等俞諮皋抵達京師之後，朱載坖第一時間召見了他，朱載坖向俞諮皋詢問其對於水師建設的看法，俞諮皋認為官軍水師現在還是相對缺乏訓練和實戰經驗，尤其是炮術訓練和艦隊編隊訓練，這都是官軍水師所缺乏，要想震懾西夷三國，必須對官軍水師痛加整訓才行。

俞諮皋很清楚，西洋現在混戰不已，水師又是西洋各國最重視的兵種，他們對於水師還是十分之重視的，也具備相當的海戰經驗，所以朝廷要想用水師震懾住這些西洋人，就需要將水師嚴加訓練，才能夠將這些西洋人予以震懾，這點朱載坖還是很清楚的。

所以朱載坖同意了俞諮皋的建議，決定對於水師大加訓練，同時家那個北洋、東海、南洋三支遠洋水師中的大型艦船極重起來訓練，以俞諮皋為水師練兵大臣，總領水師訓練一事，毛海峰為水師練兵提督，負責督促水師訓練，毛海峰當了半輩子海盜，實戰經驗還是非常之豐富的，要督促水師訓練，同時還要製造改進後的船隻，火炮等，裝備水師，尤其是要加強水師的炮術和編隊作戰水平，要能夠震懾住西洋，有利於朝廷對於西洋的調停順利進行。

同時也要嚴整軍容，狠狠的震懾一下西洋，而襄國公李成梁也向朱載坖上疏，詳細陳述了自己對於西域作戰的看法，在朱載坖先北後南，緩進急戰的思想指導下，李成梁認為，由於西域廣大，而且多荒漠、戈壁，所以朝廷對於西域的經略，也要有不一樣的地方。

對於此戰的難點，李成梁認為還是怎麼找到和抓住瓦剌人的主力，因為現在在西域對大明構成主要威脅的還是瓦剌部，所以朝廷的主要打擊物件應該還是瓦剌，但是經過李成梁對於現在西域蒙古人的情況有了一點了解之後，李成梁認為要多路出擊，同時並舉，一句奪取天山北路的綠洲和草場，然後在穩定北方之後，在南下。

李成梁要求朝廷集中十五萬大軍，其中騎兵不少於八萬，才能夠達成目的，對於李成梁所要求的兵馬，朱載坖予以同意了，要求兵部、五軍都督府和練兵軍務處滿足李成梁的要求，相機進剿，由於西域和京師相隔太遠，現在直道還沒有修通，所以朱載坖認為吳兌為兵部尚書兼經略西域、安西大都護，負責朝廷的經略西域事務，李成梁總領戰事，相機戰守，吳兌要保障軍需，安撫後方，建立大明在西域的統治機構。

同時命令陝西、甘肅、寧夏等布政使司和都司要保障李成梁部的軍需，拜李成梁為徵西大將軍兼安西都護府副都護，朱載坖再給李成梁的密旨當中要求李成梁要主動抓住機會，自行決定戰守之策，事後向朱載坖奏報即可，同時對於蒙古諸部要加以籠絡，該招撫的也要予以招撫，真正要防範的是色目人，對於所謂的色目人、維吾爾人，敢有反抗的，要予以嚴厲鎮壓，絕不手軟。

同時朱載坖在給吳兌的上諭中明確要求吳兌，復漢唐往昔之土，振國威於西極，要將西域的很多地名改為當年漢唐時的地名，以宣示大明對於西域的主權。

除了此事之外，對於大明現在的各項改革措施，朱載坖也是極為重視的，最重要的自然是稅務總署的改革和工商賦稅的徵收了，朱載坖原本打算認為沈季文為提督稅務總署，但是他的品級和資歷實在是太低了，在首輔張四維的推薦之下，朱載坖升南京戶部左侍郎趙世卿為戶部尚書提督稅務總署，沈季文升戶部右侍郎協理稅務總署，將朝廷的賦稅徵收予以正規化。

朱載坖對於此事還是十分重視的，畢竟關係到朝廷的賦稅，朱載坖不僅親自召見趙世卿、沈季文，面授機宜，要他們執行上意，同時要地方府縣各自編列自己的預算，送戶部稽核之後予以施行，朱載坖特別指令戶部尚書梁夢龍和總督倉場楊俊民，要嚴格稽核地方的預算，尤其是這些賦稅多的州府，不得浪費朝廷的國帑，尤其是蘇松、廣州、杭州等府縣的預算，要嚴格予以控制，保證朝廷的賦稅徵收。

對於對於賦稅少，相對貧瘠的地方，朝廷也要適當增加預算，支援他們的基礎設施建設，尤其是直道的建設。之前工部尚書潘季馴和提督交通總署葛鏡向朱載坖上疏，呈報了對於大明水利和交通的有關計劃，葛鏡這次提出了一個大膽的方案，要在南京八卦洲上修建一座橋樑，同時要加強大明的直道建設。

對於在長江上修築橋樑，葛鏡也不但保證能夠成功，但是他認為可以試試，此舉遭到了一些官員的反對，因為這試一試就要朝廷百多萬的國帑，這麼試試的話，朝廷怎麼吃得消，這不是拿國帑開玩笑嗎？一些御史直接彈劾葛鏡浪費國帑，但是朱載坖還是選擇支援了葛鏡的想法，不試一試，怎麼知道現在大明的技術水平到底如何呢？朱載坖同意的葛鏡的看法，同時調動武功都指揮使司配合交通總署，嘗試在長江上修建橋樑。

除此之外，工部還提交了修築開封經由靈寶到西安，南京到武昌的直道等一系列的直道修築計劃，還有對於關中的水利設施予以修復，重振關中的農業，保證朝廷在西北的糧食供應問題，這些也都得到了朱載坖的批准，朝廷都要將這些大型工程逐年編列計劃，投入巨資在水利和交通上。

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