朱載坖對於這種以私函處理政務的形式早就有所不滿的，之前是為了加強朝廷對於新政的推動，朱載坖對於內閣以私函處理政務採取了容忍的態度的，而從嘉靖以來，內閣權力擴張已經是不爭的事實了，張璁、夏言、嚴嵩、高拱、張居正等一眾強勢首輔。他們在朝廷中樞不僅享有“專決、 專票擬、專應對”的政治特權，同時還取得了近似於前代宰相的權力，這點是從嘉靖以來的大趨勢。

張居正當時的說法就是：“不榖當事以來，私宅不見一客，非公事不通私書。”很顯然，當時的張居正已經將自己的私函作為一種政務文書性質的東西了，閣臣透過私函與在外督撫直接聯絡，是一個非常之普遍的事情了。後來的張四維、申時行等閣臣，也相沿成習，使用這種所謂的私函作為處理政務的重要手段。

這就是使得這些閣臣的私函極大地增強了其政治屬性及功能，並深度嵌入至當時朝廷中樞治國理政的體制機制中，以致後人論之曰：“江陵秉政，一切機宜皆從書札得之。”

之前有御史也上疏討論過此事，認為閣臣使用私函處理公務，是不正當的行為，甚至有御史和給事中認為這是閣臣專擅，對此申時行也做了解釋：“閣臣以平章政事為職，而用人則政事之大者，故文官自京堂，武官自參將以上，部臣亦與臣等商量。至於各地方事情，若關係重大，督撫等官豈得不與臣等言之？”

當時朱載坖並沒有對此事表達什麼意見，只是將御史的上疏予以留中，但是私下裡則是命令廠衛調查此事，申時行和私函聯絡範圍是極為廣泛的，申時行函商的物件涉及到部院、封疆、科道、三司、府縣、外差等各級各類官員逾300人，函詢的內容涵蓋邊防、賑災、人事、稅賦、兵備、河工等國務諸層面。其數量之多、牽涉之廣、探討之細，在歷朝內閣輔臣中堪稱首屈一指。

當然，這也並不能夠說明申時行專權或者是在私下裡揹著朱載坖幹些什麼事情，其實這已經成為了現在朝廷上的一種風氣了，與公開的奏疏相比，官員之間的公事私函保密性更高，且無嚴格的形式要求或時程限制，隨寫隨寄，方便快捷，極大地疏通了中央與地方公務處理執行的遲滯，迅速成為朝廷中樞決策機制的重要補充。

之前王錫爵也就此事向朱載坖上疏過，王錫爵就認為：“蓋奏疏拘而書札暢，奏疏板而書札活，奏疏僅可一二而書札不嫌於再三，奏疏或虞洩漏而書札他人無從見。”

這種私函確實是有一定的好處的，主要就是便於下情上達，對於朝廷來說，有些事情是不便在這種私函當中進行解釋的，凡軍國大事或治下疑難雜症，部院封疆等大臣在正式向朝廷奏事請旨之前，往往會先與內閣輔臣，尤其是要與“主票擬”的首輔進行深入的“私函”溝通。反向同理，內閣輔臣們為了推動國家重大決策或指揮具體公務，也會透過“私函”，事先徵詢部院主官、封疆大吏、科道領袖、致仕重臣等的意見。雙方在信函往復之間，或相互籌商或彼此詰辯或互訴衷腸，直至雙方商榷出基本思路，再經奏本或題本正式上報朝廷。

這樣其實就是在大明的制度之外形成了一套特有的政治協商體制，內閣、部院和督撫們透過私函交流政務，先儘可能的達成一致，然後在加以實行，這樣才能夠儘可能的保證朝廷的政策能夠迅速加以實施，從這個角度來說，這些私函是有一定效果的。

但是這樣也使得朝廷的決策模糊，甚至一些政策的實施被打了折扣，督撫透過向輔臣私函奏事，不經由朝廷和通政司，使得整個朝廷中樞受到矇蔽，尤其是皇帝，對於政策的執行情況是一無所知的，這點朱載坖是不能接受的。

所以對於這種情況，朱載坖認為要嚴厲予以整頓，同時這種私函處理公務也是有很大風險的，這種形式完全依賴輔臣執政能力和個人威望，當輔臣個人朝堂聲望和施政風格出現負面變化時，對政務也產生了消極影響。

對於嚴徐高張乃至於其後的張四維、申時行等人來說，自然是還能夠掌握朝局，但是一旦遇到一個性格比較軟弱或者是無法控制局面的首輔，這些所謂以私函處理公務的形式就無法推行下去了。

同時這種閣臣以書信頻繁聯絡朝臣與下屬，指導他們依照自己的想法處理政務、上呈奏疏，並嚴厲打擊異己。一系列行為反而造成行政系統內部的不安，容易引發黨爭，因為朝廷的決策變得模糊而不透明，這對於官員們來說並非好事，所以朱載坖果斷下旨，嚴厲禁止以私函處理公務。

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