在被孫鑨拒絕之後，孫丕揚等人很清楚，走文選司的路子顯然是不行的，必須想其他的辦法才行。而李三才則是許以重利，承諾事成之後，給孫丕揚銀五萬，張問達三萬，兩人於是商量出了一個李代桃僵的辦法，先令李三才告病出缺，這是大明的正常操作。

官員生病無法履職，可以向朝廷告病出缺之後先養病，等到病癒之後再向吏部申請重新安排職務，李三才在告病之後自然是以病癒為由重新向吏部申請安排職務。

按照吏部的分工，此事自然是有稽勳司負責，稽勳司照例擬定了復職的建議，送吏科稽核之後實施，而孫丕揚和張問達就在這個時候做了手腳，他們以銀錢一萬的高價，買通了吏部文選司都吏，再吏科批准復職的文書中夾帶了私貨，原本應該是李三才復職，這是有稽勳司批准了的事情。

但是孫丕揚和張問達偽造文書，在其中夾雜了一份文書，就是升遷李三才的文書，為了防止孫鑨仔細翻閱發覺此事，他們買通了文選司都吏，在孫鑨要去參與吏部部選時請孫鑨籤批，孫鑨認為此事是稽勳司擬定，吏科批准的東西，再加上都是開缺官員復職，沒有什麼問題，不察之下，予以籤批。

而孫丕揚、張問達早就將一應文書做好了，孫鑨籤批之後，他們和被買通的吏科都吏一道，將提前偽造好的各種文書存入吏部文選司閣架庫之中，從檔案上將李三才予以修改，原本李三才是在雲南知府任上出缺的，稽勳司的意見也是起復知府，但是經過孫丕揚等人的修改。

經過孫丕揚等人的篡改過的檔案，就變成了李三才在雲南知府任上已經被吏部文選司批准升遷江西按察副使，但是未及上任就因病出缺，而李三才在病癒之後自然是以原官選用，而根據他們的偽造的檔案，由於之前李三才已經被升為江西按察副使，所以以原官起復，授署貴州右布政使，按察副使是可以直接升任右布政使的，李三才是以原官起復再加署事，也就是暫代職務，等候升遷，在確實是符合大明相關的規定的。

經過他們的謀劃，李三才最終得以署貴州右布政使之職，隨後李三才再度使用鈔能力，以考績優異，治績優良為由，去署升遷，也就是正式升遷為貴州右布政使，不過在當上了布政使之後，李三才就有些飄了，再次上疏，他以為朱載坖早就把他給忘記了，但是不巧的是，堂堂託塔李天王李三才，朱載坖怎麼忘記，接到他的奏疏之後，朱載坖當即命令詳查。

在錦衣親軍詳查之下，這些事情很快就能夠弄清楚，此外李三才在通州所營建的府邸也被錦衣親軍所查抄，起獲了大量的財物，李三才也被錦衣親軍解到京師來了，現在此案業已查清，所以錦衣親軍向朱載坖復旨，並且請求朱載坖御批處分。

朱載坖看過之後，命令錦衣親軍將人犯、卷宗等一應證據全部移送都察院和大理院，依大明律審斷，同時將此案的全部細節昭告皇明時報，同時刊印朱載坖的御批：“李三才、孫丕揚、張問達與前誅逆犯顧憲成等，朋比為奸，結黨禍國，雖古之奸臣，如伯嚭、豎刁、趙高、江充之輩，如何能比？即我大明二百年來，逆振、逆瑾之輩，亦何足道哉？”

“如伯嚭、豎刁、趙高、江充之輩，所欲者，財貨也，權柄也，私利也，所傾者不過一國一家之天下，至於逆振、逆瑾之輩，更不足道也！而彼等內實險詖，外貌小謹，巧言令色，妬善嫉賢；所欲進，則明其美、隱其惡，所欲退，則明其過、匿其美，使主賞罰不當，號令不行，如此者，所欲亡者，天下也！”

“彼輩乃敢溺私心、樹朋黨、各徇其好惡以為是非。至使人君懲偏聽之生奸。謂反不如獨見之公也。朋黨之罪、可勝誅乎。彼不顧好惡之公。而徇其私暱。牢不可破。朝廷用一人、則相與議之曰。是某所汲引者也。於是乎遠之若浼。曰、吾避嫌也。不附勢也。爭懷妒心。交騰謗口。以媒櫱之。必欲去之而後快。朝廷去一人、則相與議之曰。是某所中傷者也。親暱者為之惋惜。疎遠者亦慰藉稱屈。即素有嫌隙者、至此反致其殷勤。欲藉以釋憾而修好。求一人責其改過自新者、無有也。於是乎其人亦不復自知其過惡。而愈以滋其怨上之心。是朝廷之賞罰黜陟、不足為輕重。而轉以黨人之諮嗟嘆惜為榮。以黨人之指摘詆訾為辱。亂天下之公是公非。作好惡以陰撓人主予奪之柄。朋黨之為害。一至是哉。”

“朕即位以來，申太祖之法度，用世廟之章程，告訴再三，以前宋朋黨為戒，然彼等終然不悔，結黨亂政，使銓政失公，朝廷失度，則朕之三尺劍，必加諸於彼等也！案涉各犯，俱送法司依律審斷，各犯文字，永為毀禁，敢有藏匿、影射、招魂亂政者，以謀逆族誅之！”

朱載坖已經很久沒有這麼重處過臣子了，即便是貪墨等犯罪，朱載坖一般也就是嚴厲追贓之後依律審斷，但是對於追毀出身以來文字的使用，朱載坖還是極為慎重的，這次李三才案使得朱載坖罕見的下了重手，同時透過報紙將此案的全部過程公之於眾。

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