朱載坖之前其實已經在各鎮和提督下面建立各種專門官署和參謀機構了，但是這些參謀機構在軍鎮內部並不受重視，因為大明現在的軍事制度仍舊是大將負責制，不管是總兵、提督還是分守參將、協守副將，都是在本防區的最高軍政長官，同時督撫也在戰事上擁有極大的權力，而即便是參謀等業務他們往往也是依靠自己的參隨來做，這就使得朝廷在邊鎮所設立的這些參謀機構很難發揮作用。

而且朱載坖對於大明的北部邊防，並不滿意，從正統以後的北部邊防，將東起鴨綠江，西迄嘉峪關的萬里長城作為主要防線。這道防線是依託長城線為骨幹，結合其內外星羅棋佈的衛、所，形成了一條連續而緊密的防禦體系，為了抵禦蒙古人，歷代先帝就大修邊牆，把邊牆作為抵禦蒙古人的一大利器。

朱載坖認為，邊牆確實可以起到抵禦蒙古人的作用，朝廷在九邊守備地區中，關堡相連，烽燧相望，邊寨墩臺林立，構成大縱深，多道重層，設防周密。結合築壘，需部署恰當，重視機動兵力，這樣才能夠發揮邊牆的作用，實現攻守兼備，而在實際的邊防之中，不能守邊御患的關鍵在於一方面不能實施重點守備，而是分兵把口，不能集中兵力和保持足夠的力量，這是分兵設防的缺陷;而另一方面關鍵在於衛所之間的配合，即一方有難，另一方是否可以利用地形、關隘等前來支援。

而大明這種畫地自守的辦法，官軍各部根本沒有主動支援友軍的想法，而在之前朝廷的邊防政策中，除增設巡撫、副總兵、參將、協守、游擊等將官以增強各邊的防禦能力和實力外，在防禦體制上也進行了調整，即在各邊內部進行分割槽防守。每鎮的分路越來越多，分守參將也越來越多，朝廷原本的想法是透過廣設分守參將，彌補了以九邊為單位這種大區域防守的弊端，加強了區域內部更加具體的目標責任防衛，取得更加積極的防衛效果。

但是實際上分守區的數量多就意味著兵力的分散及全線設防沒有重點。官軍的兵力大多配置在一線，朝廷希望是官軍各部畫地自守，然後抱團取暖深溝高壘堅守不出。現在的分割槽防守恰好就給了外敵各個擊破的可乘之機。官軍的機動兵力不足，大部分的兵力都投入到一線當中，同時設防也不能做到輕重有別。

而畫地自守最麻煩的事情是什麼，就是各級將領們所想的就是怎麼保住自己的防區，這對於他們來說是是最要的，所以他們沒有動力也不敢去輕易馳援各部，而沿邊一線的邊堡只能等到總兵的機兵和游擊的遊兵馳援，而資訊的往返傳遞等事情，都是需要時間的，而且在這種傳遞的過程中，戰機就已經消失了。

同時為了對於九邊各處設防，朝廷不得不在北部邊防維持龐大的軍隊，以防備北虜，不僅僅為朝廷造成了沉重的負擔，而且佔用官軍寶貴的員額，朝廷現在養兵的成本是不低的，在北邊屯駐重兵，就會降低朝廷控制其他地方的能力，尤其是對於南方的彈壓能力，這點是朱載坖極為擔憂的，朱載坖雖然經過兩次大規模的清軍，核實軍籍，同時在實現俺答封貢之後也裁減了九邊的軍額，但是現在九邊駐軍仍舊達四十餘萬，規模十分之龐大，日後將西域收復之後，為了駐守西域，肯定也是要屯駐重兵的，在就會使得官軍的員額進一步擴張，這點對於朝廷來說絕非好事，軍額擴充太快，對於朝廷的財政負擔太重。

所以朱載坖準備更定九邊指揮體制，進一步壓縮軍額，提高官軍的戰鬥力，首先仍舊是加重總兵官的權力，這次朱載坖主要是對於總兵對於治下的參將、游擊等將領的管理權，朱載坖明確釋出詔令：“軍令貴嚴，嚴則官軍知畏而易成功，否則官軍怠玩而多致敗績。昔胤侯誓師，必曰：威克厥愛，允濟愛克，厥威允罔，功行軍貴。自古尚之。人君命將，必曰：閫以內寡人治之，閫以外將軍制之。蓋其官軍臨陣有不用命而退縮者，徑自誅之，以肅人心。且萬人之命，繫於一將，若非重以此權，誰肯舍死赴敵。近年以來，朝廷命將制敕，所開止曰軍法從事，所以為將者，多避嫌疑，軍士雖有退縮，未敢輕誅一人，以致軍令不嚴，往往失機，雖罪坐主將，無益於事。自詔書到日，若官軍有不用命退縮者，就陣斬之以徇，妄生訛言、蠱惑人心，情罪至重者，會同審實，亦就斬之。麾下分守、游擊等官，有不從命者，以軍法治之！”

朱載坖首先加重總兵官的權力，尤其是對於治下參將等的軍官的管理權，同時要求按照沿邊的實際情況，重新劃定分守轄區，同時裁減合併一批分守參將，朱載坖認為分守參將是朝廷配置在邊防要地進行專守防衛，加強防禦的專官，要有區別的進行設防，要有防禦重心，這是最關鍵的事情。

除此之外，就是對於總兵衙署的指揮體系的建設，原本總兵只是差遣，所以並無衙署，也沒有相關的下屬，朱載坖之前已經在鎮下配置參謀軍務、後勤等司，作為總兵衙署的常設機構，協助總兵官管理一鎮防務，用來取代這些參隨，朱載坖認為要加重這些機構的權力，實現參謀體制的建立。

朱載坖命令取消協守副將，同時以副將專管參謀軍務和清軍督練等各司，同時將這些機構實施雙重管理，即直接接受軍機處的監察，同時為總兵官提供幕僚業務，建立從朝廷到各鎮以至於各分守區的參謀機關，加強朝廷對於九邊的直接控制，在分守參將下已經有參謀處等機構，既受總兵衙門各機關的直接領導，又向參將提供參謀業務。