除了這些之外，還有就是直接招募百姓為衛所士卒，發給路費、行糧和土地，將他們編入衛所之中在新疆屯墾，根據軍機處的規劃，要在西域設定四十到六十個衛所，才能夠保證朝廷對於西域的絕對控制，當然除此之外，此次的徵西大軍中，也要動員這些士卒們就地退伍，回到衛所，給予其更多的土地和官職賞賜，鼓勵他們留在新疆，成為這些衛所的軍事骨幹，也是極為重要的。

不過雖然要設立這麼多衛所，但是也不必一次就全部設立，朝廷可以逐次增加，加強對於新疆的控制。除了兵防之外，行政體系的建設也是極為重要的，儘管西域人口不多，但是對於朝廷來說，西域的地位重要，同時有大量的資源，地域也極為廣大，所以朝廷也必須重視此事。

而對於朝廷來說，西域最讓人頭疼的也就是這些地域廣大的，因為整個西域的面積遠遠超過內地各省，甚至內地兩省都不及西域一省的面積廣大，在這種情況下，朝廷怎麼有效的官吏新疆，這是一個重要的問題，現在朝廷將總督的駐地定在了輪臺，主要的考量是方便控制整個天山南北，進而控制整個新疆，但是廣闊的沿邊地區，僅僅依靠個府州縣來控制顯然也是不行的。

所以吏部和內閣提出了自己的方案，將整個新疆分為三個部分，第一個部分自然是北路的伊犁、阿勒泰等地，作為新疆以北制南的關鍵，同時承擔防範衛拉特四部的重要職能，對於北路自然是要極為重視的，所以要配置巡撫一員，駐節伊犁，同時兼管科布多大臣，負責處理衛拉特四部和北路的邊防事宜以天山為界，以北盡屬北路巡撫管轄，同時設立鎮守總兵官一員，負責北路的衛所、屯田和邊防等事宜。

其次就是南路，南路的情況最為複雜，因為新疆南路的人口多，城市也比較密集，同時這裡的伊斯蘭化也是很深的，在這種情況之下，朝廷必須要在這裡派遣巡撫一員，負責輪臺以西，天山以南的新疆南路管轄，同時配置鎮守總兵官一員，巡檢副將一員，不僅僅要配置常備官軍、衛所官軍，還有大量的配置巡檢官軍，加強對於此處的控制，嚴厲打擊邪教，同時發展南路的商貿，雖然不能再次重現絲綢之路的輝煌，但是和周邊各汗國通商也是極為重要的。

最後就是東路，主要是交河、哈密等地，這些地方已經被大明控制的比較穩定了，同時這些地方也是溝通新疆和內地的重要交通要道，這也是非常之重要的，所以要單獨設立一個巡撫，主要管理，雖然這些除了衛所官軍之外駐守的常備官軍不多，但是由於控制了新疆和內地的交通要道，是朝廷調遣援兵、調發物資的重要通道，對於朝廷來說自然是極為重要的地方。

而且哈密是新疆的東大門，是新疆連線內地的交通要道，自古就是絲綢之路上的重鎮，素有“西域襟喉”、“中華拱衛”、“新疆門戶”之稱。交河之地綠洲縱橫，自漢代至本朝一直是天山東路的精華所在。所以要單獨設立巡撫，加以控制，這樣就形成了南北兩路為前鋒，東路為後勁的配置。

朝廷既要在新疆沿邊和人口眾多的地方屯駐衛所和重兵，以控制當地，同時在東路也要配置官軍，設立巡撫，同時加強守備，東路巡撫也是朝廷制衡南北兩路的重要手段，因為東路巡撫的轄區其實和總督轄區是很近的，總督直屬官軍和提督軍務總兵官的機動官軍也大多配置在東路，作為隨時支援南北兩路和控制出入新疆的交通要道的手段。

至於新疆具體的府州縣，要等到朝廷徹底安定了新疆之後，聽取新疆當地官員，瞭解人口、耕地等實際情況之後，再做決定，除此之外，朱載坖命令司農院組織官吏和農學方面的人才，赴新疆實地查探，哪些地方適宜屯墾，哪些地方適宜成為官軍戰馬的馬場等，都要予以詳細的規劃，這些規劃就是官軍配置衛所，開展屯墾的重要依據，所以是馬虎不得的。

除此之外，對於新疆的礦產等也要予以勘探，為朝廷開發提供相應的依據，而在確定了這些問題之後，朱載坖再次回到老問題上來了，朱載坖問道：“新疆回教，如何處理？”

朱載坖早就密令戚金、董一元、李成梁官軍大將，對於葉爾羌汗國的這些宗教上層，除惡務盡，不得殘留，這些宗教上層，不僅在當地聚斂了大量的財富，而且極為極端，對於朝廷對新疆的統治，是一個極大的干擾，新疆本地的回教，和大明內地的回教，完全是兩個概念。

大明內地的回教，相對漢化的比較徹底，也相對乖覺，他們提出了以儒詮經，也就是所謂的“以東土之漢文，展天房之奧義”，用中國語言和儒家文化來闡釋伊斯蘭教思想，用中國傳統哲學的無極、太極、陰陽、理氣、性命、五行、體用等範疇，闡發伊斯蘭教的宇宙觀，用中國傳統“仁”“義”“禮”“智”“信”，解釋伊斯蘭教的“念”“禮”“齋”“課”“朝”等，在學理上促進伊儒的交融會通。

大明內地的這些回教，受儒家的影響是很深的，這些回教的學者提出：“人生在世有三大正事，乃順主也，順君也，順親也。凡違茲三者，則不忠、不義、不孝矣。一時不心於君，即為不賢，一時不合於君，即為不忠。”

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