張居正、申時行的密疏都在朱載坖的案頭，朱載坖一時有些無法決斷，但是此事又無法詢問外臣，朱載坖思來想去，決定召見左都御史海瑞，朱載坖直接問道：“現在外間舉薦吏部尚書，多以方逢時、王錫爵合宜，海卿以為如何？”

面對朱載坖的這個問題，海瑞沒有立即回答，而是問道：“陛下以方逢時、王錫爵為何等樣臣子？”

這個問題，朱載坖也要仔細思量一下了，方逢時長於邊務，才略明練，處置邊事，皆協機宜，頗有當年楊博的風範，假以時日，絕對是軍務的一把好手，而王錫爵則是朱載坖準備培養入閣的重臣，兩者確實有很大的不同，從鍛鍊大臣的角度來看，吏部顯然更加適合王錫爵。

朱載坖於是結束了海瑞的召對，隨後下旨，原吏部左侍郎掌流外銓選院事楊巍升吏部尚書，原順天巡撫、翰林學士王錫爵升吏部左侍郎掌流外銓選院事，原右副都御史、兵部左侍郎方逢時升右都御史兼通政使，原右副都御史嚴清加兵部左侍郎銜任三邊總制，算是將部院重臣的職務進行了一輪調整。

朱載坖的這個調整是經過精心的考慮的，首先就是吏部尚書楊巍，這是朱載坖經過很慎重的考量的，楊巍是張居正的同科，嘉靖二十六年的進士，現在算是資歷深厚了，中進士後先在戶部見習，後授常州府武進縣任知縣。三年任滿，考績最佳，經巡撫連章舉薦，內調兵科給事中。然後又擔任山西按察副使，右僉都御史巡撫陝西、右副都御史，巡撫山西、兵部右侍郎、吏部左侍郎。

可以說楊巍的資歷是很深厚的，地方州縣、科道、巡撫、部院全部都擔任過，資歷上是沒有任何說的，同時素厲清操，性長厚，有時望，性格相對溫和，能夠穩定局面，同時傾向於首輔張居正，也有足夠的威望總領吏部。

而調王錫爵擔任吏部左侍郎掌流外銓選院，一方面是是鍛鍊王錫爵的能力，將其放到部院予以考察，另一方面就是將王錫爵放到了入閣的第一佇列中來了，同時作為申時行的政治盟友，王錫爵在吏部也能夠起到異論相攪的作用，保證吏部在朱載坖的掌握之中，溫純則是朱載坖的放在吏部的眼睛。

而將方逢時調回京師，擔任通政使，一方面是對他予以考察重用，另一方面就是加強張居正的權威，通政使的地位是很重要的，不僅作為九卿之一，可以參與廷推等朝廷大政，更重要的主管內外奏疏的進奏，對於張居正來說，這是一個極為重要的職務，方逢時能夠擔任這個要職的話，對於張居正來說是很重要的。

而嚴清則是原左都御史趙貞吉所力薦的人，當年嚴清巡撫四川的時候，因為嚴懲當地豪強，清丈田畝，得罪了他們，他們透過巡按御史彈劾嚴清，但是趙貞吉為之辯護，上疏稱：“賊起鄖、陝，貽害川徼，即有罪，當罪守土臣，不宜專責巡撫。臣深知清約己愛人，省事任怨。今蜀地歲荒民流，方倚清如父母，奈何棄之!任事臣欲為國家利小民，必得罪豪右。論者不察，動以深文求之。頃海瑞既去，若清復罷，是任事之臣皆不免彈擊，惟全軀保位為得計矣。”

趙貞吉認為他是和海瑞一樣的臣子，而現在陝西三邊的重要任務就是發展河套的屯田，儲備軍糧，加強官軍的訓練，以為朝廷經略西域和青藏作準備，所以正需要嚴清這樣的臣子前往，所以朱載坖選用了嚴清為三邊總制。

對於朱載坖的這個決定，張居正和申時行都沒有表示異議，這一輪兩位閣臣的交鋒，申時行展現了自己的手腕，絕不是他平日裡所表現出來的溫潤君子作風，而張居正則穩固了自己的地位，雖然申時行依舊在內閣伏低做小，但是張居正已經不敢請示這位狀元閣臣了，很多事情都要和申時行商量，已經隱隱超過了次輔潘晟的地位，朱載坖在命令升申時行為文華殿大學士。

同時現在最重要的事情就是增補閣臣，於是內閣再次上奏朱載坖，請求增補閣臣，朱載坖則在看一份特殊的奏疏，是徐階的密疏，不過徐階是代人上疏的，為誰呢？原右副都御史吳時來，這位是徐閣老的頭號打手，花紅雙棍級的人物，之前無論是彈劾嚴嵩、嚴世蕃還是高拱，他都是衝在最前面的，幫徐閣老咬人。

後來高拱擔任首輔，當然不會慣著他，直接在京察中將他黜落，按照大明的規矩，凡是在京察大計中被黜落的官員，除非皇帝特旨，不能起復，所以吳時來一直無法起復，現在高拱已死，吳時來請託徐階，為他通個關節，徐階則向朱載坖推薦了吳時來，認為他侃侃不失大臣風範。

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