正光五年（西元524年）初，平城以北沃野鎮、懷朔鎮、武川鎮、撫冥鎮、柔玄鎮、懷荒鎮等6個軍鎮，因軍戶地位急劇下降，鎮將與豪強貪婪殘暴壓迫剝削，柔然主阿那瓌率部南侵洗劫，以及塞北大旱給六鎮地區造成了嚴重饑荒，使得飽受壓迫的六鎮軍戶無以活命奮起反抗，於是魏末聲勢浩大的人民起義終於首先在六鎮地區爆發。義軍連克臨淮王元彧、尚書令李崇，控制了全部六鎮地區。元彧連敗被魏廷削去官爵，李崇告病辭官。

孝昌元年（西元525年）北魏朝廷於三月請求柔然主阿那瓌出兵助剿義軍，同時任命廣陽王元淵為大將軍從平城進軍，夾擊武川、沃野等地義軍。六月，元淵施誘降之計，使西部敕勒脫離義軍，接著又設計伏擊義軍。破落韓拔陵中計，義軍大敗。隨後，義軍又在兩方夾擊之下，大敗於五原，被迫降魏者20餘萬，破落韓拔陵下落不明，六鎮起義失敗。

平定六鎮起義後，關於20餘萬六鎮降戶安置問題，朝廷沒有聽從元淵意見，而是把他們遷徙至河北地區。因河北也是饑荒連年，朝廷不給賑濟，根本無食可就。加上六鎮軍民留戀本土，於是再舉義旗，爆發河北起義。孝昌元年八月，柔玄鎮兵杜洛周在燕州上谷率領降戶起義，進兵圍攻燕州治所廣寧。九月，朝廷急詔幽州刺史常景佈防阻止義軍南下。杜洛周率軍西進桓州，六鎮降戶紛紛參加義軍，杜洛周勢力迅速擴大。次年正月，安州戍兵2萬餘人起兵響應杜洛周，隨後與杜洛周義軍在軍都關大敗官軍，二軍勝利會師，開啟南下幽州的通道。四月，義師揮師南下，在薊城大敗官軍，陣斬幽州都督李琚。

孝昌二年（西元526年）正月，六鎮降戶鮮于修禮於在定州西北的左人城舉起義旗，內遷降民和流民紛紛響應，義軍迅速發展至十餘萬人。義軍擊敗前來進攻的中山太守趙叔隆，兵鋒直逼中山。朝廷派大都督長孫稚、河間王元琛率軍進剿。四月，鮮于修禮率義軍至滹沱河迎擊官軍，由於元琛畏怯不進，義軍大敗長孫稚，官軍潰敗。

與此同時，關隴地區在正光五年四月，高平鎮民赫連恩等聚眾起義，推舉敕勒酋長鬍琛為高平王，響應六鎮起義。六月，秦州城民薛珍、劉慶等人因刺史李彥刑政酷虐起兵反抗，殺李彥，推舉羌人莫折大提為帥。莫折大提自稱秦王，攻佔高平鎮。莫折大提不久病卒，眾人推其子莫折念生繼任秦王，念生改稱天子，設定百官，改元“天建”。北魏朝廷急詔雍州刺吏元志進剿。十一月，義軍大將莫折天生連敗元志軍，攻佔岐州治所雍城鎮，生俘元志，屯軍黑水，兵鋒直逼雍州長安。同時，莫折念生命部將卜朝等率軍從北道進攻涇州。大敗北魏薛巒等軍。十一月，高平鎮民襲殺秦州義軍將領卜朝，迎胡琿入據高平鎮。翌年四月，胡琛命將領万俟醜奴、宿勤明達率軍東進涇州。兩路義軍進展順利，聲勢浩大，震動關中。

