在曹變蛟和王樸到了之後，崇禎皇帝正式任命孫傳庭為總督漕運山東河北軍務，原來的陝西巡撫職位由丁啟睿接任，洪承疇的三邊總督也卸任了由鄭崇儉接任，他去當薊遼總督。

清軍進入山東後，孫傳庭開始和高公公商議該如何協防山東，他認為清軍可能從德州去濟南或者是過大運河去濟南。

兩人商議後，孫傳庭讓王樸率軍去防守德州，高起潛和吳襄率軍去防守臨清州，同時讓山東各地明軍去德州防守，令山東巡撫顏繼祖，登萊巡撫楊文嶽兩人一起去德州坐鎮。

山東兵自吳橋兵變後就沒恢復過來了，前任山東總兵劉澤清此前調任通州總兵將能打仗的都帶走了，新任山東總兵倪寵上任後除了自己家丁，手上就沒有能打的部隊了。

多爾袞得知德州已經有重兵防守了，於是和嶽託商議後率軍從臨清進兵，這裡只有之前被他們打敗的高公公和吳襄的五千兵馬防守臨清，而多爾袞他們根本沒有打臨清直接繞過了這裡渡過運河直撲濟南，清軍有三萬多兵馬，高公公和吳襄根本攔不住，只得飛速上報朝廷和總督孫傳庭。

濟南作為山東的首府又是德王的藩封之地，僅有三千多臨時徵集鄉勇防守，看到清軍架設雲梯準備進攻後，全都不戰而逃，在崇禎十二年正月初二被清軍一鼓而下，鎮守濟南的山東巡按宋學朱不會騎馬，坐著轎子逃跑結果被清軍攔住然後亂刀砍死。

清軍在濟南展開了慘無人道的大屠殺，百姓被殺十三萬，濟南全城被劫掠一空，德王朱由樞被俘，隨後清軍再次攻陷東平、莘縣、館陶、陽穀、壽張，無論是士紳還是百姓都遭了老罪了。

唯一給清軍在山東行動造成損失的就是天花大將軍，代善的兒子，揚武大將軍嶽託感染天花在濟南死了。

因為劉大帥的原因，祖寬這次沒有出現在濟南，高公公和吳襄派到濟南協防的是一個叫劉國棟的參將，他帶著五百人趕到濟南時城池已經淪陷了，又被清軍重兵攔截最後隻身逃脫，事後經部議濟南失陷的第一責任人就是劉國棟，他在詔獄被蹲了半年後因陷藩罪在西市被處死。

濟南失陷後，孫傳庭再也沒辦法穩坐釣魚臺了，他帶著剛趕到的鄭嘉棟、高迎恩、李茂春、曹變蛟等人慌忙從真定府趕到德州，準備在清軍北撤時攔截，如果能救出被俘的德王朱由樞，自己罪名可能會減輕一些。

清軍此時也已經搶夠了，帶著大量劫掠的輜重還有抓的百姓北上，準備離開山東了。

多爾袞倒是沒有直接往德州撞了過去，繞了一圈從武定州往北直隸趕路，孫傳庭先派王樸出戰，在武定州王樸被打敗損失了數百人只得撤離。

老孫接著又派出鄭嘉棟等人率軍四千前往鹽山縣阻擊清軍，結果被勞薩擊敗損失慘重，一路又追擊到樂陵縣。

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