對於再度征討喀爾喀部和進攻哈拉和林的事情，被朱載坖列為了軍機處的核心機密，除了軍機大臣和相關的參謀人員之外，任何無關人等都不能得知此事，敢有洩露風聲者，以謀逆論處，除了嚴格保密之外，針對此事的情報蒐集和地圖測繪工作也已經展開了。

朱載坖在和軍機大臣們商量之後認為，嶺北之戰的失利，和大明不熟悉當地的情況還是有很大的關係的，所以朱載坖認為情報的蒐集是極為重要的，而現在的大明和當年大明相比還是有很大的優勢的，朝廷和土默特部的關係還是相關融洽的，這給了大明蒐集相關情報提供了很好的條件，朱載坖命令錦衣親軍和測繪總署要派遣精幹校尉和測繪人員，深入北虜，實施偵察。

在這點上，就必須利用晉商集團了，在和俺答汗達成了封貢之後，大明和土默特部之間的貿易往來是極為緊密的，晉商集團在其中扮演了極為重要的角色，他們將大明的絲綢、茶葉、瓷器、食鹽、鐵器等物資販運到蒙古，收購蒙古的馬匹、牛羊、藥材等物資，從中賺取利潤，同時朝廷也和這些這些蒙古貴族合作，一起開辦各種皮毛工場，為大明生產各種皮毛製品，陝西商幫還將大明的貨物繼續向北方販運，交換喀爾喀部的藥材等物資。

所以朱載坖命令錦衣親軍和醋黨晉商合作，派遣精幹校尉和測繪總署的技術人員，化妝跟隨晉商的商幫，前往喀爾喀部，沿途測繪地圖，蒐集情報，為大明徵討哈拉和林準備相應的情報支援，同時朱載坖也要釋放煙幕彈，迷惑北虜。

朱載坖首先對於東勝、大寧、遼東、寧夏、吉林等都司下達詔書：“屯田以守要害，此馭夷狄之長策，李牡、趙充國常用此道，故能有功，至於墾田實地亦王政之本，誠得良守令勸誘耕桑休養生息，數年之後可望其成。”對於這些大明防備北虜的都司衛所，要求他們加強屯田，積累軍儲，向蒙古人釋放大明不會用兵的訊號。

同時再次遣使招撫喀爾喀部，這次朱載坖還是重申太祖的命令，給喀爾喀部首領下達詔書稱：“自古國家必有興廢，以小事大，理勢之常，賢智者亦所樂行而不以為辱，昔我中國趙宋將衰之際，為金所逼遷都於杭，納以歲幣，其後金為君家所滅，君家亦遣使於宋約納歲幣一如金時，雖疆界有南北之分，而前後延柞百五十年，此小事大之明驗也。朕受天明命，四夷歸附，獨嶺北不順，朕其不解也。”

對於喀爾喀部，朱載坖再次施放善意，要求喀爾喀部向大明納貢，看似朱載坖是為了滿足自己四夷來朝的面子問題，不可能對喀爾喀部用兵，只是希望喀爾喀部來朝，不會過多的干預喀爾喀部的，而相關的計劃和準備已經在參謀軍務總署進行計劃了。

朱載坖在處理有關喀爾喀部的問題時，內閣和太子也在處理烏斯藏的問題，在請了太子令旨之後，禮部尚書陳經邦奉旨召見藏巴汗使者，加以申斥，對於藏巴汗的使臣，陳經邦予以了嚴厲申斥，大明對於藏巴汗在烏斯藏對帕木竹巴政權的進攻和對於格魯派的打壓是極為不滿的，藏巴汗的這種行為，是對大明在烏斯藏的體制的衝擊，也是對於大明的挑釁，藏巴汗的使者自然是極力解釋，稱藏巴汗世守臣節，不會做任何對於大明不恭順的事情。

但是禮部和理藩總署顯然不是就此放過，在大學士羅萬化和禮部尚書陳經邦的主持之下，大明在禮部大堂召帕木竹巴、藏巴汗、格魯派使臣當面對質，在禮部大堂，帕木竹巴和格魯派大寶法王的使臣聲淚俱下的控訴藏巴汗對於帕木竹巴政權和格魯派的打擊，面對這些使臣的控訴。

分管外交、理藩事務的大學士羅萬化問道：“藏巴汗使臣，對此作何解釋？烏斯藏大小首領，俱是我太祖高皇帝、成祖文皇帝欽賜之爵，大寶法王乃是當今天子所封之法王，爾主倚仗兵勢，以為可以強橫不法，豈不知大明天兵枕戈待旦，視爾等如草狗乎？”

羅萬化的話音剛落，帕木竹巴和格魯派的使臣就請求大明出兵，征討藏巴汗，為帕木竹巴和格魯派復仇，對於他們的想法，羅萬化是洞若觀火的，他們想讓大明初步幫他們火中取栗，此事內閣已經早就商量過過，出兵是不可能出兵的，但是以威臨之還是必要的，羅萬化要求藏巴汗必須對此事給大明一個解釋，否則的話，大明就會給藏巴汗一個說法的，只不過到時候就不是禮部給藏巴汗說法了。

而隨後，大學士羅萬化、禮部尚書陳經邦聯名向內閣陳奏，稱藏巴汗跋扈，應予懲戒，內閣擬票同意，要求懲戒藏巴汗，上疏太子，太子也副署，轉呈朱載坖請求送軍機處擬定相應的懲戒方案，朱載坖收到題本之後，當即作出了反應，朱載坖隨即以中旨的形式下達了命令。

朱載坖對於西北的官軍再次予以了調整，原協理京軍戎政麻貴加軍機大臣銜，以左軍都督府左都督掌行左軍都督府事出鎮青海，駐節西寧，掛靖逆將軍印，節制青海、陝西、甘肅、寧夏等都司以及各鎮，整頓青海兵防，同時敕令鎮守四川總兵官和四川都司，整肅官軍，調集兵馬於川西，給藏巴汗和烏斯藏施加壓力。

。了確明之常非是經已話的坖載朱”！也卿待以，兵整甲卷朕。之思深其卿，人一卿在，事之滅興，戮誅加痛必兵天則，悟不迷執猶若。子赤如之視猶朕則，非前改痛，化向順效能誠若“：道說確明坖載朱，中書詔在，汗藏於罪問且並，斥申以予事一派魯格和竹木帕擊打汗藏於對，書詔達下汗藏給義名的帝皇以坖載朱時同