孝昌元年正月，北魏徵大都督蕭寶夤、都督崔延伯來黑水以西拒敵。義軍有十餘萬人，而官軍只有5萬，但莫折天生恃眾驕矜，主力前鋒部隊被名將崔延伯擊敗，遂全軍潰散，損失將士近十萬人，秦州義軍轉入低潮。四月，高平胡琛命將領万俟醜奴、宿勤明達率軍東進涇州。魏軍蕭寶夤、崔延伯帶甲卒十二萬，鐵馬八千匹，移師涇州，氣勢甚盛。万俟醜奴屯軍於涇州西北的當原城，派輕騎誘敵，崔延伯自涇州北上，万俟醜奴遣使詐降麻痺官軍，然後突然發動進攻，宿勤明達從東北，万俟醜奴從西面，兩路夾擊，殲滅官軍2萬餘人。崔延伯退回安定恥於前敗，不使主帥蕭寶夤知道，孤軍偷襲義軍。義軍奮勇迎戰，再次大敗官軍，並陣斬崔延伯，關隴義軍由低潮轉向高潮，雙方展開拉鋸，蕭寶夤苦苦支撐。

東面疆域，孝昌元年正月十五，徐州刺史元法僧據城反叛，害死行臺高諒，自稱宋王，年號天啟，派其子元景仲歸順蕭衍。肅宗下詔讓鎮軍將軍、臨淮王元彧，尚書李憲為都督，衛將軍、國子祭酒、安豐王元延明為東道行臺，驃騎大將軍、徐州刺史只七月叛亂平定。接著南方叛亂，十二月朝廷任命臨淮王元彧為徵南大將軍，率軍討伐魯陽蠻族，戰況焦灼。

另，孝昌元年十二月十二日，山胡劉蠡升正式造反，在雲陽谷稱天子，改元神嘉，設定百官，活動於汾晉之間。他們雖然與義軍並未結盟攻打北魏，但割據一方猶如癬疾。

孝昌二年四月，各地戰火頻頻吃緊，北魏朝廷一片焦頭爛額。十五日臨時早朝，靈臺後端坐龍書案後，怒氣衝衝的看著丹陛之下的兩個人，正是大都督河間王元琛和都督長孫稚。

小皇帝元詡看著長孫稚，問道：“長孫愛卿一向用兵如神，為何今日一敗塗地？”

長孫稚流淚道：“陛下，前者我曾經上奏，我與元琛同在淮南共事時，元琛因不聽正確意見而導致失敗，我們之間嫌隙頗深，我實難接受他的調遣希望朝廷給予調節，但朝廷沒有準許。這回，等到我們進軍呼沱時，戰事倉促敵情不明，本出戰不利，而元琛卻強迫我冒進。結果我前軍進到五鹿遭到伏擊，而元琛沒有依照計劃前後呼應馳援才致使我軍一敗塗地。”

元琛道：“臣冤枉，臣本意是讓長孫稚誘敵，然後我好對叛軍伏擊，怎奈他缺乏機變，孤軍深入落入伏擊，微臣中軍未判斷敵情，不敢輕進，才讓前軍兵敗，但我中軍建制未損，請陛下明察。”元琛襲爵河間王，宣武帝時為定州刺史，以貪縱被廢免，後行賄於侍中劉騰，出為秦州刺史。他沒什麼本事，還性情奢侈，總與高陽王元雍爭富，自謂富比石崇。這次與揚州刺史兼大都督長孫稚鎮壓鮮于修禮，因元徽、元悅等人在太后面前進言，才改授為大都督。小皇帝知道這事兒，因此想在今天為長孫稚開脫罪責。

“夠了！”太后一拍龍書案：“元琛，你身為皇親，不知道體恤重臣，不會臨機應變，畏刀避劍，有損天威，除去一切爵位官職，回家閉門思過去吧。”批准元琛做大都督雖然與元悅、元徽的讒言有關，但最主要還是太后的意思，其中原因，還是對長孫稚不放心，怕這些外姓的大臣擁兵自重，所以才用元琛掣肘，這點也是太后和元家重臣的共識。