對於丘橓這樣的人，朱載坖是極度反感的，朱載坖要透過嚴懲丘橓來表明自己的態度，嚴厲打擊各種可能的政治清算，從嘉靖以來，官場上的政治清算行為越來越明顯，這對於朱載坖來說是很要命的，一旦這種政治清算的風氣展開，藉由政治清算而對於朝廷政策的顛覆，會使得隆慶新政有人亡政息的可能性，這是朱載坖所不能接受的。

而朱載坖採取的辦法就是對於這種情形加以嚴厲震懾，朱載坖給丘橓定了三條罪名，邀名挾權，辜恩誤國，結黨亂政，邀名挾權主要是指的他為了偽裝自己清官的人設，所進行的一系列表演。

而辜恩誤國，結黨亂政則是對於他政治行為的定性，主要是兩件事情，第一就是為楊選辯護而被世宗皇帝所處分的事情，這個楊選是山東濟南府章丘縣人，是丘橓的鄉黨，時任兵部侍郎兼薊遼總督，這個貨在薊遼任上的時候，也是騷操作不斷，當時古北口守將派遣尖哨出塞，朵顏衛抓獲其中四人。酋長通漢叩關索要賞賜，副總兵胡鎮將他與其同黨十多人擒獲。通漢的兒子恐懼，帶被抓住的哨兵到牆下，請求交換他的父親。通漢是辛愛黃臺吉妻子的義父，楊選想用他來牽制辛愛黃臺吉，要他的兒子來做人質，才遣還他的父親。從這時起通漢的幾個兒子輪流作為人質，半年換一次。

楊選還自以為得計，向世宗皇帝的奏報自己的功勞，結果呢？辛愛和把都兒等人大舉從牆子嶺、磨刀峪毀牆入侵，京師戒嚴。楊選還上奏朝廷，請求賞賜，首輔徐階當即就指出：“寇營尚在平谷，選等往通州矣，謂追殺者，妄也。”結果呢？

北虜逐漸向東，大肆搶掠三河、順義，於鄭官屯將將軍傅津等人包圍。楊選派副將胡鎮偕同總兵官孫臏、游擊趙溱率軍援救，孫臏、趙溱戰死，胡鎮力戰才得以逃脫。北虜在大明境內，京畿重地滯留八日，京師戒嚴十日之久，幾乎重演庚戌之變。起初，諜報稱敵寇準備窺探牆子嶺，兵部檄文要求嚴陣以待，而朵顏三衛為敵寇引導的人欺騙楊選說敵寇開赴潘家口。楊選寧可相信北虜，也不相信兵部的判斷，這樣的蠢貨，已經是不多見的。

挑起此次爭端的是你楊選，結果搞出了這麼大的亂子，嘉靖豈能容你，當年的王忬，也是如此，辛愛黃臺吉挾持朵顏三衛為嚮導，準備西入，聲言東侵。王忬於是引兵向東。敵軍於是趁機由潘家口入，渡灤河向西，大掠遵化、遷安、薊州、玉田，駐內地五日，京師大震。王忬被嘉靖處斬。

而考量王忬和楊選的罪責，王忬顯然是要輕的，王忬最多隻能夠算失機，被北虜所欺騙，而且在受騙之後，王忬還是積極的採取了補救措施的，而且王忬在薊遼，並非全然無功，之前北虜進犯清河，總兵官楊照防禦，斬首八百餘級。爾後，土蠻十萬騎進攻界嶺口，被副將馬芳擊退。次日，敵騎二百奔還，馬芳及歐陽安俘斬四十級。

而嘉靖對於王忬的處分是什麼：“諸將皆斬，主軍令者顧得附輕典耶？”將王忬處斬，而楊選此次所犯下之罪遠遠比之王忬要重的多了，首先挑起事端是你楊選吧？若非楊選扣留通漢，也不會導致朵顏三衛再度和黃臺吉相勾結，進而導致這次聯合入寇，而楊選在處置此事上的種種騷操作，更是比王忬要嚴重的多了，而且他所造成的後果，也要比王忬嚴重的多，王忬灤河之敗，北虜大掠遵化、遷安、薊州、玉田，駐內地五日，雖然也導致了京師大震，但是並沒有直接導致京師戒嚴，王忬後續還是採取措施，不讓北虜驚擾到京師的。

而楊選呢？放任北虜大掠三河、順義，圍諸將傅津等於鄭官屯。選遣副將胡鎮偕總兵官孫臏、游擊趙溱擊之。臏、溱戰歿，鎮力戰得脫。寇留內地八日不退。又二日，寇始北去，京師解嚴。在後續朝廷的追責過程中，楊選居然百般抵賴，嘉靖指示朱希孝以縱通漢勾賊罪將楊選下詔獄，在錦衣親軍的訊問中，楊選拒不認罪，甚至將責任推給了嘉靖，他只承認質通漢父子事，並且表示這事是嘉靖知道的，這是準備起釁的鍋推給了嘉靖了，自然會遭到嘉靖的嚴懲了，而在這個時候，丘橓為了給自己的鄉黨脫罪，利用自己兵科都給事中的身份，竄連給事中們向嘉靖上疏。

丘橓的奏疏是怎麼說的：“自庚戌以來，封疆之吏，人人自奮，選將也，練兵也，轉餉也，修牆也，分割槽擺邊也，條列事宜，及奏報功次也，未嘗不僕僕然稱勞也。然不務粉飾，不涉支吾者幾人哉？他姑弗論。只如昨日河東數戰，說者遂以為二百年來之所未有，則前此各邊紛紛報捷，凡所謂官軍奮勇血戰，斬獲首級，奪回達馬夷器，大虜敗遁出境，皆紙上之空言可知矣。”

為了解薊門之圍，宣大官軍千里勤王，馬芳等諸將風塵僕僕從宣大趕赴薊遼，與薊遼官軍一起將北虜逐出邊牆之外，京師才剛剛解圍，在丘橓的口中就是紙上之虛言了，那什麼不是虛言了呢？楊選的失機有功，馬芳、江東的救援有罪是吧？

而就是丘橓為楊選上疏求情之前，給事中丘橓等因劾鏜奸貪八罪，言應岐原擬未盡其辜。他才剛剛彈劾了原任浙江總兵盧鏜，因為盧鏜初在胡宗憲帳下用事，及宗憲敗，盧鏜已經不自安求去，而王應岐這個時候已經被充軍發配了，丘橓仍然上疏，要求追論他們二人的罪過，這個時候，丘科長倒是嫉惡如仇了，連已經上疏求去和被充軍的官員都不放過了，但是面對楊選這種犯下彌天大罪的鄉黨，反倒是竭盡全力的救援，真他媽的一個好清官啊！