龐尚鵬在奏疏中指出，榷茶和貢茶，並不是朝廷徵收茶稅的方式，確定榷茶和貢茶量，只是為了滿足朝廷的各種需求，不管是宮廷還是朝廷的各種需求，這是確定朝廷貢茶和榷茶數量的主要因素，而朝廷向茶葉徵收賦稅，主要是在海關和各鈔關進行的，所以增加貢茶和榷茶數量和朝廷的賦稅其實是沒有任何關係的，這點龐尚鵬說的確實是正確的。

同時龐尚鵬認為增加榷茶和貢茶的數量，不如切實做好關稅的徵收等工作，一樣可以保證朝廷的賦稅。對於申時行的這些辦法予以反制之後，龐尚鵬也清楚，不能夠在這麼下去了，申時行畢竟是首輔，在很多情況下確實是有極大的優勢的，首輔可以利用他在行政上的主導地位，不斷的對閩粵施加壓力，這點是對於閩粵來說極為不利的事情，所以龐尚鵬來說，這樣做實在是過於被動了，所以對於龐尚鵬認為應該主動出擊。

這點確實是現在很多閩粵籍官員們的想法，對於他們來說，這次確實是十分之窩囊，東南商人不僅僅有雄厚的資本，在朝廷上也有極為強大的力量，這點是閩粵商人們所不具備的，所以在這種情況下，朝廷上的鬥爭閩粵集團確實是很吃虧，但是他們也絕不是什麼坐以待斃的性格，既然蘇松士紳們這麼步步緊逼，那閩粵集團自然也不會就此罷休的。

龐尚鵬於是上疏，詳細論述有關海關關稅的事項，要求全面整頓海關關稅，保障朝廷的收入，作為戶部尚書，龐尚鵬所掌握的情況還是很多的，閩粵確實是現在大明走私最嚴重的地方，但是僅僅只有閩粵走私嗎？顯然不是，蘇松等地一樣也存在走私，只不過方式更加隱蔽罷了，蘇松主要是以虛報價格，買通海關官吏，降低關稅，進行夾帶等走私活動，這點其實是海關都是很正常。

同時還有行商和海關官員相勾結，共同舞弊等事項，對於朝廷來說，這些事情都是很正常的，但是龐尚鵬請求對於全國的海關進行大查緝，對於其中的各種情弊全部予以揪出來嚴懲，同時在地方官府和海關總署的主持下，再次對於行商予以更易，不允許行商長期把持報關等事項，這點是極為重要的。

龐尚鵬此舉在於對於這些蘇松士紳予以反擊，既然蘇松士紳要做初一，那閩粵集團就要做十五，大家都不要好過，這點也得到了朱載坖的御批同意，對於整個海關和稅務系統予以整頓，不僅僅出動戶部和都察院、諸科官員對於賬目等予以稽查核實，同時還要對於各海關、稅務分司等衙門進行輪調清查，保證朝廷的賦稅確實，這點正中朱載坖的意思。

而在朝廷進行鬥爭的時候，吳兌派來報捷的使者也已經到了京師，官軍在交河大敗葉爾羌，現在戚金等部官軍在休整和補充糧秣之後，分路進剿，與李成梁部向呼應，直取葉爾羌，消滅葉爾羌汗國，控制整個西域一直是朱載坖的戰略目的，朱載坖對於官軍在西域的戰事充分予以放權，給前線諸將以自主權。

不過對於一件事情，朱載坖是看的很重的，就是對於科布多的屯墾適宜，朱載坖認為科布多是大明經略西域北部，控制衛拉特四部的重要據點，所以必須要加以控制，在科布多設立衛所，加以屯墾，同時派遣重兵駐紮，威懾衛拉特部，同時拱衛西域北部，這點是極為重要的。

這裡需要派遣一個性格嚴肅的官員，同時要適應當地的氣候，畢竟這裡極為苦寒，官軍又是在這裡加以屯墾，條件肯定不會太好，而且要年富力強才行，經左都御史溫純推薦，內鄉縣令雒於仁進入了朱載坖的視野之中，他年富力強，同時地方經驗還是很豐富的，朱載坖認為他可以擔當此任，朱載坖於是命令召其御前召對。

同時在科布多設立分守參將，駐防於此，軍機處會推原萬全參將張臣，他也算是大明官軍之中的勇將了，出身行伍，初任隊長。蹻捷精悍，搏戰好陷堅。從千總劉朋守黃甫川時，因單騎馳救被圍的劉朋，射中敵魁，奪馬載歸，由此聞名。歷任宣府膳房堡守備、延綏游擊將軍。在蒙古人中頗為威名，善於指揮騎兵，這點是很重要的，因為在科布多附近，騎兵是主要的作戰兵種，這點朱載坖還是很清楚的。

所以朱載坖命令組建科布多分守參將和科布多諸衛，建立大明在西域北路的實際控制，同時科布多也是大明和衛拉特四部的貢市所在地，所以還是極為重要的，而另外就是對於整個大明官軍的新編制的實施問題，之前朱載坖將京營和親軍諸衛合編為京軍，以天子六軍為名，實施了新編制，以軍作為大明官軍的最大編制，以總兵官統領之。完善了各軍的參謀、後勤、軍法等機關的建制，事實證明，這種體制更加靈活。

朱載坖隨即啟動了第二輪的軍事體制改革，加強朝廷對於官軍的控制，對於原本的提督總兵體制加以改革，在京軍的改革完成了之後，對於大明各地的官軍也要予以統一編制，實施營伍制度，以軍師加以管理和控制，這樣一來，就將大明的總兵自然分為兩種了。

第一就是信地總兵，也就是配置在大明各省，有自己的轄區的總兵官，他們的任務是負責管理本轄區的都司衛所、邊堡以及相應的官軍，主要任務就是守土，安定地方，同時將各都司衛所也都劃歸這些信地總兵們管理，衛所從軍事編制變為了軍事行政單位，負責軍屯的管理，士卒的招募和退伍軍官士卒的安置等事務，同時下轄一定數量的師團等官軍用以守衛大明國土。他們的主要任務就是守土，有固定的轄區和相應的部隊，也有明確的任務。