訊息傳到北京，玄燁高興得睡不著覺。他下旨，封鄭克塽為公爵，讓他帶著家人到北京居住；還下令減免臺灣的賦稅，鼓勵大陸的百姓去臺灣開墾荒地，促進臺灣的發展。

康熙二十三年（西元1684年），玄燁在臺灣設立了臺灣府，隸屬福建省，還派了官員和軍隊駐守臺灣。從此，臺灣正式納入了大清的版圖，成為中國不可分割的一部分。《清史稿·施琅傳》裡記載：“二十二年，琅督師攻澎湖，克之，國軒遁歸臺灣。克塽大驚，遣使乞降。琅入臺灣，撫輯遺民，疏請設官鎮守。上從之，置臺灣府，隸福建省。”

收復臺灣，是玄燁的一大功績。它不僅消除了清朝的“後患”，還促進了臺灣和大陸的經濟文化交流，為後來的“康乾盛世”奠定了基礎。

收復臺灣後，玄燁又遇到了一個麻煩——沙俄。當時的沙俄，已經開始向東擴張，他們越過烏拉爾山脈，侵入了中國的黑龍江流域，還在雅克薩（今俄羅斯阿爾巴津）和尼布楚（今俄羅斯涅爾琴斯克）建立了據點，經常騷擾當地的百姓，搶奪糧食和財物。

玄燁早就知道沙俄的野心。他在平定三藩、收復臺灣的同時，也一直在關注黑龍江流域的情況。他曾派人去雅克薩，跟沙俄的將領談判，讓他們撤出中國領土，可沙俄將領根本不聽，還說“雅克薩是沙俄的土地，憑什麼撤走”。

玄燁知道，跟沙俄講道理沒用，只能用大炮說話。康熙二十四年（西元1685年），他任命彭春為都統，率領清軍兩千多人，加上當地的達斡爾族、鄂倫春族百姓，一起進攻雅克薩。

清軍到達雅克薩後，先給沙俄將領托爾布津下了最後通牒，讓他撤出雅克薩。托爾布津以為清軍不敢打仗，還嘲笑清軍“武器落後，根本打不過沙俄軍隊”。彭春忍無可忍，下令進攻——清軍先用大炮轟擊雅克薩的城牆，把城牆轟開了一個大口子，然後率軍衝鋒。沙俄軍隊抵擋不住，托爾布津只能率軍投降，承諾永遠不再侵犯雅克薩。彭春接受了投降，讓沙俄軍隊撤出了雅克薩，然後一把火燒了雅克薩的據點，率軍返回。

可沒想到，彭春剛走，托爾布津就反悔了。他帶著沙俄軍隊偷偷回到雅克薩，還把城牆修得更厚、更堅固，準備跟清軍長期對抗。訊息傳到北京，玄燁氣得拍了桌子：“這沙俄人說話不算數，必須給他們點顏色看看！”

康熙二十五年（西元1686年），玄燁任命薩布素為黑龍江將軍，再次率軍進攻雅克薩。這次清軍吸取了上次的教訓，不僅帶了更多的大炮，還採取了“圍而不攻”的策略——把雅克薩團團圍住，切斷沙俄軍隊的糧道和水源，讓他們在城裡自生自滅。

托爾布津一開始還很硬氣，率軍幾次突圍，可都被清軍打了回去。沒過多久，雅克薩城裡就斷糧了，士兵們只能吃樹皮、喝雪水，還爆發了瘟疫，死傷慘重。托爾布津在一次突圍中被清軍的炮彈擊中，當場死亡。剩下的沙俄士兵沒了主帥，又餓又病，根本沒心思打仗，只能派人向清軍求和，請求解除包圍。

玄燁知道，長期打仗對雙方都沒好處，就同意了沙俄的求和請求，下令停止進攻。康熙二十八年（西元1689年），清朝和沙俄在尼布楚舉行談判，簽訂了《尼布楚條約》。條約規定：黑龍江和烏蘇里江流域的廣大地區，包括庫頁島在內，都是中國的領土；沙俄撤出雅克薩，兩國以額爾古納河、格爾必齊河和外興安嶺為界。

《清史稿·聖祖本紀》記載：“二十八年七月，與俄羅斯定邊界，立《尼布楚條約》。”這是中國歷史上第一個平等的邊界條約，它不僅維護了中國的領土主權，還讓清朝和沙俄保持了幾十年的和平，玄燁也用這場戰爭，向世界證明了大清的實力——不是誰都能隨便欺負的。

搞定了沙俄，玄燁還沒來得及歇口氣，漠北的噶爾丹又跳了出來。噶爾丹是漠西蒙古準噶爾部的首領，他野心勃勃，想統一蒙古各部，甚至想跟清朝分庭抗禮。康熙二十七年（西元1688年），噶爾丹率領準噶爾軍隊進攻漠北蒙古（喀爾喀蒙古），漠北蒙古的王公們抵擋不住，只能率領部眾南遷，向清朝求援。

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