抗戰勝利後，寶島籍日本兵成為了一個極具矛盾與悲劇色彩的群體：他們身為中國人，卻被徵召為日本軍隊作戰；日本戰敗後，他們恢復中國籍，理應屬於“戰勝國”一方，卻因曾效力於侵略者而被國府視為叛逆，陷入身份認同的雙重困境。

日本殖民統治長達50年，尤其是後期推行的“皇民化運動”，系統性地切斷寶島與中華文化的聯絡。部分寶島人逐漸產生對日本的認同感。這種文化改造在戰爭期間達到頂峰，催生了大量寶島籍日本兵。部分寶島人完成了從“中國人”到“精神日本人”的轉變。

對於寶島籍日本兵問題，爭議非常大。他們到底是“加害者”還是“受害者”，一方面，部分人確實參與暴行；另一方面，部分人是在殖民壓迫、洗腦教育和生存壓力下被迫參與。簡單將寶島籍日本兵歸為“漢奸”或“同胞”都過於簡化，需正視其“被殖民者異化”的悲劇性。

寶島籍日本兵還未大規模返回寶島，約有15萬人滯留在海南島、東南亞、大洋洲各等地集中營。《光明報》提出了處置主張，對犯有戰爭罪行的個體人員必須接受戰犯審判。所有人員以1945年全面推行強制徵兵為界，在此時之前自願加入日軍的寶島人必須接受司法審查，之後強制徵兵的寶島人進行思想教育。光明報還呼籲成立“日據時代寶島異化行為真相調查委員會”和“日據時代寶島不當得利調查委員會”，旨在還原寶島歷史真相，不避晦、不遮掩，公開發布調查內容。?區分個體責任，反對集體懲罰。對日據時代不當得利的財產予以清理、收繳國庫。承認歷史複雜性，尊重受害者與加害者的雙重身份。清算的目的不應是簡單的報復，而是揭示歷史真相，讓受害者（包括中國及其他亞洲國家的平民）得到慰藉，並讓加害者認識到其行為的罪惡。

對臺籍日本兵的“合理清算”，?不是一場針對特定族群的政治運動，而是一場基於法律與歷史的、面向未來的正義行動?。“合理清算”應超越單純的懲罰，更應致力於歷史教育與社會和解。讓後代瞭解殖民統治的罪惡與戰爭的殘酷，從而防止歷史悲劇重演。

對寶島籍日本兵的處置爭議傳到了國府主席常申凱耳中。國府下令暫緩了臺籍日本兵返臺。部隊經思想改造、改頭換面後，國府準其拆分後加入國軍嫡系軍，以國軍嫡系軍的待遇待之。另準備遷移其至親家屬至大陸相對富裕的地區妥善安置。臺籍日本兵及其家屬轉換到一個新的環境中重新生活，避免回到寶島受到歧視。又可以補充江蘇、江西、湖南、四川三地在抗戰中人口損失。這樣做既消除了島內爭議，國軍又獲得一支訓練有素隊伍。另外國府安排外交部協助臺籍日本兵集體向日本發起訴訟，要求日本政府對服役者、死傷者給予賠償。不久後國府遷移家屬的命令下達到寶島行政公署，陳儀依然命令嚴格執行。

寶島審判日本戰犯的工作正在進行，行政公署逮捕了69名日本戰犯?，其中41人為日本人，其餘為臺籍協作者。寶島義勇隊又指證了173名戰犯。楊文翰部到了寶島之後，省委及黨工委向行政公署指證了126名戰犯。國民政府推行“以德報怨”政策，配合美國對日寬大戰略，這一政策在島上卻遭到了我黨及義勇軍的聯合抵制，兩方均要求對日本人及其協作者嚴格清算。寶島有其特殊性，對戰犯的徹底清算有利於消除日本對寶島殖民影響，有利於寶島納入國府治理體系。重慶最後同意了在寶島實行嚴格政策，給予寶島清算戰犯方面更大的自主權。

遣返日本人的工作也進入了實施階段，嚴格執行每人可攜帶?30公斤行李?的規定，武器與軍用物資、貴重金屬、?情報與文物資料均在禁止之列，只可攜帶少量現金。我軍、義勇軍均派出人員到港口監督檢查，杜絕漏洞。行政公署前期曾徵用近3萬名日本技術人員以維持社會運轉，包括工礦、農業、醫療等領域。此舉本為現實所需，但因民眾對“殖民者繼續掌權”的不滿，陳儀順勢決定逐步將其遣返，以安撫島內不滿情緒。

李將軍在寶島的話語權越來越重了，不僅因為他是本島人，其控制的軍隊的規模也越來越大了。義勇軍一部分成了幾百個工作小組分赴鄉村，為即將開展減租減息工作做準備。國府已同意了在寶島進行徹底的減租減息工作，國府在寶島與士紳無利益牽連、沒有顧忌，不像其在大陸時束手束腳。明白人都知道減租減息有利於鞏固統治基礎，但國黨在大陸統治的核心支援力量正是大地主與豪門世家，動了地主、世家的利益，無異於“搬石頭砸自己的腳”。

第1軍、第2軍也在配合我黨行動，同樣是派出工作組進入了鄉村，進行減租減息的動員工作。行政公署人員有限，國黨也沒有下到鄉村的意識。其影響力只能控制到縣，在廣大鄉村國黨勢力處於空白狀態，完全依賴於李將軍的義勇隊和士紳來控制。這給了我黨絕佳機會，我黨、我軍進入鄉村後，立即開始動員農民組建村級、鎮級政權。開始時有地主、士紳到行政公署告賬，陳儀不以為然。隨著時間的推移，等到要選舉組建聯合政府時，他才發現我黨、我軍已和寶島下層民眾結成了生死與共的深厚關係。我黨組織遍佈了全島各地，連離島及漁民群體也未倖免。

我黨不僅進入鄉村，還進入了工廠。與下層工友打成了一片，我黨公開協助工人建立了工會，為工人的權益發聲、奔走。有第1軍、第2軍常駐寶島，有國共兩黨共同簽定的組建聯合政府實驗區協議，我黨徹底放開了手腳，在寶島大展宏圖。