當然，朱載坖對於比較恭順的土默特部，也是一向厚待，不過該防範的，朱載坖也從來沒有放鬆，雖然大明和土默特部已經達成了封貢，土默特部也一向恭順，但是在邊防的問題上，朱載坖一向是料敵從寬的，雖然朱載坖減少了九邊的總員額，將九邊的總員額從六十八萬降低到了四十二萬，但是九邊各鎮的實際兵員和戰鬥力確實有了提升，官軍留下的都是精銳，同時九邊各鎮的官軍也增加騎兵的比例，目的就是為了提升官軍的機動力，在減少員額的情況下保證大明邊疆的穩固。

同時加強內外邊的建設，在朱載坖的支援下，兵部在之前所擬定的九邊防禦支撐點上大興土木，修築永備工事和規模龐大的防禦設施，這些地方都是大明國防的要點，是千萬不能有閃失的，所以這些防禦支撐點的規模是極大的，不僅要堅固，而且要能夠囤積重兵和相應的糧秣、彈藥等物資，能夠長期堅守，同時作為官軍北伐的攻擊出發陣地，同時掩護官軍的二線部隊，為官軍的二線部隊爭取時間。

同時對於大明原本的邊牆，也要重新予以翻修，以保障內邊的安全，繼續鞏固大明的北部邊疆，而這次朝廷征討瓦剌，收復西域，土默特部也算是出了大力的，順義王和三娘子不僅將當年跟隨俺答汗征討瓦剌的老兵挑選了一些送到大明軍中，同時還表示願意出兵一萬騎，協助官軍征討瓦剌，這些蒙古騎兵的適應能力還是很強的，所以朱載坖也同意的順義王的請求，賞賜順義王絹帛、藥材、茶葉等物品。

現在一應庶務都是太子在處理，朱載坖關心的就是西北的戰事和調停西洋三國的事情，李成梁已經在準備動手了，現在瓦剌各部的實力也有所增強，所以鹿死誰手還尚未可知，其實瓦剌也很清楚大明對於他們的看法，所以今年以來他們也加大了對於哈密的襲擾，希望可以透過破壞大明屯田的方式來延遲朝廷收復西域的步伐。不過都被李成梁等打了回去。

現在各部援軍也已經出發，準備馳援哈密衛，接下來的戰事就看李成梁如何指揮了。而朱載坖現在不用負責庶務之後，空閒時間增加了之後，除了教導皇長孫之外，更加重要的就是和朱載堉等人商量學術機構的問題了，自從朱載坖提出這個想法之後，朱載堉也是極為重視的，他也意識到這件事情的重要性，現在大明的工匠很多時候是屬於知其然而不知其所以然的狀況，重術輕道是不可取的，這點朱載堉也是很清楚的。

所以他和陳大位等人也在一直商量此事，自古以來，對於這些事情都是一些有興趣的人自發研究的，他們有的會寫成書籍傳之後世，有的則是跟隨著這些人的消亡就不復存在的，而現在朱載坖準備以朝廷的形式召集這些人，來從事研究，自然是一件好事，但是怎麼研究，研究哪些方向，這些事情都是需要仔細思量的，這點朱載堉也一直在和朱載坖兩人商量。

朱載坖認為，既然有實用性，也要有前瞻性，所謂實用性，自然是對於大明有用，比如所算學、幾何等實用的學問，還有就是各種度量衡的確定，就現在來說，畢竟緊急的事情就是蒸汽機的氣壓測定和單位的確定，這些都是立馬有用的東西，還有化學的各種東西，煤焦油的使用等也都是下一部研究的重點。

而所謂的前瞻性，就是一些看似沒有那麼有用，甚至是有些虛無縹緲的東西，比如之前朱載坖就和朱載堉等人做了一個實驗，從西苑的一座高塔塔頂丟擲了質量不一的兩個球，結果這兩個球同時落地。這一實驗證明了物體的下落速度與物體的質量無關，但是其中的原因是什麼呢？這些東西肯定是相當之枯燥的，看起來也短時間內對朝廷沒有什麼用處，但是作為基礎科學，他確實很重要的，還有就是算學的發展，化學的各種研究，也許都是很枯燥的，需要朝廷長期的支援，也許不能夠產生收益，但是確實一切技術發展的根源，這是很重要的。

所以在朱載坖和朱載堉等人多次商量之後，對文思院相對應的，朱載坖設立了大明格物院，顧名思義，就是格物致知的地方，和文思院主要是工程和機械研究不同，格物院更加偏向於理論研究，也就是所謂的道的研究，為了充實格物院的力量，朱載坖將欽天監也劃歸格物院管理，同時原來的文思院化學研究所也劃歸格物院管理，同時在格物院下面設立算學、物理、地理等相關的研究所，天下之人，只要有相關特長的，都可以到京師參加測試，由鄭王世子朱載堉和陳大位考察，透過之後一律給七品冠帶和俸祿，由朝廷資助他們的研究，朱載坖並不干涉他們的研究科目，不過朱載坖也會給格物院指明一些研究的方向，比如之前的實驗還有氣壓的問題，火藥配方的改進，煤焦油的成分研究等，這些都是格物院最近要做的事情。

當然朱載坖也沒有忘了讓太子撥款，畢竟朱載坖很清楚，有非常之才者，當有非常之遇，朱載坖願意給予他們優厚的待遇，同時眼光也不侷限於大明，朱載坖還是希望透過這些傳教士從西洋引進一些理論人才，這些人是大明現在比較缺乏的，朱載坖尤其缺乏物理方面的人才，所以之前才透過示好於教皇的方式希望再弄點人過來。

同時由於西洋的戰亂，一些人也願意在這些傳教士的介紹之下到大明來，其實這些傳教士中的一些聰明人如羅明堅等人，以及看出來朱載坖對於所謂的傳教是很牴觸的，大明也很難傳教，朱載坖只是對西洋的技術和學術人才感興趣，但是他已經從教廷騙了太多東西了，現在下不了船了，只能繼續幫著朱載坖騙才行。