乾隆十三年，弘曆派首席軍機大臣訥親前往前線督師。訥親是開國功臣之後，素來驕橫，他一到前線就盲目下令強攻，結果清軍損失更為慘重，士氣大受打擊。而張廣泗與訥親又互相掣肘，矛盾重重，致使戰事毫無進展。《清史稿》中記載：“訥親至軍，限三日取噶拉依，攻之不下，傷亡甚眾。廣泗持異議，訥親益不懌，軍無統帥，士皆解體。”

弘曆得知前線的混亂局面後，龍顏大怒。他深知，這樣下去只會白白消耗國力，於是果斷採取措施：將訥親革職處死，張廣泗也因指揮不力被押解回京斬首。隨後，弘曆任命傅恆為經略，前往金川主持戰事。

傅恆吸取了前兩人的教訓，到達金川后，沒有急於進攻，而是先整頓軍紀，鼓舞士氣，同時深入瞭解地形和土司內部的矛盾。他發現，金川土司雖然表面團結，但內部並非鐵板一塊，一些小土司對莎羅奔的霸道早已不滿。於是，傅恆採取了剿撫並用的策略，對頑抗者堅決打擊，對願意歸順的則給予優待。

在軍事上，傅恆針對戰碉的特點，制定了“斷其水道、困其糧道”的戰術，派士兵繞到碉樓後方，切斷其水源和補給。同時，他還命令工匠改進火炮，增加射程和威力，專門轟擊碉樓的薄弱之處。在傅恆的精心部署下，清軍逐漸掌握了戰場主動權，莎羅奔的勢力被不斷削弱。

乾隆十四年，莎羅奔見大勢已去，再也無力抵抗，只好帶著部眾向清軍投降。第一次金川之役終於以清軍的勝利告終。這場戰役持續了近三年，耗費了大量的人力物力，讓弘曆深刻認識到西南土司問題的複雜性和頑固性，也為後來的改土歸流政策提供了慘痛的經驗教訓。

準噶爾部一直是清朝西北邊境的心腹大患。康熙、雍正兩朝都曾與準噶爾發生過多次戰爭，但始終未能徹底解決這個問題。到了乾隆時期，準噶爾內部發生分裂，達瓦齊和阿睦爾撒納為了爭奪汗位，互相攻伐，使得準噶爾陷入了混亂之中。

阿睦爾撒納在與達瓦齊的爭鬥中失利，走投無路之下，率領部眾歸順了清朝，並向弘曆獻上了平定準噶爾的計策。弘曆敏銳地意識到，這是徹底解決準噶爾問題的絕佳時機。他力排眾議，決定出兵準噶爾。

乾隆二十年，弘曆任命班第為定北將軍，永常為定西將軍，兵分兩路，向準噶爾發起進攻。清軍一路勢如破竹，準噶爾部眾早已厭倦了內部的紛爭，紛紛望風而降。達瓦齊率領殘部逃到伊犁西南的格登山，負隅頑抗。清軍將領阿玉錫率領二十餘名騎兵，趁夜突襲達瓦齊的營地，準噶爾軍隊以為清軍主力趕到，頓時潰不成軍，達瓦齊倉皇逃竄，最終被烏什城的阿奇木伯克擒獲，獻給了清軍。

平定達瓦齊後，弘曆本想對淮噶爾部進行安撫，將其分為四部，由四汗分別管理。然而，阿睦爾撒納卻心懷異志，他並不滿足於清朝給予的封賞，一心想成為整個準噶爾的大汗。於是，他暗中勾結其他部落，發動了叛亂。

阿睦爾撒納的叛亂讓弘曆震怒，他立即下令再次出兵平叛。乾隆二十一年，清軍兵分三路，再次進入準噶爾地區。此時的準噶爾部經過長期的戰亂，早已元氣大傷，加上阿睦爾撒納的叛亂不得人心，清軍進展順利。阿睦爾撒納見勢不妙，逃往沙皇俄國。

清軍多次向俄國索要阿睦爾撒納，但俄國方面卻以各種理由推脫。直到乾隆二十二年，阿睦爾撒納在俄國患上天花去世，俄國才將他的屍體交給清朝。至此，準噶爾部的叛亂被徹底平定，清朝終於完成了對西北邊疆的統一。《清史稿》中記載：“準噶爾平，拓地二萬餘里，西域悉入版圖。”

準噶爾部被平定後，回部（維吾爾族）貴族大小和卓木（波羅尼都、霍集佔）趁機發動叛亂。大小和卓木原本是被準噶爾部囚禁的，清軍平定準噶爾後，將他們釋放，並讓他們管理回部事務。但他們卻妄圖分裂國家，自立為王。

乾隆二十三年，弘曆任命兆惠為定邊將軍，率領清軍前往回部平叛。兆惠率領的清軍起初兵力較少，在葉爾羌城被叛軍包圍，陷入了困境，史稱“黑水營之圍”。在極端困難的情況下，兆惠率領清軍將士堅守陣地，與叛軍展開了殊死搏鬥，多次擊退叛軍的進攻。

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