按照朱載坖的規劃，朝廷在各鎮按照任務輕重的不同的，配置數量不等的師和旅，而在各個邊堡上，則是由各步兵團、營、隊予以駐守，這些守邊的步兵團營和參加麾下的旅、團以及總兵麾下的各師、旅構成了邊軍的駐防和機動部隊，同時各個提督手中也掌握一些師旅作為機動兵力，這樣做的好處就是儘可能的集中機動兵力，同時保證官軍的戰鬥力。

這些當然是朱載坖對於邊鎮官軍的改革想法，不過現在對於官軍的改革，朱載坖首先是在京營之中予以施行，要推行新的制度，首先就是要釐定官職，這點是非常之重要的，之前大明的武官系統主要是由都司衛所的各職官和都督府的職官所構成的，而在營兵制下的官制，都只是差遣而已，不管是提督、總兵還是參將游擊，都只是差遣，決定他們品級的是他們在都督府或者是都司衛所中的職務。

朱載坖認為，武官要實行軍階和差遣分離的制度，軍階表示武官的資歷、品級等，差遣則是武官的實際職務，而軍階制度已經也不必單獨用，而是直接使用大明的武散官制度就行了，所謂散官，與職事官表示所任職務的稱號相對而言。例如唐代文散官自開府儀同三司至將士郎凡二十九階，武散官自驃騎大將軍至陪戎八校尉副尉凡四十五階。故散官亦稱階官。宋代稱為寄祿官。

本朝也沿襲舊制，一樣設立文武散官制度，散官是有官名而無職事的官稱。漢至南北朝，朝廷有時對高階文武官員於本官外另加位亞三司、儀同三司等名號，以示尊崇而無職掌。

隋始定散官名稱，加給文武重臣，皆無實際職務，而統稱官員之有實際職務者為職事官。唐承隋制，置開府儀同三司、特進至文林郎、將仕郎共二十九階為文散官，驃騎大將軍、輔國大將軍、鎮國大將軍至陪戎校尉、陪戎副尉四十五階為武散官，凡九品以上職事官皆帶散位，稱為本品。職事官隨才錄用，遷徙出入，參差不定；散位則皆以門蔭結品，然後勞考進敘。職事官與散官品級不定一致，散官低而充高階職事官稱守某官，散官高而充低階職事官，稱行某官，待遇則按其散官品級。

兩宋也沿襲這種制度，散官制度也是有一定的好對的，對於朝廷而言，一些資歷不足但是有功的軍官，朝廷可以量才拔擢，同時一些資歷深厚，但是立功不多的老將，朝廷也可以透過提升他們散官的辦法給予榮寵，增加他們的俸祿，這點是很好的。

不過對於大明的武散官制度，朱載坖認為還是要予以改善的，大明的武散官，從正一品的特進榮祿大夫到從六品的忠武校尉，還是相對不夠的，所以朱載坖命令吏部和兵部制定從六品到從九品的武散官官階，實現爵用以定尊卑，官用以分職務，階用以敘勞，勳用以敘功的武官體系。

同時新的官軍體制下，官軍的編制組成得到了簡化，最小的作戰單位仍然是小旗，一小旗十人，但是總旗從五十人下降到三十人，一隊轄三個總旗加上隊官直屬的一個小旗，主要負責後勤、傳令等事務，由各隊組成營，營的長官稱統制，若干各營組成團或者旅，他們的長官都稱指揮使，而若干個旅團組成師，長官稱都指揮使。

在官軍邊軍中，師已經是最大的編制了，直屬於總兵或者提督，作為一鎮的機動力量所使用，但是在朝廷，還要組建比師更加龐大的戰略預備隊，也就是軍，古稱天子六軍嗎，按《周禮》《左傳》記載周天子設六軍，諸侯依國力設三至一軍，成為後世“天子統領軍隊”的代稱。晉代以領軍、護軍、左右二衛、驍騎及游擊六支中央禁軍合稱六軍 。唐代禁軍沿用此名，左右龍武軍、神武軍、神策軍（或羽林軍）組成六軍體系，朝廷居中以威天下，自然是要建立比地方馮家龐大的戰略預備隊了。

所以朱載坖決定將京營和親軍諸衛統一整編，設立羽林、天武、虎翼、靜塞、保捷、忠銳六軍，作為朝廷的戰略預備隊，同時對於各都司的脫產士卒，一樣要予以師旅編制，賜予軍號，由朝廷統一排程，這樣的話，就實現了官軍的京軍化，統一平時和戰時編制，將所有的脫產士卒歸為常備官軍，而衛所則是主要承擔預備役和屯田等職能。

邊疆各軍鎮雖然下轄各自的團營師旅，但是一樣歸朝廷統一排程，京軍和邊軍沒有制度上的區別，只要朝廷願意，隨時可以將京軍調至邊疆承擔邊防任務，也可以隨時將邊軍的師旅調入京軍之中，成為天子六軍的一部分，這樣對於朝廷來說，肯定是加強了對於地方的管理。

同時鎮就脫離了官軍的編製成為守備防區的代名詞了，鎮不再是官軍的一級編制，鎮內的部隊構成，都在軍機處的直接控制之下，軍機處依照實際情況和各鎮確定相應的部隊編成，鎮和官軍的聯絡被弱化了，常備官軍的中高軍官皆由朝廷直接任命，提督、總兵行使指揮權，他麾下的參謀軍務司、處一方面接受軍機處參謀軍務總署的命令，同時向總兵提出建議，供總兵官決策，另一方面對下屬各師旅的參謀案予以領導，參謀體制代替了之前的監軍，提督、總兵下達各種命令都需要參謀軍務司、處的協助，這樣就構成大明的指揮體制。

等到京營和親軍諸衛整編完成之後，就是對各鎮和各都司的常備官軍予以整編，朱載坖以明發上諭的形式昭告天下，六軍以拱衛天子、守備京畿、征伐不臣蠻夷，同時釋出隆慶官軍新例，重新確定了從從九品到正一品的武散官作為軍階，還有就是各軍階的晉升條件。