對於申時行的舉薦，王錫爵等一干重臣也都表示支援，石崑玉在隆慶二十四年由戶部郎中出任蘇州府知府。“按治豪橫，剖析獄訟，輿論翕服。”在蘇州府嚴厲打擊這些當地的豪強，搞得申時行、王錫爵的家人都被石崑玉所懲治，十二他們兩人都極為狼狽，但是朱載坖反而非常欣賞這樣的強項令，多次予以保全。

同時，原戶部尚書王國光在致仕之前也向朱載坖著重推薦了石崑玉，對於他王國光等重臣還是很看好的，朱載坖也認為他還是很不錯的，所以申時行一直不敢動石崑玉，但是現在這個機會，申時行自然是舉薦石崑玉，將他以重用的名義高升調走，這是最好的方案了，朱載坖當然也知道申時行的想法，不過現在確實是需要一個強項令去廣東處理此事。

朱載坖想了一會之後就說道：“加石崑玉右副都御史兼南京兵部右侍郎巡撫廣東兼理海關、市舶、糧儲等事，給王命旗牌。”

這是一般巡撫所沒有的權力，大明的巡撫一般的差遣就是巡撫某處兼理糧餉等事，沿邊的巡撫由於要承擔邊防事務，所以照例會給王命旗牌用以在戰事節制沿邊官軍，但是海關等一向都是朝廷直屬，地方不能插手的，這次朱載坖破例給石崑玉加兼理海關、市舶等事，就是要他負責處理廣東的這些大海商們。

由於閩粵地方宗族勢力比較強大，所以朱載坖還給石崑玉以王命旗牌，准許他調動官軍，以保證各種政策的順利實施，同時朱載坖還將下一任蘇州知府的給定了下來，朱載坖調原江西道掌道御史李汝華為蘇州知府，朱載坖之所以用李汝華為蘇州知府，就是因為李汝華練達勤敏，立朝無黨阿，在江西道掌道御史任上，揭發懲處了一干貪官汙吏，這點是朱載坖很看重的。

同時之前石崑玉還向朱載坖推薦過蘇州推官袁可立，朱載坖認為這也是個很不錯的人才，之前由於石崑玉懲辦了申時行的親戚，申閣老對於此事自然是極為惱火的，所以申時行授意應天巡撫李淶收拾石崑玉，李淶以石崑玉擅自直取府庫銀兩為由準備收拾石崑玉，但是查來查去不但沒能抓到石崑玉的把柄，反而引來了科道和一些致仕重臣的關注。

連致仕回鄉的原戶部尚書、顧問諮詢大臣王國光也以密疏向朱載坖為石崑玉辯誣，科道官員也紛紛彈劾申時行，認為就是申時行授意應天巡撫構陷石崑玉的，而經左都御史溫純推薦，朱載坖當時點用時任蘇州推官的袁可立就近查察此案，說實話，這個壓力還是很大的。

朱載坖的態度未明，申時行等人是擺明了準備收拾石崑玉的，而且應天巡撫李淶也暗示袁可立按照上級的命令將此案瞭解，這可是當朝首輔的意思，要知道彼時的袁可立不過是個剛剛中進士的推官罷了，面對巡撫和他背後的首輔，是極為無力的，但是袁可立當即說道：“吾自任之！吾奈何以上臺故誣賢太守？”

袁可立將自己的調查結論上陳朱載坖，認為所謂石崑玉擅自支用府庫錢糧一事顯系構陷，子虛烏有，這下群情激憤，南直道掌道御史李用中公開上章指斥申時行和李淶相互串通挾私報復。申時行也不得不向朱載坖上疏稱：“臣何能私臣家人申炳？若撫臣李淶之參石崑玉以錢糧，而臣之行勘崑玉正以顯明其心跡。”

一個當朝首輔和一個應天巡撫聯手對付一個小小知府，如果這個知府不是一個十足的清官，那就難免不被這種力度很大的選擇性反腐給抓到一點點小把柄，就將陷入萬劫不復的十八層地獄。而這不知天高地厚的初生之犢小小推官袁可立膽敢昭雪此案可謂是在太歲頭上動土，不畏強權也算古今一大奇觀，很多科道官員都對袁可立極為佩服，但是之後袁可立考選御史，卻被無故刷掉，其中的緣由，自然不必多言了。

迫於科道和朱載坖的壓力，申時行只能放棄李淶，袁可立可謂是一戰揚名，連朱載坖也對他極為讚賞，朱載坖這次也想到了他，朱載坖對申時行說道：“朕看原蘇州推官袁可立頗為骨鯁，可堪大用，擢廣東道掌道御史兼巡按廣東。”

之前袁可立參加科道考選，由於某種不可言說的力量，被刷掉了，但是這次朱載坖特旨擢用，即便是申時行也不敢說什麼，現在兩廣、福建等處的海商勢力做大，抗拒朝廷，朱載坖所以用石崑玉、袁可立等一干少壯派臣子，前往處置此事，同時朱載坖也要求朝廷想方設法的推行各種票據。

首先就是在鹽政當中要推行使用各種票據，鹽商購買食鹽，一千元以上的，都要先道銀行購買匯票，然後再繳納到鹽政衙門處購買鹽引和繳納鹽稅，同時朝廷支付商人們各種費用，一千元以上的，也必須全部使用銀行票據，當然，行政強制固然是一方面，重要的就是要建立起朝廷銀行票據的信用來，這點是最為重要的。

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