這次烏斯藏的使臣們齊聚京師，大寶法王也再次向朱載坖上疏，請求朝廷敕令藏巴汗善待格魯派，朱載坖命令禮部詳細調查其中的情況，禮部也回奏，嘉靖四十四年，原本擔任帕木竹巴仁蚌巴手下官員的辛廈巴才丹多傑起兵造反，先後佔據了香、 八囊倫珠孜、帕日等宗管轄的地域。一年以後，辛廈巴的勢力範圍幾乎囊括了整個烏斯藏，帕木竹巴政權只能龜縮一隅，苟延殘喘，他因此自稱為“藏巴加波”(“藏 ”即今日喀則一帶；“加波”則是國王的意思 )。

他和格魯派的關係極為緊張，也使得索南加措不得已前往蒙古，尋找外援，在藏巴汗統治全藏的情況下，格魯派的支持者儘管在前藏還是有一定的勢力，但是整體上無法與後藏的新興的辛夏巴政權相抗衡，因此索南嘉措看到格魯派想繼續依靠帕竹政權來恢復本派以往的實力已不可能，於是就把目光轉向外界，並和北方蒙古土默特部俺答汗取得聯絡，還結成了互相依存的支援關係。

現在索南加措生前所謀劃的這些確實基本上實現了，臨終前，為了保持和蒙古貴族的密切聯絡，他宣佈死後會轉世於俺答汗的家族中，這樣索南嘉措圓寂以後恰逢俺答汗孫子適得一子，便認定其為四世達賴雲丹嘉措。但是索南加措沒有算到的一點就是大明的強勢介入，大明現在控制了青海，切斷了蒙古和烏斯藏的聯絡，而大明在攻滅葉爾羌之後，也從西北能夠直接和烏斯藏接觸了。

現在的大明，實力遠遠比之前強大了，同時朱載坖的一貫政策就是隔絕蒙藏，決不允許蒙古合流，這點蒙古人是很清楚的，而且現在土默特部已經沒有在支援格魯派在西藏勢力的動力的，他們和大明的關係融洽，同時希望在大明能夠幫助土默特部坐穩蒙古第一部落的位置，對於烏斯藏的事情，土默特部根本不敢興趣。

所以格魯派轉而懇求大明能夠出兵幫助格魯派，消滅藏巴汗政權，但是之前被朱載坖所拒絕了，第一就是烏斯藏的這些地方勢力對於大明一向恭順，現在大明是沒有利用出兵的，第二點就是出兵烏斯藏難度很大，利益不夠，朱載坖很清楚，將官軍拉到高原上去作戰，在現在的情況下並不是一個很明智的決定，所以朱載坖並沒有同意。

這次大寶法王再次向朱載坖上疏，請求大明干涉藏巴汗的行為，保全格魯派，朱載坖也不得不重視此事了，畢竟格魯派在大明經略蒙古中的地位還是極為重要的，朱載坖說道：“彼輩有異術能服人，諸番莫不從其教，即大寶法王及闡化諸王，亦皆俯首稱弟子，自是，北虜北虜止知奉此僧，諸番王徒擁有虛位，不復能施號其令，今疏請此事，卿等以為應當如何辦理？”

對於朱載坖的這個問題，內閣首輔申時行首先說道：“陛下，臣以為戰守正理，款事羈糜均不可廢。”申時行的態度也是很明確的，就是要對於此事多方採取措施，因為藏巴汗儘管遣使大明求貢，但是他打擊帕木竹巴政權的行為是大明所不能容忍的，帕木竹巴政權畢竟是大明太祖皇帝欽賜之職，藏巴汗不經奏請，徑行用兵，是對大明的公然挑釁，必須予以制裁，維護大明朝廷的尊嚴，同時也是安撫和拉攏格魯派的重要的舉措。

申時行也指出，格魯派在大明經略蒙古中的地位突出，一向也是和朝廷的關係極為密切的，所以必須要予以安撫，明確大明朝廷的態度，除此之外，就是將活佛轉移的烏斯藏去，加強大明對於烏斯藏的控制，申時行自然是陰人的高手了，陰人這門學問講究的不是說學逗唱而是風輕雲淡，要是在無意之中把最大的釘子給安下去，然後等待結果。

申時行的方略也是極為簡單的，就是要求格魯派迎請活佛回到烏斯藏，一來就是回應了格魯派對於大明的請求，現在朝廷自然是要支援格魯派的，但是格魯派也不能無所作為吧？作為烏斯藏的活佛，長久的待在蒙古也不像話，應該回到烏斯藏去，二來就是挑動格魯派和藏巴汗之間的鬥爭。

格魯派和帕木竹巴政權的關係是很緊密的，現在帕木竹巴政權實力不足，難以統一宗教各派，帕竹噶舉派的宗教實力以及影響力與其政治實力不相匹配，這時候一個新興的並且勢力強勁的格魯派的出現剛好給帕竹政權一個權衡各教派力量的契機。所以帕竹政權不遺餘力的支援格魯派也是有其一定的政治目的。

而藏巴汗選擇了噶瑪派作為其宗教上的支持者，與噶瑪派紅帽系、黑帽系關係較為密切，而與格魯派關係則相當緊張。彭措南傑建立藏巴汗政權之初，前後藏合法的最高統治者是大明朝廷所封的“闡化王”帕木竹巴，只不過此時勢力衰弱。但闡化王及其屬下各地方領主不承認藏巴汗“王”的地位，只承認他為“第巴”，即管事者。所以藏巴汗需要在宗教方面有極為強大的影響力的活佛的承認和支援。

格魯派顯然是不可能承認藏巴汗的地位的，因為格魯派和大明、帕木竹巴政權的關係都很良好，而噶瑪派自然是願意支援藏巴汗的，同時噶瑪派需要藏巴汗政權的支援以打擊格魯派，在藏巴汗的支援下，噶瑪噶舉和止貢噶舉又使用暴力等手段脅迫格魯派寺院改宗，規定格魯派僧人必須向他們所遇到的任何噶瑪派僧人致敬，並強取豪奪哲蚌、色拉兩寺的部分資產。

申時行認為格魯派和藏巴汗的矛盾已經是不可調和了，所以在這種情況，將已經在蒙古有一定力量的格魯派送回烏斯藏，重新支援帕木竹巴政權，打擊噶瑪派和藏巴汗，同時擴大大明在烏斯藏的影響力。