

在杜文秀的治理下，大理一帶呈現出一派欣欣向榮的景象。據《大理縣誌》記載，當時的大理“商旅雲集，農田豐收，學校林立，百姓安居樂業”，很多外地百姓都紛紛搬到大理來居住。而與此同時，清朝統治下的其他地區，要麼戰亂不斷，要麼災荒頻發，百姓苦不堪言。兩相對比，杜文秀的“平南國”成了很多人嚮往的“世外桃源”。

杜文秀不僅把大理治理得很好，還不斷擴大自己的勢力範圍。到西元1860年，他的勢力已經擴充套件到了雲南的大部分地區，兵力達到了十幾萬人，成了清末西南地區最強大的反清勢力。清朝政府多次派大軍鎮壓，都被杜文秀的隊伍打敗。咸豐皇帝在朝堂上發脾氣說：“杜文秀這賊，在雲南鬧了這麼多年，你們誰能把他給朕滅了？”（《清文宗實錄》）

就在杜文秀的反清事業蒸蒸日上的時候，危機也悄悄來臨。首先是內部矛盾。隨著勢力越來越大，隊伍裡的一些將領開始驕傲自滿，有的甚至不聽指揮，還偷偷搶老百姓的東西。杜文秀雖然多次下令整頓，但效果並不理想。更嚴重的是，一些回族將領因為民族偏見，開始排擠漢族、彝族將領，這讓原本團結的隊伍出現了裂痕。

其次是外部壓力。清朝政府見靠自己的兵力打不過杜文秀，就開始收買杜文秀隊伍裡的叛徒。西元1867年，杜文秀的部將馬如龍被清軍收買，背叛了杜文秀，率領自己的隊伍投降了清軍。馬如龍是杜文秀手下的得力大將，他的背叛不僅讓杜文秀損失了大量兵力，還洩露了很多軍事機密，給杜文秀的反清事業帶來了沉重打擊。

但杜文秀沒有被困難打倒。西元1868年，他決定率領大軍北伐昆明，一舉推翻清朝在雲南的統治。他率領十萬大軍，兵分三路，向昆明進發。北伐一開始非常順利，杜文秀的隊伍很快就包圍了昆明。昆明的清軍守將岑毓英嚇得趕緊向朝廷求援，可當時清朝正忙著鎮壓太平天國運動，根本派不出援軍。岑毓英沒辦法，只能一邊堅守昆明，一邊繼續收買杜文秀的部將。

就在昆明即將被攻克的時候，意外發生了。杜文秀的另一員大將李芳園，也被岑毓英收買，在陣前倒戈，偷襲了杜文秀的中軍大營。杜文秀的隊伍一下子就亂了陣腳，岑毓英趁機率領清軍發起反攻，杜文秀的北伐大軍損失慘重，只能撤回大理。

北伐的失敗，成了杜文秀反清事業的轉折點。從此，杜文秀的勢力開始走下坡路，清軍則趁機發起了反攻，一步步蠶食杜文秀的地盤。到西元1872年，清軍已經包圍了大理，杜文秀陷入了腹背受敵的困境。

清軍包圍大理後，岑毓英派人去勸杜文秀投降，說：“只要你投降，我保你全家性命，還能給你封官。”杜文秀卻一口拒絕了，他說：“我起兵反清，是為了給百姓找公道，不是為了自己的榮華富貴。現在雖然被困，但我絕不會投降！”（《滇系》）

拒絕投降後，杜文秀開始組織大理軍民堅守城池。他親自登上城牆，指揮士兵作戰，還鼓勵百姓說：“只要我們團結一心，就一定能守住大理！”大理的百姓也很支援杜文秀，很多百姓都拿起武器，加入到守城的隊伍中。清軍多次攻城，都被杜文秀的隊伍打退，岑毓英氣得直跺腳，卻也無可奈何。

可堅守的日子越來越艱難。清軍把大理圍得水洩不通，城裡的糧食和彈藥越來越少，很多士兵和百姓都因為飢餓和疾病倒下了。杜文秀知道，大理遲早會被攻破，可他不願意讓百姓跟著自己受苦。西元1872年十二月二十六日，杜文秀召集了大理的文武官員和百姓代表，對他們說：“我杜文秀起兵反清，本想為百姓謀福祉，可現在卻讓大家陷入了困境。我不能再連累大家了，今天我就死在這裡，希望清軍能放過你們。”

說完，杜文秀回到家裡，先讓妻子和兒女服毒自殺，然後自己也喝下了毒藥。可毒藥還沒發作，清軍就攻破了大理城門，衝了進來。杜文秀怕被清軍俘虜後受辱，就下令手下人點燃了自己的府邸。熊熊大火中，杜文秀的身影漸漸消失。一代反清義帥，就這樣悲壯地殉國了，年僅49歲。

清軍攻破大理後，岑毓英並沒有遵守承諾，而是下令屠殺大理的百姓，還把杜文秀的屍體從火裡拖出來，砍下頭顱，送到北京示眾。可岑毓英沒想到，杜文秀的事蹟並沒有因為他的殘忍而被掩蓋，反而在雲南百姓中流傳開來。很多百姓都偷偷為杜文秀立牌位，紀念這位為百姓謀福祉的“義帥”。

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