對於李成梁的能力，朱載坖還是信任的，作為大明現在擅用騎兵的名將，朱載坖對於李成梁還是比較信任的，不過朱載坖還是給李成梁搭配了副將，朱載坖任命了原山西鎮總兵麻貴為徵西副將軍，協助李成梁征討西域，麻貴的麻家也是累世將門，其父麻祿就以武功成名，在嘉靖朝也是屢立戰功，再加上麻家久在西北，對於當地的情況更加熟悉，所以朱載坖任命了麻貴為副將，也是鍛鍊麻貴的能力，培養大明的下一代將領們，朱載坖才從國子武學中挑選騎兵科的學員，到前線觀摩。

李成梁在奏疏中也詳細向朱載坖的陳述了自己的方略，西域雖然廣大，但是適合放牧的草場卻不多，主要就是分佈在天山的山間谷地、烏倫古河河谷、額爾齊斯河谷、準噶爾盆地和準噶爾盆地西部山區的山間谷地。還有就是沿河的綠洲，其中最大的一片草場也就是伊犁附近的河谷等處了，李成梁認為克服西域的重點就是要將這些能夠放牧的地方予以控制，重點就是控制這些有水源的地方，官軍的作戰要點也是先控制這些水源點，才能夠築城戍衛，保證朝廷對於西域的控制。

李成梁認為對於西域，主要是要控制重要的河流和山脈，才能夠起到真正控制西域的作用，這點朱載坖還是很清楚的，朱載坖放手讓李成梁組織戰役的實施，朱載坖主要負責保障官軍的後勤，轉運糧秣彈藥等物資。

朱載坖在西苑中處理各種政務，而在太子的主持下，朝廷按照已經公佈的工商賦稅則例開始實施工商賦稅的徵收，之前稅務總署就已經在對於各種內設機構和相關的衙門進行調整，同時和地方官府一道確定徵收賦稅的辦法，儘管稅務總署將大量的課稅司局等從地方接管而來，同時在各布政使司都設立了稅務總署分司以負責本省稅務的稅務分司。

但是在實際的執行過程當中，賦稅的徵收是一件非常瑣碎的事情，除了這些官員之外，還需要大量的專門人才，同時要從這些富商大賈的身上徵收賦稅，並不是一件容易的事情，這點朱載坖之前就已經想到了，但是在實際的執行過程中，仍舊出現了各種的舞弊現象，富商大賈們憑藉自己在當地的關係，逃避賦稅，但是稅務分司本身並沒有什麼武裝力量，對付這些富戶主要是依靠地方州縣的巡檢司和地方官府，但是地方官府對於這些事情肯定是不怎麼認真的。

因為這些人在當地肯定是有些能量的，而且這是幫稅務總署幹活，好處是人家稅務總署的，但是壞事可是自己來乾的，地方州縣對於這些事情自然是能夠拖延就拖延，再加上這個富戶賄賂州縣官員，使得州縣官員對於這些事情是極為懈怠了，他們雖然不敢正面對抗朝廷的大政方針，但是他們採取的是軟對抗的辦法，對抗朝廷徵收的工商賦稅，這點朱載坖還是很清楚的。

朱載坖對於此事並沒有立即作出反應，朱載坖既然已經將庶務交給了太子處理，這些事情就要讓太子來處理，看看朱翊釴處理這些事情的能力，各稅務分司的奏報上來之後，內閣、戶部也作出了相應的反應，內閣、戶部、刑部、等相關的部院也命令地方官府要嚴格賦稅徵收，各提刑按察使司和地方府州縣要配合稅務分司，對於抗稅或者是偷逃稅款的，要予以嚴厲懲處。

朱翊釴也下達太子令旨，要求各巡按御史要督促地方府州縣加強對於抗稅以及偷逃稅款的懲處，加大賦稅徵繳的力度，在朝廷的嚴令之下，賦稅的徵繳還是有了一些好轉，這次徵收工商賦稅，表現最好的還是蘇松等地區，蘇松的商賈們基本上能夠按照朝廷雖制定的則例繳納賦稅，雖然也有偷逃的行為，但是總體上上還是不多的，反而是閩浙、兩廣等地的商人，抗稅的想法很多，尤其是兩廣商人，據兩廣總督李化龍奏報，兩廣的商人們對於朝廷徵收工商賦稅，是比較反感的，雖然他也已經嚴令地方官府要配合稅務分司徵收賦稅。

但是效果並不好的，兩廣、福建等地，地方宗族勢力比較強大，朝廷的官府相對弱勢，在很多時候朝廷官府是需要和地方上大家族相互合作的，所以抗稅的情形在這些地方是相對比較嚴重的，這點朱載坖也是很清楚的，但是朱載坖仍舊讓太子領導朝廷想辦法解決這些事情。

首輔張四維認為，根本問題還是要解決地方官府配合稅務總署的問題，現在地方官府怠於配合稅務總署對於這些抗稅的富戶予以打擊，所以張四維呈上題本，請求朱翊釴批准將工商賦稅的徵繳情況列入地方官員的考成之中，敕令吏部對於配合稅務總署徵繳工商賦稅或者是打擊偷稅抗稅不力的地方官員，降低他們的考成等次，不予升遷，甚至要予以各種處分。

朱翊釴請示朱載坖之後同意了內給的建議，命令吏部尚書宋纁制定相關的獎懲條例，以規範朝廷的工商賦稅徵繳，同時刑部和提督巡檢衙門，命令地方各提刑按察使司要督促州縣，及時處理有關涉稅的案件，同時對於涉及暴力抗稅或者是金額巨大的，由稅務分司直接移送提刑按察使司處理，一定要嚴懲這些抗稅或者是偷逃賦稅的富戶和工場主。

在朱翊釴的領導之下，朝廷開始處理這些抗稅和偷逃稅款的人，對於這些人朝廷自然是要嚴厲處理的，但是朱載坖對於這些措施卻沒有這麼看好，但是朱載坖並沒有說出來，而是密召戶部尚書王國光，還有龐尚鵬、楊俊民、沈季文等人，商量應該怎麼處理這些情況。

朱載坖首先是要了解各種偷稅漏稅和抗稅的情況，才能夠為朝廷的決策提供的依據。