對於這兩個衙門，朱載坖也在和閣部重臣們甚至於科道、地方官員商量此事，吏部、戶部、兵部、刑部都是屬於分工和職責比較明確的專門衙署，但是禮部和工部所承擔的職能就非常之繁雜了。以禮部為例，主要負責禮儀、外交、學政等相關事宜，還負責管理太常寺、鴻臚寺、四夷館等相關的官署，所涉及的範圍是非常之廣泛的。
對於禮部和工部，朱載坖認為確實是應該要予以拆分，成立各種專門的官署對於這些衙門予以管理，這點是非常之重要的，朱載坖這次對於官制的改革主要目的就是為了因事設官，加強朝廷對於各種事務的管理，這是朱載坖希望達到的目的，這就必須要對大明的部院體制進行大規模的調整，以保證在朱載坖之後朝廷對於地方仍舊有足夠的控制力，這點是非常之重要的。
所以改革部院體制是非常重要的，而這次朝廷所進行的官制改革，就是要打破原本的六部體制，其實大明的臣子們現在已經是很清楚原本的六部是無法處理朝廷這麼的多事務，這點是非常之重要的，所以這次朱載坖推動的改革阻力並不大，雖然有一些官員仍舊認為祖制不能夠輕易動搖，但是這次的改革已經是大勢所趨了。
對於禮部的改革主要是以強化專業職能作為主要的抓手的，禮部原本的職能是禮儀、外交和學政，由於之前大明對於外交實際上是非常之不重視的，而且禮儀之前在大明相對受到重視，這並不是朱載坖所需要的禮部衙門，朱載坖認為禮儀、外交兩者事務還是比較相近，仍舊留在禮部本衙當中，將禮部變更為主管禮儀外交的部門，而將負責學政的相關事務從禮部拿出來，成立單獨的一個部門，專門管理教育事務。
但是在具體的辦法上，朱載坖和重臣們想法是不一樣的，朱載坖認為要打破六部體制，但是重臣們對於打破六部還是心存疑慮的，畢竟之前的改革所單獨設立的部門一般都是總署和院、監等衙門，也就是仍舊維持了六部的體制，但是朱載坖這次要單獨成立一部來管理教育事務，這就會打破六部體制，這使得一些重臣還是有顧慮的。
朱載坖認為不破不立，六部現在無法適應大明的管理，應該改就要改，尤其是文教這麼重要的事務，朱載坖肯定是要重視的，朱載坖決定在原來學政總署的基礎上成立學部，專門負責教育、考試等事務，原各省直的提督學政也改為提學使司，加強朝廷對於教育和考試的管理，在學部下設學政、考試等專署，負責管理大明的學校建設和考試祖制，不僅僅是科舉，還是各種資格考試，機械、算學等專門人才的培養等也一樣有學部負責，自朝廷到地方省府州縣，都要建立相關的衙門，加強對於教育的管理。
同時開辦師範學堂，為朝廷培養教師，不僅僅要懂經義，對於算學、物理等也要予以教授，才能夠保證大明的人才培養。
而對於禮部本衙，則主要負責外交禮儀等事務，但是也存在一個問題，按照朱載坖的所規定的朝廷官署品級，部院同為正二品衙門，是平級機構，而總署是從二品衙門，也就是是部院可以領導總署，但是不能由部領院或者由院領部，這是違背朝廷制度的，這也就意味著按照現在的制度，禮部和理藩院是兩個平行單位，同樣都是正二品，如果不加以改變的話，禮部是無法領導理藩院的。
就這個問題，朱載坖和禮部以及相關的官員們進行了多次討論，對於理藩院的事情，朱載坖認為還是應該劃歸禮部統一管理，這樣才能夠保證朝廷的衙署不過多，朱載坖而很清楚，還是要控制朝廷衙署的數量，不能夠使得朝廷的官署數目過多，這樣一樣會使得朝廷的行政效率低下。
對於禮部，由於其下屬的官署非常之多，所以要進行統編兼併，減少朝廷的官署總數量，朱載坖決定在禮部下設立兩大總署，將原本的理藩院降級為理藩總署，同時成立外務總署，將原本具備外交職能的各個衙門如鴻臚寺、四夷館、同文館等衙署，全部收歸外務總署管理，以左右侍郎分別領導外務總署和理藩總署，同時將太常等等衙門也收歸禮部直接管理，負責禮儀、祭祀等活動。
而對於工部，也是一樣的辦法，但是工部的情況又有所不同，之前在朝廷六部之中，工部的地位確實是不高的，因為現在是有非常鮮明的身份鄙視鏈的。商人和工匠的身份地位是最低的，農民都要比工匠的地位高。高高在上計程車大夫們，覺得工部的人就是一群無趣的“工匠”，自然瞧不上他們。
但是實際上工部確實是實實在在既有油水又需要技術的部門，尤其是朱載坖即位以來，雖然停止了從世宗朝開始的大規模宮廷營建，但是對於地方營建的規模遠遠比世宗朝大多了，雖然在大明都是很少見的，修整直道，大規模的加固地方，進行城市建設等，工部在其中所發揮的作用是很大的，同時工部還負有管理朝廷官營工程的職能，這就使得現在工部的事務和禮部一樣繁雜。
朱載坖命令內閣將工部的相關執掌條陳來，除了經營興造之眾務，凡城池之修浚，土木之繕葺，工匠之程式，天下虞衡、山澤之事，而辨其時禁，天下川瀆、陂池之政令，以導達溝洫，堰決河渠等事務之外，還有交通、工場、礦冶等事務，這些都是極為重要的。
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逼我御馬監為奴，現在後悔什麼？
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