朱載坖的這些舉措，一來是填補空缺，將這些空缺的重要崗位予以填補，同時換上的也都是朱載坖的心腹，如兵部尚書協理京營戎政徐渭和總督京營戎政魏國公徐邦瑞，徐渭自不待言，而徐邦瑞則是和朱載坖關係密切，他們的魏國公之位都和朱載坖關係密切，自然也是朱載坖的心腹之一，雖然能力有所不足，但是穩定京營是足夠了。

同時朱載坖釋出命令，曹國公李言恭守制結束，加中軍都督府都督僉事，兼錦衣親軍都指揮同知，提督巡捕，升右僉都御史、巡撫山東宋應昌加兵部左侍郎，總督直隸等處軍務事，同時將京衛都指揮使與提督直隸、大寧等處軍務事對調，原京衛都指揮使兼三千營總兵李如松外放提督直隸、大寧等處軍務事，調英國公張元功擔任領侍衛內大臣兼京衛都指揮使，負責指揮親軍諸衛。

同時朱載坖命令端陽朝會，朱載坖的身體已經有所恢復了，所以朱載坖才決定在端陽節舉行大朝會，在群臣面前露露臉，而現在最重要的問題就是首輔張四維的請辭問題，張四維已經多次請辭了，雖然朱載坖也多次挽留，但是張四維去意甚堅，他認為自己現在已經不適合再待在朝廷了，申時行能夠領導內閣輔政，同時向朱載坖推薦了王家屏，認為王家屏是可用之才，朱載坖很清楚張四維的意思，就是用自己的去位換取王家屏的入閣。

朱載坖在思量之後決定同意張四維的請辭，加張四維少師兼太子太師，顧問諮詢大臣，特進光祿大夫、左柱國賜馳驛，命錦衣親軍護送歸鄉，同時朱載坖親自下旨，原督師南京大學士沈鯉升文淵閣大學士回京聽用，禮部左侍郎協理學政王家屏升東閣大學士，入閣預機務，督師南京兼理糧餉，翰林學士兼禮部左侍郎、國史館總裁、百科全書總裁陳於陛加東閣大學士，入閣預機務。

原次輔、建極殿大學士申時行升中極殿大學士，原武英殿大學士王錫爵升建極殿大學士，原禮部尚書兼文華殿大學士羅萬化升建極殿大學士，這樣的話內閣的情形就比較好玩了，首輔申時行自然是毫無疑問的，但是按照慣例次輔是建極殿大學士，但是朱載坖將王錫爵和羅升任同時升任建極殿大學士，這就使得群臣們有些看不明白了。

不過申時行反倒是看的很明白，這是朱載坖的帝王心術罷了，因為現在的內閣中，嘉靖四十一年的狀元、榜樣、探花，申時行、王錫爵、餘有丁同時在閣，如果申時行擔任首輔的話，勢必要對於他的權力進行一些限制，所以朱載坖故意不明確次輔的人選，王錫爵和羅萬化兩人勢必在內閣有所齟齬，同時羅萬化作為朱載坖一手提拔起來的重臣，也可以在內閣對申時行等人形成制衡，而且沈鯉也回朝，這位可是高拱推薦的人才，同時也是一向不給人好臉色的主。

而新入閣的兩位王家屏是什麼出身其實大家都很清楚，而且他被派往南京，現在對於朝廷的影響是很有限了，而另外一個是陳於陛，他是朱載坖講官陳以勤的兒子，和朱載坖的關係自然是不一般的，而且他主要是負責修書，對於朝政和他父親陳以勤一樣，不太關心。

而接下來朱載坖的詔書就是很奇怪的事情，朱載坖下旨，起復原右僉都御史巡撫陝西韓楫為右副都御史，這是一個很奇怪的任命，韓楫是高拱的嫡系，在高拱致仕之後被言官所劾，時隔多年之後，朱載坖卻再次將其起復，並且安排高階言官，這是一個極為不尋常的訊號，朱載坖對於之前被劾罷的一些臣子予以起復。

同時對於地方的重臣予以調整，原戶部左侍郎張學顏加右都御史兼南京兵部尚書參贊機務，總督南直隸，這是一個極為敏感的訊號，張學顏也是江陵黨的重要成員，而朱載坖現在將張學顏予以外放，所表達的意思讓群臣是有些摸不著頭腦了，一方面朱載坖任命勞堪這樣的人主持大計，對於王國光、方逢時、王篆等人也予以重用，但是另一方面朱載坖也將張學顏這樣的人予以調出京師，緩和朝廷的矛盾。

陸繹病癒之後，重新執掌錦衣親軍，對於這次的官員們上疏進行了詳細的調查，針對這次大計，不滿的主要是有兩類人，第一就是之前在張居正時代因為種種原因被張居正及其黨羽所處分的人和他們的親朋好友，他們對於張居正和他的黨羽是切齒痛恨的，這點朱載坖當然是很清楚的，不過朱載坖也很清楚，不可能為了他們的個人私利影響朝廷的大政方針。

而另外一部分人則是對於朝廷新政有所不滿的人，他們或者是在新政中利益受損，或者是因為考成等種種原因影響了自己的仕途 ，當然也有人是想搞政治投機，對於這些人，該處理的要予以處理，同時東廠也要打擊那些散佈謠言的人，保證朝廷大計的正常進行。

當然，朱載坖很清楚，這些人不可能就此罷休的，即便朱載坖現在予以震懾，他們中一定是有人會上疏搞事情的，果不其然，浙江道掌道御史餘懋學上疏稱：“今執政大臣，一政之善，輒矜贊導之功，一事之失，輒諉挽回之難，是為誣上。其蠹一。進用一人，執政則曰我所注意也，冢宰則曰我所推轂也，選郎則曰我所登用也。受爵公朝，拜恩私室，是為招權。其蠹二。陛下天縱聖明，猶虛懷納諫。乃二三大僚，稍有規正，輒奮袂而起，惡聲相加，是為諱疾。其蠹三。中外臣工，率探政府意向，而不恤公論。論人則譭譽視其愛憎，行政則舉置徇其喜怒，是為承望。其蠹四。君子立身，和而不同。今當路意有所主，則群相附和，敢於抗天子，而難於違大臣，是為雷同。其蠹五。我國家諫無專官，今他曹稍有建白，不曰出位，則曰沽名，沮忠直之心，長壅蔽之漸，是為阻抑。其蠹六。自張居正矇蔽主聰，道路以目，今餘風未殄，欺罔日滋。”

他將此事直接挑明瞭，矛頭指向張居正。