在朱載坖的詔書下達之後，各部官軍以及朝廷各衙門紛紛開始行動起來，準備來年的大舉征討西域，朱載坖的詔書說的是很明確的，這次官軍對西域用兵，就是要收復漢唐故地，同時對於西域的這些所謂回教政權也要予以征討，朱載坖的詔書中說的很明確：“其以異國邪教，荼毒生民，妄行淫祀，以夷變夏，此罪深惡重，斷不可恕！”

對於這次要征討葉爾羌，朱載坖最大的理由就是以夷變夏，也就是這些回教搞政教合一，對於大明來說是不可接受的，所以這些要重新收復漢唐故地，將漢家之法在西域重新推行。

除了軍事手段之外，還要安排大量的移民前往西域，與衛所一道在西域屯墾，充實西域，改變當地的人口結構和風俗，使得回教搞政教合一的土壤不復存在，徹底消滅這些神棍。

當然這些話朱載坖是不可能落在詔書上的，但是朱載坖在劉綎抵達京師之後，召見了劉綎，向其交代了這次朝廷用兵的方略，對於葉爾羌汗國的統治階層和他們的宗教上層，官軍要毫不猶豫的予以剷除，給朝廷之後的施政創造條件，對於這個髒活，劉綎自然是沒有什麼心理負擔的。

他在倭國就是大開殺戒，撈了不少好處，這次回朝向朱載坖的內承運庫進獻了價值二百萬元的財物，所以朱載坖明確告知他可以在西域動手的時候，劉綎當即表示所有的彈劾臣一個人擔了，對於劉綎的懂事，朱載坖還是很滿意的，不過朱載坖也告誡劉綎兩點。

第一就是大明的清理物件僅限於葉爾羌汗國的統治階級和宗教上層，不能大開殺戒，將屠刀對準百姓，這樣是會給朝廷之後的治理帶來極大的麻煩的，同時對於劉綎本人來說也絕非好事，不能隨意擴大殺戮的範圍。

第二就是不能吃獨食，要將所得財物散給士卒們，一來是維繫官軍計程車氣，二來就是鼓勵這些士卒們留在當地，只有將這些士卒留在當地，才能夠加強朝廷在西域的統治基礎，幫助朝廷牢牢的控制住西域。交代完這些事情，朱載坖就命令劉綎趕緊到蘭州操練士卒，整頓兵馬。

相關的將領們也都各自啟程，趕往蘭州掌握自己的麾下，而在天氣轉冷之後，朱載坖就更加的睏倦，隨著年歲的逐漸增大，朱載坖對於京師的寒冷確實是有些吃不消了，再度動了南下的想法，但是仔細思量之後，朱載坖還是沒有選擇南下，朱載坖現在要考慮的問題就比較多了。

一來就是皇帝南下，勞民傷財，僅僅是為了避寒，這顯然是說不過去的，二來就是朱載坖的身體本就大不如前，一旦南下，舟車勞頓，未必吃得消，而且一旦朱載坖在南京有什麼事情的，那開銷就更加巨大，而且對於朝廷來說也是一個巨大的不安定因素，這點朱載坖是很清楚的，所以朱載坖在思慮再三之後還是決定就在京師。

不過朱載坖也做了一些相應的安排，皇太孫現在年紀漸長，可以分擔一些政務了，所以朱載坖調整了皇太孫的教育，減少了皇太孫的課業，對於皇太孫增加到文華殿參與處理政務，聽取各部院彙報，檢視各種奏疏的權力，同時每月兩日到羽林軍中檢視羽林軍的訓練情況，與士卒們同飲食，培養皇太孫的行政和軍事能力。

同時進一步加強太子權力，朱載坖下達詔書，命令軍機處將非系用兵等緊要之事，先送太子處分，然後朱載坖加以稽核即可，除了用兵等重事直接送西苑之外其餘的政務大多由太子處分，可以說朱載坖除了沒有行內禪之事之外，在其餘的權力上，太子已經是很大的了，這樣朱載坖也能夠有更多的精力放在其他事務上。

朱載坖現在除了日常的批閱奏疏之外，就是和朱載堉等人商討有關科技的理論問題，指導文思院和格物院相應的研究，在朱載坖的指令之下，一大批的儀器被研究了出來，首先就是溫度計，伽利略也就是現在的朱從道，曾經發明過一種溫度計，是一種氣體溫度計，利用空氣熱脹冷縮原理並帶有刻度，但受氣壓影響誤差較大。

朱載坖將這之予以規範化，在一個封閉的系統裡，隨著溫度的變化，空氣收縮膨脹，彩色的液體高度也隨著變化，同時是確定基準溫度，這個對於朱載坖來說是很簡單的，冰水混合物的溫度就是零度，水沸騰的溫度就是一百度，這樣的製成了現在大明的第一支水銀溫度計。

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