申時行的看法就是不能草率結案，必須要嚴究此事，對於閩粵的地方勢力予以嚴厲打擊，才能夠重新在閩粵樹立起朝廷的威信，使得朝廷的能夠對於閩粵兩省予以控制，申時行的這個建議遭到了龐尚鵬的反對，龐尚鵬說道：“朝廷之政，能夠行於閩粵，則閩粵即可安定，何必大動干戈，使得地方騷然呢？”

龐尚鵬還指出，閩粵的地方宗族勢力，也並非對於朝廷來說是全然無用的，在朝廷擴充套件緬甸、南洋等地的時候，這些內部凝聚力很強的宗族勢力是極有好處的，他們可以幫助朝廷迅速控制這些地方，對於朝廷來說也是有很大優勢的，朝廷日後大規模的經略南洋提供幫助，所以不能夠對於這些宗族勢力過分打擊，朝廷所需要的只是能夠將朝廷的各種政策在閩粵加以實施即可，對於閩粵的地方風俗，不必過多的干涉。

龐尚鵬的這個建議遭到了申時行等人的反對，申時行認為這次必須要對於閩粵的地方宗族勢力予以嚴厲打擊，才能夠樹立朝廷在閩粵的威信，同時這些宗族勢力的存在始終會影響朝廷對於地方的行政，所以必須要嚴厲予以打擊，沈鯉則是認為過猶不及，不必急於一時，羅萬化也認為此事不必過分追究，王家屏則是沒有發表什麼意見。

太子聽了重臣們的意見之後，宣佈將這些意見請求聖裁，太子來到西苑，向朱載坖陳奏了相關的事項，現在內閣和部院為了此事爭執的極為厲害，到底應該怎麼辦，還是要朱載坖這個皇帝來聖裁的，朱載坖於是問道：“那太子以為呢？”

太子說道：“父皇，兒臣以為元輔和大司徒所言都還是有些道理的，閩粵的宗族勢力之前過於強大，現在確實是應該予以裁抑，元輔所言，雖然有些矯枉過正，但是並無不可，而大司徒所言，除了為了桑梓地方，還是為了朝廷的穩定著想，大動干戈，必然影響朝廷的賦稅，這點也是要考慮的。”

朱載坖於是問道：“那太子準備如何做呢？”

這點確實很重要的問題，對於朝廷來說，現在應該怎麼辦才是最重要的問題，太子也就此事提出了自己的看法，對於現在所出現的這種情況，朱紈案肯定還是要繼續追查下去的，對於閩粵強大的地方宗族勢力和武裝走私團伙，朝廷必須予以嚴厲打擊，同時對於閩粵地方也要加強震懾。

從朝廷向閩粵兩省派遣御史以來，大量的閩粵地方官員因為和這些地方勢力相勾結而被御史所彈劾，在查實之後被移送法司審斷，但是朝廷還沒有大規模的清理這些所謂的地方宗族勢力，對於閩粵的地方宗族勢力，必須要挑選出幾個大的和性質惡劣的予以打擊，才能夠彰顯朝廷的力量，推動朝廷的各項政策落地。

這點也得到了朱載坖的認同，對於朝廷來說，閩粵和東南士紳集團的鬥爭並不是什麼大事，對於朝廷來說，重要的就是要將朝廷的各種政策落地，這點才是最重要的，所以對於現在的各種爭論，朱翊釴認為應該予以擱置，這樣才能夠使得朝廷能夠將各種政策予以推行下去，這點是極為重要的。

朱翊釴現在也已經歷練出來的，對於這些朝臣或者大明各個利益集團之間的鬥爭，皇帝不應該輕易的介入，而是要利用他們之間的鬥爭達成自己的目的，就像這次一樣，之前閩粵對於朝廷尤其是朱翊釴所推動的金融新政是極為牴觸的，但是現在朱翊釴就可以利用現在的局勢，快速的推動各項新政的落地。

其實現在閩粵計程車紳、豪商們也都明白，這次朝廷之所以大張旗鼓要打擊閩粵的這些豪商，明面上的理由是朱紈案，實際就是之前太子在閩粵推動金融新政不順暢，才導致了這次朝廷的嚴厲打擊，所以現在要向朝廷罷手，就必須貫徹落實朝廷的之前的金融新政，而申時行等人也必須透過各項新政的實施在向朝廷交出一份答卷，證明就是這些閩粵豪商、士紳集團阻撓新政的實施，所以這個時候，朱載坖父子不必過於急躁，不動反而是最好的辦法，靜觀其變是最好的辦法，等到達到朱載坖父子的目的之後再說才是正道。

所以朱載坖命令太子對於此事不必發表任何看法，內閣、部院詢問也是尚無聖裁，朱載坖的這個態度使得內閣和部院重臣們都很清楚朱載坖的要求，不是解決朱紈案就是可以了結此事的，必須要有實際的動作才行。

首輔申時行隨即上疏，請議處閩粵諸事，提出了清關稅、嚴法度、禁走私、興學政、革舊俗等五個方面的意見，主張藉由此事全面加強對於閩粵的控制，以嚴禁走私，加強關稅的徵收和落實朱翊釴的金融新政作為朝廷的主要目的，革除舊俗，加強朝廷對於學政的管理，打擊閩粵士紳壟斷科舉的種種行為，這點倒是得到了朱載坖的認同。

。展進的應相報奏廷朝向接直時同，施實的政新融金促督粵閩到員專遣派廷朝求要疏上也鵬尚龐，政新融金和私走，事件兩的心關最坖載朱是其尤，策政項各的廷朝實落即立們他求要，通等商豪紳士、府方地的粵閩和極積是則員粵閩等鵬尚龐而

。查審院察都送移狀罪等私走、軌不圖、兵冑甲藏私、番通以，實查明審已俱部刑，在俱據證，重惡深罪，員大廷朝陷構，政行方地涉干時同，番通自私，盜海養豢間年靖嘉在元希林明查部刑，果結報奏坖載朱向結審案一番通元希林就也部刑時同

。邊極里千三流人家，產家沒籍，字文來以出奪追，戮棺開，贈追應一奪褫，死已元希林以，鑿確據證為認院理大，理審院理大送向明查也院察都