昭宗只得向李克用求援，可李克用這次卻不肯奉詔。李茂貞擊敗新軍逼近長安。昭宗只得率百官和諸王逃離長安。

昭宗離京後不知道該去投奔哪家藩鎮，這時韓建又奉表奏請昭宗就近巡幸華州。想起韓建的逼宮嘴臉，昭宗有心不許，哪知道韓建不停上表。昭宗實在抹不開面子，加上隨行官員也不願走遠，於是就派人召韓建面議。韓建光著腳跑進行在哭著說：“現在跋扈的藩臣不止李茂貞，陛下要是離開宗廟園陵遠巡邊疆，臣害怕車駕渡河就回不來了！如今華州兵力雖微，卻控帶關輔足以自保。且西距長安不遠，願陛下駕臨以圖興復。”昭宗一聽感動得哭了。韓建或許不靠譜，但誰又能保證李克用靠譜呢？

於是七月十五日昭宗移駕華州，以府署為行宮，韓建則避居龍興寺辦公。

昭宗明白韓建接自己到華州的目的，索性加封韓建為中書令。

韓建手裡有了天子這張好牌，不免有些得意忘形。他讓李巨川傳檄天下諸藩把糧餉送到華州，用來修復被李茂貞破壞的長安城。

昭宗在華州呆得久了，君臣間的矛盾再次浮出水面，特別是韓建和護駕諸王的矛盾愈演愈烈。作為一個地方實力派出身的權臣，韓建一點也不喜歡護駕諸王和他們掌控的殿後四軍。於是他和李巨川合謀，藉口西漢七國之亂和西晉八王之亂，說諸王典兵預政不利國家，應該讓他們解散軍隊回家讀書。他甚至指使人密告昭宗，說諸王欲謀殺韓建後劫駕去河中。昭宗無奈，只得解散四軍，然後勒令諸王歸十六宅思過。其甲兵都交給韓建掌管。

韓建上表稱李嗣周、李戒丕等諸王謀反，請殺之。昭宗不予回覆。韓建便與宦官劉季述矯詔抓捕十一王，將他們及侍者驅趕到石堤谷，無論老少通通殺死。

韓建經營南莊，起樓閣，想邀昭宗遊幸時廢了他，改立太子李裕。其父韓叔豐對他說：“你只是陳、許間的一介田夫，蒙天子厚恩才有了現在的地位，卻想憑兩州百里之地行大事，我不忍見滅族之禍，不如先死！”說著就哭起來。韓建只好作罷。

乾寧五年（898年），朱溫佔據東都洛陽，局勢發生了重大變化。李茂貞、韓建和李克用建立暫時聯盟，他們覺得寧可讓昭宗回到長安，也不能讓他落到朱溫手裡。於是唐昭宗回到長安，改元“光化”，以資慶祝。

光化三年（西元900年）十一月，昭宗出獵皇家獵場，多飲了幾杯酒，醉意甚濃，回到宮中天色已是昏暗。一小太監與二、三宮女在殿頭捉迷藏，不提防萬歲駕到，小太監和宮女們慌忙趴在地上叩頭。昭宗拔下佩劍親自砍下他們的腦袋，血染袍袖，然後怒衝衝地跑到皇后宮中，責備何皇后約束不嚴。何皇后立即伏地請罪！

誰知昭宗殺死幾個太監、宮女，竟惹起宮中數千太監的公怒。第二天早朝，小太監們相約不開宮門，群臣等候多時宮門不開。大太監劉季述已知內情，隨即帶領事先準備好的禁兵千人破門而入！那宮中太監一齊圍住劉季述，訴說皇帝殺死太監和宮女的情形。劉季述本身也是太監，一聽自然大怒，立即把在朝的文武大臣喚進宮去，對著眾大臣說道：“主上如此作為，怎麼可以治理天下？廢昏君，立明主，自古如此。今為國家請立太子，願大臣們聯名上書，勸上禪位！”崔胤等大臣見殿前陳列著許多兵甲，誰敢不從！於是都用發抖的手在聯名狀上籤上了自己的名字。

有了大臣們的聯名狀，劉季述有恃無恐，帶領甲士包國了昭宗所在的乞巧樓。甲士們逢人就砍，見人就殺，可憐宮女太監們服侍皇帝不周要被殺，忠於保護皇上同樣要被殺！為宮女、太監抱不平不過是劉季述廢帝立帝的藉口而已！

昭宗見宮女、太監被殺，嚇得從床上翻滾在地，又掙扎著爬起來逃命。劉季述，王仲先上前扶住。見左右甲兵林立，昭宗嚇得說不出話來。

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