對於朱載坖的這個看法，太子也是認同的，本朝沒有宰相，內閣也不是宰相，這點是必須要明確的事情，內閣要做到權責對等才行，除此之外，就是要加強首輔的權力，用朱載坖的話說就是在分票制下實施專票制。
分票實施以來，對於避免權臣還是起了很大的作用，皇帝在決策當中的主導地位得到了加強，這點朱載坖也是很清楚的，但是首輔的權力相對受到了限縮，這點是其弊端，朱載坖和太子商量之後認為，還是要加強首輔的權力，在維持分票制度的前提上增強首輔在決策中的權力。
首先就是在分本上由首輔負責，除了內閣各輔臣直接負責的事項之外，一些臨時奏疏等都是由首輔予以分配的。
其次就是在會票的程式上增加首輔的權力，閣臣各自分本票擬後，還須經過“匯票”，才能將票擬送呈御覽。這是閣臣商榷政事、交流意見的關鍵環節，體現了票擬先“分”再“合”的過程。
按照原本的內閣則例：“匯票，將本詳細閱過，防有錯名、錯字及錯夾票籤等弊，關係非輕。”
但是朱載坖認為，會票還是一個重要的稽核程式，不僅僅限於檢查文書格式。匯票時，眾閣臣聚集中堂，參酌稽核票擬的內容。對於票擬可否，閣臣們可以提出自己的意見供首輔參考，首輔也可以要求閣臣們更改票擬不當之處。商議的過程同樣須嚴格保密，除閣臣外其他人不能參加。雖然眾輔分票，若有強勢首輔在，其意見仍然舉足輕重。
同時將改票由首輔專掌，所謂改票，就是票擬送呈御覽以後，有時皇帝對票擬內容不滿意，便會發回內閣令閣臣“改票”。閣臣改票後會上一封揭帖與皇帝溝通，闡明初擬與改擬的原因。原票擬者擬寫揭帖後，上揭前有時首輔還會刪削。內閣常就如何改票展開討論，但是不管內閣內部如何商量，朱載坖明確規定改票只能由首輔擬票，使得這一君臣協商的機制由首輔專掌。
這是為了杜絕分票制度下閣臣們之間的鬥爭，雖然朱載坖需要內閣鬥爭，但是必須控制控制內閣鬥爭的範圍，首輔的權威必須得到尊重。
除此之外，朱載坖還給了首輔一個特權，就是閣臣之中，只有首輔加軍機大臣，在朱載坖設立軍機處之後，內閣就不再與聞軍務了，內閣主要是透過兵部來與軍機處聯絡的，這樣使得兵柄牢牢的在皇帝手中，但是很多軍務實際上是離不開整個行政體制的支援的。
朝廷和官軍之間必須要有聯絡的通道，這點朱載坖是很清楚的，而且朱載坖也知道僅僅透過兵部來聯絡軍機處和朝廷，其實是有些很尷尬的，內閣作為朝廷的決策機關，直接入軍機處，可以使得大明在軍事行動上能夠更加順暢，支援軍事行動也更加有力。
但是為了保密和控制朝廷染指官軍，必須嚴格控制朝廷對於官軍的介入，所以朱載坖指令首輔加軍機大臣，因為首輔一向是皇帝的親信臣子擔任，能夠受到信任，而且即便是加軍機大臣，首輔在軍機處的作用也主要是聽取軍機處的安排，然後組織朝廷配合官軍的軍事行動，一應常備官軍的指揮排程等權力，都在皇帝手中。
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