朱載坖認為，要由朝廷來確定總督、巡撫衙門的的內設機構和執掌，同時派遣朝廷官員和經制吏員到督撫的衙署中，同時總督和巡撫各有側重。

巡撫的主要職責是安定地方，協調布按等地方衙門辦公，在戰時保證軍儲、軍需，在必要時候指揮衛所官軍負責城防、邊防等事項，總的來說巡撫的職權是負責地方行政、司法和監察事務的高階文官，負責對於轄區的政務、錢糧、刑名、邊防等進行管理，僅僅賦予有限的軍事權力。

而總督則是傾向於軍務的官員，總督負責總領轄區軍務，統帥轄區內水陸官軍，制定戰守征伐之策，平時負責督促水陸官軍訓練，監察各級軍官是否稱職，各路官軍軍器裝備是否完好，督運軍餉、軍糧等事，在戰時，總督負責與提督一道制定戰守之策，負責戰役策劃，提督、總兵負責具體實施，同時在戰時總督總管轄區事務，督促巡撫等官員轉運糧餉，供應軍需，檢查軍功，執行朝廷的命令。

總的來說，巡撫負責行政、後勤，而總督則專注于軍務，在戰時則是地方最高長官，但是在平時一般不干涉巡撫行政。

朱載坖和重臣們之所以做這個安排，其實也是為了平衡督撫之間的關係，之前大明的督撫經常有互相攻訐的事情，原因就是督撫之間的職權重疊，為了爭奪權力，往往互相傾軋。

按照朝廷的設定，總督負責地方軍事，而巡撫則專管民政，兩者職權存在重疊。這制度初衷是為了防止地方官員自重，避免他們成為“土皇帝”。然而，由於職權交叉，總督與巡撫之間常常摩擦不斷，引發官員內鬥的風險。

朱載坖在和重臣們商量了之後認為，還是要在督撫之間搞平衡，雖然朝廷要儘可能的釐清督撫之間的權責，但是同時也要使得督撫之間大小相制，內外相維，互相之間形成制約，而在戰時，又必須要保證總督的絕對權威，保證戰事的順利進行。

所以經過朱載坖和重臣們的商量，決定巡撫的職權主要是宣佈德意，撫安齊民，修明政刑，興革利弊，考核群吏，會總督以昭廢置，而總督的職權是釐治軍民，綜制文武，察舉官吏，修飾封疆，以定戰守。

雖然總督和巡撫都是地方大員，而且總督和巡撫同時具備單獨奏表的權力，在處理地方事務時，既各有側重即權力分置，又在很多層面上有交叉和協作即權力重疊，只有這樣的辦法，才能夠保證這種權力格局在實際執行中既造成督撫之間的掣肘之勢，又能夠有效的處理政務軍務，保證行政效率，也要兼顧制衡。

以這個思維為主導，朱載坖要求重臣們制定督撫衙門的架構和內設官員，主要的問題就是既要保證督撫們擁有足夠的權力，以統帥大軍，安定地方，又要防止地方出現藩鎮化的傾向，所以在這個制度下，督撫之爭是必然的，但是又必須是可控的。

首先要進行規劃的就是巡撫衙門的設定，作為一省的最高長官，巡撫衙門當然是最重要的機構了，巡撫衙門要總覽一省的大小庶務，同時還承擔著監察通省官員的重任，所以對於巡撫衙門的重要性，朱載坖是很清楚了，之前直接按照朝廷六部設立六房的辦法確實是有一些合理性，但是這樣並不能夠體現巡撫的重要性。

要想規劃巡撫衙門的下屬衙門和屬官，就要先理清朝廷各部院和巡撫的關係，因為在實際的政務處理過程中，巡撫和部院發生衝突齟齬的事情是很多的，首輔張居正就說道：“陛下，夫各部用其權，以裁製督撫，若不量地方之情勢，則善政幾不得舉行; 督撫張其權，而輕視各部，又破壞一部之機關，而政令幾同於虛設;彼此之姐齲尚小，而事機之貽誤實多。”

這點確實是朱載坖要考慮的事情，張居正認為：“誠宜明定職權，劃分限制，以某項屬之各部，雖疆吏亦必奉行; 以某項屬之督撫，雖部臣不能摻越; 如此則部臣疆吏於其許可權內應行之事，無所用其推誘，於其許可權外侵秩之事，無所施其阻撓，庶政策不致分歧，而精神自能統一矣。”

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