對於朱載坖的這個想法，重臣也是很無奈，攤上朱載坖這麼一個皇帝，對於臣子們來說確實有些無奈的，除了成祖之外，大明最好戰的皇帝非朱載坖莫屬，幸好武宗這個廟號已經被定了，否則朱載坖也絕對是武宗廟號的有力競爭者，而且朱載坖對於什麼無為而治是一點興趣也沒有，朱載坖一向是主張積極治理的，當朱載坖的閣臣是極為痛苦的。

當然除了內閣之外，朱載坖還命令兵部、戶部、刑部和兩廣總督上疏討論徹底安定兩廣徭亂的辦法，內閣與相關的部院詳細整理了有關大明對於兩廣地區的治理過程，在大明初年，官府不直接與瑤人產生聯絡，而是中間人撫瑤官與瑤首之間的聯絡。實際上是類似於土司的羈縻統治。

在這種統治之下，廣西在大明初年確實是相對比較安定的，朝廷尚未實現深入統治的廣東瑤區，以量授與官的羈縻形式與地方大族合作，官府官員和地方州民可以憑藉自身或家族所在地區實力招撫瑤人歸順，從而獲得政治上的上升通道。瑤人被封為瑤首負責管理下屬瑤人事務不僅代表著個人政治地位的獲得，更是對其所在山林權利的承認，其下屬瑤人也獲得了朝廷的身份認同，不再被打上“瑤賊”或“盜”“寇”的身份標籤，並被賜予敕免賦役的經濟特權，納入到大明朝廷統治之內。

同時這個時候的大明兵強馬壯，對於這些瑤人來說還是有很強的震懾力，因為成祖時對於安南的征討使得這些瑤人看到了大明的強大，所以在這一時期，朝廷還是能夠和瑤人和平共處，瑤人也比較恭順，在這一時期嶺西的瑤人在瑤首的帶領下入京進貢表示歸順，或在撫瑤官員的招撫下納入版籍。

但是隨著朝廷放棄安南，大明初年的這種管理瑤人的策略弊端就日益明顯了，其招撫太濫，後世不可守成。首先這一政策未能實現對瑤人的基層控制，撫瑤官員在承襲上往往失去了對瑤人掌控，其作為互惠互利的朝貢貿易也在後期成為地方官員壓榨剝削瑤人的工具，激起了瑤人的反抗，而且朝廷試圖控四夷而制天下，但在具體措施上其撫瑤政策的實質仍是羈縻遠人，未能真正地將瑤人納入到大明朝廷統治中，成為大明編戶齊民的一部分。地方官員招撫失策，大明武備空虛都是激起瑤人反抗的重要原因。

而自正統以來，北方邊患愈演愈烈，朝廷的主要精力都在對付蒙古人上面，所以對於廣西所能夠投入的精力就極為有限了，對於瑤亂往往小亂不管，大亂出兵征剿，是為必不得以而用兵。雖然朝廷也曾經大舉出徵征討瑤人，但是也只能管一時，不能起到長治久安。

殷正茂在奏疏中就認為，朝廷之前姑息招撫，而無震懾之威，所以導致地方上瑤亂愈演愈烈。成化以來，以來在兩廣總督的主持下對嶺西作亂瑤人多次發動征剿。但並未能起到良好效果，其主要在於征剿不徹底，未能徹底平定動亂，或是平亂之後未能妥善完成善後事務。如在嘉靖年間，張經本來已經將徭亂安定下來，準備實施後續政策，但是倭亂復起，朝廷不得已將張經調走，這些事情都使得徭亂不能夠被徹底平定下來。

兵部尚書徐渭也認為，瑤亂紛紛，東平而西叛，南靖而北攘，如吹羹止沸。招撫太濫不可守成。而自正統年間開始，剿之不能徹底平定動亂，撫之則不得其法，地方往往姑息瑤人，使得徭亂永不能終結，這是一個極為麻煩的事情。

兵部認為首先還是要大舉征討，先以征討安定廣西，然後再重建秩序，以更加積極的姿態處理嶺西瑤亂，並採取多種善後事宜實現對廣西地區的有效控制。兵部和殷正茂在這點上是一致的，徐渭和殷正茂都認為必須要以嚴酷手段對於這些瑤民予以鎮壓，實施改土歸流，加強朝廷對於此地的控制，然後廣設州縣，開闢粵西驛道、西山大路並疏浚水路，由此不斷加強廣西地區與外界的聯絡。

瑤人所恃者，不過是高山險阻、萬山遍佈，是王化所不能及之地，所以當地瑤人往往恃險為亂，地方官府亦無法實現深入控制。所以要先征剿，現在修路，使得朝廷對於這些地方控制得以加強。最終的目的是實現由瑤至民的轉變，即將化外變為大明的治內，使得這些瑤人成為朝廷的編戶齊民，構成大明統治的基礎。

殷正茂在奏疏中詳細陳述了瑤亂的成因，由於這些被排除在里甲體系之外的瑤人在山林開發下難以保證對土地資源的佔有，往往造成經濟紛爭。而正統以來，廣西貪腐之風日盛，瑤山內瑤首承襲必須重賄，瑤人入籍之途亦被阻斷。在此種形式下瑤山內瑤人入籍無路，又面臨著官府壓迫與剝削，掀起聲勢浩大的“瑤亂”。

再加上之前大量流民進入瑤人所在的山林，流民與瑤人有了共同的生活空間，並匯合成一股力量共同對抗官府，使得之前的徭亂呈現出屢徵屢起的狀態，現在要徹底平息徭亂，還兩廣以安寧，就必須要大舉征討，然後再重新建立秩序，不破不立，這個道理是很明顯的。

對於朱載坖的態度，內閣已經麻了，他們很清楚朱載坖的想法，蒙古已經被按下去了，安南現在成為了朱載坖心中最大的隱患，安南之前的囂張行為也使得朱載坖一直心中憋著一股氣，準備好好愛一愛安南，在處理安南之前，自然是首先要將雲南和廣西安頓好了再說，否則的話，朝廷出師安南，後路不穩也是一個很麻煩的問題，所以必須先在廣西和雲南將土司擺平了之後再收拾安南。

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