在安東都護府命令下達之後，大部分的倭國大名都迅速向安東都護府表達了恭順和忠誠，除了一小部分的和公卿的關係相對比較深厚的大名仍舊在扭捏之外，如北條氏、武田氏、上杉氏等大名都已經主動上疏，向大明輸誠，同時武田勝賴甚至上表朱載坖，請求朱載坖賜姓，以表明他歸身華夏的決心。

作為倭國中比較先投效大明的人，武田勝賴是很清楚自己的身份的，他也很清楚自己的地位，從和大明的親近程度上來說，武田家是不如上杉和北條的，畢竟他們是率先歸附的，而從實力和對大明的作用來說，武田的甲斐也處於一個很尷尬的地位，武田家綜合實力其實與他的大名地位極不相稱。武田信玄時代的強大，很大程度上有賴於甲斐的金礦，而武田信玄所取得的一系列勝利，事實上已使武田家的實力處於透支狀態，對人口稀少的甲信來說，為勝利而損失的精壯勞動力是過於巨大的代價，對生產力的破壞更是無可挽回的損失。

武田信玄自己就說過：“人就是堤防，人就是城牆。”而武田家缺少的正是人。因此，在人口因戰爭銳減，生產力因之大受影響的情況下，甲州金礦的枯竭，無疑是致命的打擊。而企圖透過內向的積累來恢復國力，則就不是三五年就做的到的了。而武田勝賴自己很清楚，在沒有金礦之後，武田家對於大明的用處就急劇下降了，大明經略倭國的主要動力就是金銀，沒有金銀礦會使得武田家在大明中成為無足輕重的大名，再加上他自己的地位並非穩如泰山，這也使得武田勝賴比較頭疼。

因為在一些甲斐的元老重臣眼中，武田勝賴並不是武田家的家督，而僅僅是武田家的家督監護人，類似於毛利興元之子夭折前，毛利元就的地位。而勝武田賴顯然是不滿足於這種地位的，但他沒有自立的可能，原因是武田二十四將沒有一個是他自己的家臣。對四名臣等重臣來說，武田信玄的一紙遺言，比他勝賴的一百條命令都大。在這種情況下，勝賴信任跡部、長坂等近臣，也就完全符合情理了。這就導致了甲斐內部的鬥爭愈發激烈，而武田勝賴既無法壓倒元老重臣，也無法再其中調和，所以他必須借重於大明，這樣才能夠更好的穩定自己的地位。

在這種情況之下，為了使得大明更加青睞自己，好保全自己的地位，同時擴充實力，武田勝賴決定徹底倒向大明，不僅僅上表求封、賜姓，極盡輸誠之能事，還直接向安東都護府彙報倭國大名的動態。

方逢時則是在在處理善後事宜，將倭王等一干欽犯和抄沒的家產等交給成國公朱應楨，押解回京師，同時接收原本倭國朝廷的土地，安排官軍駐守，同時建立起大明在這些地方的行政、軍事機構，還有就是調遣援軍，朝廷所調發的援軍已經開始陸續抵達倭國的，方逢時要和劉綎商量，將這些援兵調遣到倭國的要害地方，加以守衛，彈壓地方，防止出現動亂。

而於此同時，方逢時還有一個很重要的任務，就是對於倭奴都統使司的土司安置，方逢時認為應該參考倭國原本的令制國，設立軍民府等土司機構，任命這些地方勢力為土官等土司官職，加強朝廷對於倭奴都統使司的管理，按照原本倭國的所謂律令制，整個倭國被劃為五畿七道66州加上兩個島，一共是六十八國。

其實就是模仿的唐制，在律令制下，“五畿”指京畿區域內的5國，京畿之外的其他領土則仿中國唐制，共分七道。下轄共68國，並仿照唐360州，將國名簡化為單字州，其中“五畿”為畿內五國:大和、攝津、河內、和泉、山城；“七道”指東海、東山、北陸、山陰、山陽、南海、西海七道。在五畿七道下置66個令制國外加壹岐、對馬兩島。

令制國下設郡，郡下設裡，其長官分別叫做國司、郡司、里長。這種以國、郡、裡作為行政區劃劃分的制度在倭國曆史上叫“國郡裡制”。所以方逢時認為可以仍舊沿襲這個制度，將其和大明的土司制度結合起來，在倭奴都統使司下設七個宣慰司，即東海、東山、北陸、山陰、山陽、南海、西海七個宣慰司，雖然宣慰司的宣慰使也是土官，任用倭國的這些地方豪強擔任，但是實施流官的管理，有安東都護府具奏朝廷予以任命。

而在各個宣慰司下，就是軍民府、土州縣等建制了，各個地方的大名，按照其所掌握的領土、人口和對大明的恭順程度，分別授予土知府、土知州、土知縣等官職，予以世襲，而原本倭國的所謂五畿還有原德川、豐臣等反叛大明領主，還有一些戰略要地，礦產所在地，如石見銀山等，由安東都護府直接領有管理，設立衛所或者是州縣等加以控制。

方逢時擬定了詳細的方案，上奏朝廷，而在京師，朱載坖也已經收到了倭國的相關奏疏，朱應楨押解著一干欽犯和抄沒所得正在回到京師的路上，對於方逢時所採取的果斷手段，朱載坖是很認可，雖然有人認為方逢時殺戮過重，但是朱載坖認為只要能夠使得倭國大體上平穩，不出現大的叛亂，其他的事情沒什麼大礙。

除此之外當然就是押解回來的這些欽犯應該怎麼處理了，朱載坖召集內閣、禮部和三法司官員商量此事，他們所犯的罪行是很清楚的，謀刺朝廷大臣，這是謀逆無疑了，關鍵是應該怎麼處理他們，刑部尚書蔡國珍和大理院卿孫丕揚認為應當按照大明律族誅之，但是內閣和禮部顯然有其他的看法。

申時行就認為，對於這種亡國之君，可以適當寬仁，以彰大明之仁。