對於申時行的這個要求，龐尚鵬等人自然是堅決反對的，翁萬達是閩中賢達，而且在這件事情上，翁萬達並不是主要的推動的，頂多是和嚴嵩一樣，順水推舟罷了，申時行知道此事不便追究嚴嵩，但是卻對翁萬達窮追猛打，其中的緣由自然是很清楚的。

龐尚鵬當即說道：“若如元輔之意，嚴文僖何如？”

申時行當然知道龐尚鵬他們會拿嚴嵩說事，申時行當即說道：“嚴文僖還是元輔，我等不便置喙，只能奏請陛下聖裁。”申時行自然是對於此事早有準備的，也有充分的說辭，嚴嵩畢竟是首輔，自然是要朱載坖聖裁的，所以有關嚴嵩的事情，不在討論的範圍之內，對於申時行的這個說法，陳經邦等人也都表示了反對。

陳經邦說道：“首揆，翁襄敏朝廷重臣，勳名卓著，嘉靖中套虜跳梁，邊事孔棘，閫臣戰守無策，屢獲重譴。故邊閫有命，莫不惴惴孤任使是懼。獨翁襄敏公以雄才當之，功蓋可紀雲。分部蒼梧，身肩其事，首誅土酋之外構者，兩江積寇以次剪平。尋募死士，間入莫氏偽都，盡獲要領。機算既定，則請大司馬帥諸軍臨之，莫氏震懼，束身歸命者誰之力哉？西北之烈，何足以概之也。”

陳經邦強調的是翁萬達也是為朝廷立下過大功的人，就這麼將因為一件事情將其痛加貶抑，是會使人寒心的，再者說斯人已逝，又並非大罪，何必如此窮追不捨呢？在這個問題上，內閣也並不是都支援申時行的，沈鯉、陳於陛、王家屏等人也都認為不必過於嚴苛。

申時行於是問道：“此事總憲和大司寇怎麼看此事？”

面對申時行的詢問，左都御史溫純不急不慢的說道：“首揆，諸位，以老夫看來，似乎不必過於嚴苛的，以情理度之，彼時翁襄敏位居本兵，每日所經手之文牘何其之多，九邊事務尚且自顧不暇，閩中事務，未必能夠詳看深思，不察之下，加以副署，此人之常情也，且關乎鄉黨，又有侍郎詹榮在旁，考其本心，未必必欲置朱紈於死，即便是陳九德等人，恐也未必有殺人之心，以此重懲，為朝廷為政之道也。”

溫純的話，得到了很多的官員贊同，對於這些部堂級官員們來說，每日里要處理的各種文書是非常之多的，不可能一一是看的，要是都想翁萬達這樣，過了幾十年之後再來追責，那誰受得了，何況就此事而言，翁萬達並沒有多大的錯誤，窮究此事，對於朝廷來說並沒有好處，對於這些官員們來說，這樣顯然是不對的，所以他們對於此事是極為不贊成的。

溫純作為左都御史，公開的反對窮究此事，刑部尚書蔡國珍也認為窮究此事不合適，翁萬達在此事上僅僅是失察，並不是有意在陷害朱紈的，何況朱紈畢竟是自殺，在這種情況之下，朝廷嚴懲翁萬達顯然是不合適的，在遭到了眾多的大臣們反對之後。龐尚鵬也出來說道：“朱紈已獲贈諡，重懲陳九德幾人即可，何必株連？”

最終經過一番討價還價之後，內閣和部院達成了協議，陳九德、詹榮等人，削籍、除官、追奪出身以來文字和一切恩蔭贈官等，對於翁萬達則是以失察降官一等，以示懲戒，內閣據此上奏朱載坖，朱載坖也予以了批覆，同時命令將朱紈移入憫忠祠祭祀，以示朝廷之恩，對於朱紈的後代，也要加以恩蔭。

對於朝廷來說，朱紈案總算是完結了，但是由朱紈案所引發的事情還遠遠沒有結束，朝廷上下現在爭論是非常之大的，毛海峰以水師提督親赴閩粵，剿除海盜和打擊走私，他自己本來就是其中的行家裡手，這些後來的小字輩自然是不是他的對手，在毛海峰的大力剿除之下，閩粵的走私商人和私人港口基本上都被毛海峰所剷除了。

同時將盤踞在閩粵的這些所謂海盜，朱載坖也命令水師嚴厲打擊，對於海盜，一律處斬，嚴厲打擊，而對於那些設立私港，接納走私船隻的宗族勢力，也要嚴厲的予以打擊，除了水師的清剿之外，海關總署也在嚴厲的打擊各種走私行為，一大批縱容走私的官員被御史所彈劾，移送法辦，整頓了海關的風氣。

同時對於行商與外商的勾結走私，朝廷也進行了嚴厲的打擊，罷黜了一批行商，同時透過關撲的形式確定了一批新的行商，保證朝廷的賦稅，而且在海關結算上，全面推行票證結算，杜絕大明的貨幣外流，防止出現錢荒的情形，同時對於貨幣的出口問題，朝廷也規定的詳細的措施，並非不能夠出口貨幣，但是第一是有配額的，對於倭國、朝鮮、暹羅、占城、呂宋等大明的藩屬，因為要通行大明的貨幣，所以是有配額的。

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