朱載坖的上諭下達之後，內閣和部院官員都紛紛上疏，為文選清吏司求情，申時行認為文選清吏司在此事上確實是有過錯的，但是隻應該追究相關人員的責任即可，不應該這麼不問青紅皂白的將整個文選清吏司全部罷黜，這點確實是有些過分了，而且文選司不同於其他的衙門，是吏部的核心衙門，朱載坖直接將整個文選司都團滅了，是使得吏部的政務無法辦理的。

但是朱載坖表示，三條腿的蛤蟆不好找，想當官的人多了去了，要求署部事的楊俊民和掌流外銓選院的左侍郎趙志皋選定文選司相關官員的名單，然後上報朱載坖予以批准。

對於其餘的奏疏，朱載坖一律留中不報，太子對於朱載坖的行為是有些不能理解的，這次吏部的作為確實是極為過分的，顯然是不把朱載坖這個皇帝當回事了，朱載坖懲處這些涉事的官員是應該的，但是這次直接按照部門一個部門的通殺確實波及有些過大。

朱載坖問道：“太子是不是覺得朕有些過了？”

太子說道：“父皇，文選司畢竟要害衙門，是否要慎重。”

太子並不是不同政務的人，文選司不要說在吏部，就是在大明朝廷各部院中都算是十分有實權的部門，這點是朱翊釴所知道，其所主管的文官銓選，首先以作缺為基礎制度，成化以來，在內缺官照舊移報本部，在外所司五日一申巡撫都御史、巡按御史，都御史、御史兩月一奏，以憑銓補，然後上報吏部，作為吏部除授官員的依據。

按照文選司的制度，各衙門將缺官統計好之後，就進行所謂的做缺程式：“凡內外官考滿、侍親、致仕、丁憂、 殘疾、極刑，考功、稽勳來付及本司遷調改降，內外衙門開到為事提問等項官員， 俱呈本部立案作缺，今照前項缺官，或撫按奏抄下部，或布政司類申到部，或各部院諮到本司，主事一員每月督同該科吏填注缺冊作缺，仍詳對過寫上缺貼。”

在做缺之後，就是擬缺和收選兩個步驟了，首先是擬定當月吏部應補官缺總數，也就是擬缺，然後登記赴部應選者，形成應選者名錄，也就是收選，在完成這個步驟之後，才是根據各種官缺，分門別類的予以擬定人選。這是整個文選司上下官吏一道完成的事情，絕對不是某一個官員能夠完成的，這點朱載坖是很清楚的。

朱載坖認為這次是整個文選司上下，沆瀣一氣，合謀抗旨，朱載坖認為這不是某一個官員的責任，而是整個文選司的責任，這也不是哪一個官員在犯罪，而是整個文選司在犯罪，所以朱載坖的處理辦法就是收拾整個文選司，朱載坖認為收拾單個官員沒有任何意義。

因為這個問題朱載坖是很難將其上綱上線的，即便是朱載坖要追究此事，文選司到時候不過將一個所謂的涉事官員拉出來頂缸罷了，對於整頓朝廷來說是沒有任何意義的，在朱載坖這裡搞什麼法不責眾，沒有任何意義，既然是這一個衙門合謀犯罪，那就處置整個衙門，沒什麼大不了的，只有透過這種形式，才能夠將整個官僚隊伍明白朝廷命令和皇帝詔令的嚴肅性，這點是極為重要的。

朝廷上下其實都很清楚，朱載坖這次是因為之前朝廷上下對於太子政令的各種牴觸而發作的，而朱載坖的處置辦法也是極為簡單粗暴的，就是直接將整個衙門幹掉，朱載坖很清楚，懲處一兩個官員不能夠解決問題，必須要對這些所謂的實權衙門予以重處，才能夠彰顯皇帝的權威。

這些年以來，朱載坖透過各種政治改革措施，加強朝廷對於地方的控制，使得都察院和吏部這樣的本就比較強勢的部門更加強勢，他們手中握有官員們最害怕的兩種權力，監察和人事，對於官員們來說，這都是能夠決定他們命運的衙門，所以這些衙門的官員就有些忘乎所以，不把皇帝當回事情，去年和這次的事情就是極為重要的例子。

同時由於現在經濟的發展，出現了一批有雄厚資本的海商集團，在他們的操縱之下，一些沿海地方的地方勢力相對做大，這些事情也都是朱載坖知道的，但是朱載坖之前沒有合適的藉口去處理他們，但是現在朱載坖有了合適的理由，自然是要再度打擊這些所謂的地方勢力了。

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