對於司農院要求大量增加州縣倉儲的要求，朱載坖也予以了否決，朱載坖的看法其實是很簡單的，州縣的倉儲過於零散，朝廷的監管其實是很難的，儘管朝廷派遣的巡按御史、巡倉御史等加以監察，同時將地方布政使司中管理常平倉的衙門予以單獨列出，成立了提舉鹽茶常平公事司，但是對於州縣官吏來說，指望他們奉公守法，完全不去動州縣的常平倉和備荒倉，難度著實有些大，所以朱載坖認為，應該在一些通衢要地，建設由司農院直接管轄的大型備荒倉，囤積大量的糧秣，由朝廷直接管理和控制。

這樣的話，就建立起朝廷-區域倉儲備荒-州縣常平倉、備荒倉的三級儲備體系，州縣常平倉、備荒倉主要是用於小型的災荒和平抑小範圍的物價波動，而應對大規模的災荒，主要是依靠朝廷在區域所配置的大型倉儲機構，京通倉則是朝廷的最後一道保險了，是朝廷賴以救濟波及數省的大規模災荒所用的最後倉儲了，是朝廷絕對的最後一道保險。

所以朱載坖要求司農院和工部商定具體的倉儲地點，經過司農院和工部的商量，決定在開封府、瀋陽府、太原府、蘭州府、西安府、應天府、武昌府、成都府、廣州府配置朝廷的區域性備荒倉，同時也要調整這些倉儲結構和制度，這些儲備糧食的倉庫，最怕的就是潮溼，這些糧食，都是災年時賴以救命的糧食，所以在朱載坖的要求下，對於這些大型備荒倉，從選址到建設都必須極為謹慎。

倉儲必須在高燥之處為防止內澇和潮溼，糧倉大多選址在地勢較高的地方，或人工夯土築起高臺。諸倉窯，皆於城內高燥處置之，同時對於這些木板等，要用瀝青或者是煤焦油加以防腐防潮處理，保證存糧不能受潮。

同時對於這些存糧，也要加強管理，帶外殼的原糧耐儲，不宜腐爛變質，也便於儲存，這點是多年來的經驗，而除此之外，就是輪換制度，唐宋時期規定，粟藏九年，米藏五年；下溼之地，粟藏五年，米藏三年，皆著於令。司農院也根據現在大明的實際情況，要求常平倉原則上每年銷售1/3的庫存糧食，倉內有不宜存陳糧時，可提高出售比例。

而且對於常平倉中所儲備的糧食種類，朱載坖也要求進行詳細的規定，除了用作食用的糧食及其製品之外，還有就是種糧，除了各種的糧食作物之外，還有各種備荒作物的種子，這些也是朝廷應對災荒的重要手段，朱載坖對於荒政是極為重視的，所以倉儲是朱載坖特別重視的一件事情。

除了大規模的儲備糧食之外，朱載坖還命令要大規模的儲備乾糧，官軍在近期的征戰之中所食用的成品乾糧，由於極為乾燥和有大量的糖和鹽，耐儲存，是官軍在外征戰的重要的裝備之一，朱載坖命令在朝廷的各個倉儲之中也要儲備這種乾糧，同時要做的更幹，更硬，才能夠保證能夠應對長時期的儲存，這種乾糧只要儲存的條件合適，比之糧食要更加耐儲存一些。

還有就是西洋的所謂硬餅乾，這些玩意是西洋水手們在船上的主要食物，這種用麵粉、水，偶爾也加點兒鹽烤制的硬麵餅歷史悠久，據說要追溯到西洋千年之前。由於烤制之後缺乏水分，可以久藏不壞，所以一直是航海的人們必備口糧，水手們一般稱之為“船餅乾”、“海餅乾”或“海面包”，當然還有更動聽的名字——“鐵皮餅乾”。這種不經發酵的烤死麵餅子熱量和蛋白質水平相當不錯，還含有人體所需的一些維生素，成本低廉，製作工藝也很簡單，適合大批次生產，作為大兵們的口糧非常合適，數百年來一直是西洋軍隊的主要食物。

通常情況下硬麵包往往經過四次烘烤，到最後脫去水分的硬麵包跟用麵粉做成的磚頭差不多，“鐵皮餅乾”的名聲真不是吹出來的。結實的硬麵包對於牙齒是個磨難，但是這種東西有一個很大的好處，就是沒什麼水分的硬麵包在乾燥的條件下幾乎可以無限期地儲存下去，製作也簡單，所以朱載坖也命令在北方將收儲的小麥加工，製成這種硬餅乾，然後密封儲存起來，一來是作為官軍作戰時的應急口糧，二來就是應對災荒，畢竟這種東西只要不受潮，儲存期限是很長的。

所以對於各地的倉儲，防潮就是最重要的事情的，不僅僅在建設這些倉儲設施的時候要考慮到防潮，更加要在後續的儲存之中保證防潮，之前大明用於防潮吸溼的主要是生石灰，但是一斤生石灰只能吸水三成，而且遇水反應釋放大量熱量，接觸皮膚或眼睛可致灼傷，其生成的粉末狀熟石灰吸入後可能引發咳嗽、呼吸困難，對於朝廷倉儲並不利。

但是格物院已經發現了新的防潮藥劑，就是鈣鹽，就是熟石灰和鹽酸反應生成的氯化鈣，一斤的氯化鈣可以吸收三斤水，而且可以重複使用，對於朝廷來說肯定是極為好用的，所以朱載坖命令大量生產鈣鹽，以供朝廷倉儲防潮使用。

而這次除了這些衙門的請款之外，朱載坖對於文思院和格物院也要上報自己的預算，之前這兩個衙門都是朱載坖用內帑養起來的，所有的開支都是直接由內帑支出的，但是這次朱載坖要求他們也要擬定一個請款奏疏來，讓戶部批錢，多少無所謂，但是這是一個重要的訊號，因為不管是文思院還是格物院，雖然是朱載坖一手組建起來，並且用內帑開支的機構，但是他們是大明朝廷的正式機構，必須要戶部開支才行，他們不是內廷衙門，這點是很清楚的，透過請款來確定這兩個衙門的屬性，這也是很重要的目的。